第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki

環境設定 †

ホームディレクトリに.bash_profileが無い場合、.bash_profileを作成し、以下を記述する（ミニマルセッティング）。

if [ -f ~/.bashrc ]; then
        . ~/.bashrc
fi

次に必要に応じて.bashrcを作成する。以下は.bashrcの例である。

if [ "$PS1" ]; then

    # enable color support of ls and also add handly aliases

    #eval `dircolors`
    #alias ls='ls -F --color=auto'
    alias ls='ls -FG'
    alias ll='ls -l'
    alias la='ls -A'
    alias cp='cp -i'
    alias mv='mv -i'
    alias rm='rm -i'

    # set a fancy prompt

    PS1='\u@\h:\w\$ '

fi

パスを追加する場合

export PATH=${PATH}:${HOME}/qe-6.2.1/bin:${HOME}/qe-6.2.1/PW/tools

などを.bashrcに追加する。更新内容をただちに反映させるには

source ~/.bashrc

を実行する。

実行時におけるノード内コアおよびメモリの制御（Numactl） †

• http://www.cc.u-tokyo.ac.jp/publication/news/VOL10/No5/200809katagiri.pdf
• https://wickie.hlrs.de/platforms/index.php/Thread_And_Memory_Pinning
  • CPU,コア,hyperthreading-coreのnumactlにおける番号付けの定義が記載されている

CPU/メモリの情報 †

• vmstat
• cat /proc/cpuinfo
• cat /proc/meminfo

NFS †

• CentOS5.5とFedora14間のNFS設定にトライした。
• 参考WEB
  • CentOS http://www.server-world.info/query?os=CentOS_5&p=nfs
  • Fedora14 http://www.server-world.info/query?os=Fedora_14&p=nfs

• なかなかうまくいかなかったが、最終的にポート固定。これで何とか接続できた。http://mase.itc.nagoya-u.ac.jp/~hirano/pukiwiki/index.php?CentOS%205.2%A4%C7NFS%A5%B5%A1%BC%A5%D0%A4%F2%B9%BD%C3%DB%A4%B9%A4%EB

痛い目に遭った。 †

• bashとcsh？
  • cshでは環境変数とシェル変数が独立して定義される。しかも、シェル変数優先の規則がある。
  • 一生懸命環境変数を設定しても、既にシェル変数が設定されていると変更されない！
  • いまのところ、その都度シェル変数を消去する方法しか思いつかない。
  • csh立ち上がり時に変数消去するようなオプションとかないの？

intelパラレルスタジオxe2011（非商用版）をインストールしてみた。 †

• 非商用版は個人利用に限られ、アカデミックは対象外となっているので使えません。　個人的に動くかどうか確かめてみた記録です。（smithにはAVX対応のCPUがないので無用かも？）
  • smithの/opt/intel2(実体は/home/opt/intel2)にインストールした。
  • source /opt/intel2/enable_intel_xe2011.sh で設定できてコンパイルできるようになります。
  • ジョブの最初にも source /opt/intel2/enable_intel_xe2011.sh (sh,bashのジョブスクリプト) もしくは source /opt/intel2/enable_intel_xe2011.csh (csh,tcshのジョブスクリプト) を記入するのを忘れないように。
  • 障害がないか、しばらく様子を見る。
  • mpirt/bin/intel64 に mpiifort 等をコピーした。