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XCrySDenの起動方法： PC上からCygwinなどを立ち上げる % startX でXtermを立ち上げ、そこから、rafikiにアクセスする。 % ssh -X naoki@rafiki.cmp.sanken.osaka-u.ac.jp 次にxsfのデータなどのあるディレクトリに移動して % xcrysden とすると立ち上がります。 立ち上がった直後に落ちてしまう場合は、 % ssh -Y naoki@rafiki.cmp.sanken.osaka-u.ac.jp でrafikiにアクセスしなおしてください。 (!)XCrySDenが、起動しないときは、 「-X」の代わりに「-Y」を使うとうまくいくことがあるみたいです。 グラフィックボードがある程度しっかりしたPCであれば、 rafikiにアクセスすることにより、原子構造や電荷密度の可視化が可能となります。 （XCrySDen自体の設定・手続きは非常に簡単です） XCrySDenとは？ http://www.xcrysden.org/ 読み込みのフォーマットについて： XCrySDenはCubeのフォーマットから読み込むことが可能ですが、 その場合の長さの単位はÅでなくボーアのようです。 (xsfファイルのフォーマットはÅです) 舩島君より： XCrySDenはsshのXのforwarding、 つまり「-X」のオプションだけではうまく起動できない事がありますが、 「-X」の代わりにenable trusted forwardingのオプション「-Y」をつける事で 起動できる事がありますので、 もし出来ない様な方がおられたら試してみると良いと思います。 ちなみに、同様に「-Y」オプションをつけてemacsを立ち上げると、マウスで選択 範囲を選んでも落ちると言う、同様のsshのXのfowardingを使ったときに生じる症状は 改善されます(余談) 2006/4/26 N.Mitsuda XCrySDenのフォーマットについて： ユニットセル外の原子は自動的に周期条件を使ってユニットセル内に「変換してくれる」ようです。 意図的にユニットセル外の原子を描きたい場合は、中心をずらす必要があります （例えば、緩和させて0.00の位置から-0.03になった場合など）。 このとき、同時に波動関数や電荷密度のデータもずらす必要がありますが、 波動関数や電荷密度のデータについては、ユニットセル内に「変換してくれない」ようです。 ですので、その場合は、グリッドデータのソートが必要になります。 また、中心をずらさない場合でも、0.5メッシュ分ずれてしまう可能性があります（格子点上か格子点間かの違い）。 この場合は0.5メッシュ分をずらす必要があります。 ただし、１メッシュ以内の微調整では、グリッドデータのソートが必要でないために、 XCrySDenが自動的にナイソウしてくれます。 2006/4/27 N.Mitsuda 研究室外からのXCrySDenの起動： 吉田研＠京都支部からでは、 通信回線やtapioka経由などの影響で激しく重くなってまともに動きませんでした(´・ω・｀)。 2006/5/03 N.Mitsuda |
