第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki

計算例: benzene †

入力ファイル †

STATE 5.5.4で動作確認済み。

nfinp_1 †

スクラッチ（icond=0）から以下のパラメータでSCF計算を10回行う。ここではある程度最適化された原子座標を用いているが、通常は実験で得られた結合距離から原子座標を見積もる。

0 0 0 0 0 0    : dummy
6.00 20.00 2 12 12   : gmax gmaxp ktyp katm katm2
1 0   : num_space_group type
30.00 30.00 30.00 90.0 90.0 90.0   : a b c alpha beta gamma
1 1 1 1 1 1   : knx kny knz kp-shift
1 0   : ncord ninv; pos iwei imdtyp ityp
  2.637228811524 -0.000002425186  0.000000348057 1 1 1
 -2.637222169313 -0.000001003548  0.000000277255 1 1 1
  1.318591613133  2.283687623770  0.000000263836 1 1 1
  1.318591235450 -2.283688901987  0.000000457435 1 1 1
 -1.318586117781  2.283685100113  0.000000135817 1 1 1
 -1.318586286255 -2.283690015781  0.000000464746 1 1 1
  4.696962569946 -0.000000757460  0.000000056806 1 1 2
 -4.696952834413 -0.000001354580  0.000000034892 1 1 2
  2.348376543391  4.067711631763  0.000000043809 1 1 2
  2.348376103171 -4.067713721835  0.000000108911 1 1 2
 -2.348369000003  4.067709739932 -0.000000006005 1 1 2
 -2.348369706154 -4.067712530417  0.000000105510 1 1 2
6 0.1500 1.00794 3 1 0.d0   : ityp alfa amion iloc ivan zeta1
1 0.1500 1.00794 3 1 0.d0   : ityp alfa amion iloc ivan zeta1
0 0 0 0 0   : icond inipos inivel ininos iniacc
0 1   : ipre ipri
10 1000 0 57200.00 0   : nmd1 nmd2 iter_last cpumax ifstop
1 1   : waymix mix_what
0 1 0.01   : iter_start kbxmix mix_alpha
0.60 0.50 0.60 0.70 1.00   : dtim1 dtim2 dtim3 dtim4 dtim
500.00 4 1 0.10D-08   : dtio imdalg iexpl edelta
0.0010 1.00D+03 0   : width forccr istress
ggapbe 1   : xctype kspin
1.00   : destm
101   : nbztyp
0 0 0   : nkx nky nkz
0 0 0   : nkx2 nky2 nkz2
20   : keg
1   : nextst
0   : n_temp
2   : imsd
0   : evaluate_eko_diff
0   : npdosao; ipdost(1:npdosao)
0 0.0   : sm_n dopping

nfinp_2 †

継続（icond=1）でSCFのパラメータを調節し、さらにSCF計算を10回行う。

$ diff nfinp_1 nfinp_2
21c21
< 0 0 0 0 0   : icond inipos inivel ininos iniacc
---
> 1 0 0 0 0   : icond inipos inivel ininos iniacc
25c25
< 0 1 0.01   : iter_start kbxmix mix_alpha
---
> 0 1 0.10   : iter_start kbxmix mix_alpha
35c35
< 1   : nextst
---
> 0   : nextst
37c37
< 2   : imsd
---
> 1   : imsd

nfinp_3 †

さらにパラメータを調節して200回のSCF計算のうちに波動関数を収束させる。原子に働く力のしきい値をforccr=0.003として構造最適化を行う。今の場合、ある程度最適化された原子座標を用いているのでgdiis（imdalg=4, dtio=500）で構造最適化を行う。

$ diff nfinp_2 nfinp_3
23,25c23,25
< 10 1000 0 57200.00 0   : nmd1 nmd2 iter_last cpumax ifstop
< 1 1   : waymix mix_what
< 0 1 0.10   : iter_start kbxmix mix_alpha
---
> 200 1000 0 57200.00 0   : nmd1 nmd2 iter_last cpumax ifstop
> 6 1   : waymix mix_what
> 0 30 0.50   : iter_start kbxmix mix_alpha
28c28
< 0.0010 1.00D+03 0   : width forccr istress
---
> 0.0010 1.00D-03 0   : width forccr istress