第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki

geom2nfinp †

構造最適化を終えた構造を用いて新しい入力ファイルを作成するためのフォートランプログラムです。 geom2nfinpは以下のように実行します。

$ geom2nfinp -i [input_file] -g [GEOMETRY_file] -o [new_input_file]

ここで[input_file]は雛形となる入力ファイル、[GEOMETRY_file]は構造最適化の際にSTATEにより出力されるGEOMETRYファイルの名前（デフォルトはGEOMETRY）、[new_input_file]は新しいSTATEの入力ファイル名。-o [new_input_file]が指定されない場合、標準出力に結果が出力されます。またこのプログラムはGEOMETRYに出力された構造をXSFあるいはXYZ形式で出力することも可能です。XSFの場合

$ geom2nfinp -xsf -i [input_file] -g [GEOMETRY_file] -o [output_XSF_file]

XYZの場合

$ geom2nfinp -xyz -i [input_file] -g [GEOMETRY_file] -o [output_XYZ_file]

を指定します。ここで[output_XSF_file]/[output_XYZ_file]は出力のXSF/XYZファイルで、出力ファイルの指定が無い場合、結果は標準出力に書き出されます。