第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki

SQUID用ジョブスクリプトの例 †

以下にSQUD用のジョブスクリプト（CO）の例を示します。 SQUIDのデフォルトの/HOME領域は比較的小さいので、波動関数データ（zaj.data）、ポテンシャルデータ（potential.data）は/WORK領域に置きシンボリックリンクを/HOMEに作成するようにしています。

#!/bin/bash
#PBS -q DBG
#PBS --group=G15577
#PBS -m b
#PBS -T intmpi
#PBS -l cpunum_job=8
#PBS -v OMP_NUM_THREADS=1
#PBS -l elapstim_req=00:10:00
#PBS -e ERR
#PBS -o OUT

module load BaseCPU/2023
module load BasePy/2023

cd $PBS_O_WORKDIR

# Set the executable of the STATE code

ROOT_DIR=${HOME}/STATE

ln -fs ${ROOT_DIR}/src/state-5.6.14/src/STATE .
 
# Set the pseudopotential data

ln -fs ${ROOT_DIR}/gncpp/pot.C_pbe1
ln -fs ${ROOT_DIR}/gncpp/pot.O_pbe1

ln -fs ${ROOT_DIR}/gncpp/vdwdphi.dat_d0.1 vdwdphi.dat

# Set the working directory in the workdirectory

WORK_DIR=/sqfs/work/G15577/v60795/STATE/test/CO
mkdir -p ${WORK_DIR}
touch ${WORK_DIR}/zaj.data; ln -s ${WORK_DIR}/zaj.data
touch ${WORK_DIR}/potential.data; ln -s ${WORK_DIR}/potential.data
 
# Set the input/output file

INPUT_FILE=nfinp_scf
OUTPUT_FILE=nfout_scf

# Run!

mpirun ${NQSV_MPIOPTS} ./STATE < ${INPUT_FILE} > ${OUTPUT_FILE}