第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki

MetaDynamics (MeD) 利用指示 †

CC(Collective coordinate)を記録しつつMDを行い、CCの履歴に応じてペナルティポテンシャルを置き、ポテンシャル障壁を探索する。 †

• 利用:　&フレーズを用いたオプション指定による。 MDはimdalg=-1（有限温度MD）を行う。

• 例

  &METADYNAMICS
   DELEY 5
   CCSTR 2
   MTDYTAU 5
   CCMTRX_SIZE 3000000
   ADVNCSTP 0
   DIST 12 6    0.0001 0.1 0.00 0.0 13.5 0.2 1
   BNDC 12 6 13 0.0001 0.1 0.00 0.0 13.5 0.2
  &END

• DELAY CCレプリカを置いた後、ポテンシャルがactivateされるまでのMDステップ数。次項で説明するCCSTRの前にないといけない。
• CCSTRでCC(Collective coordinate)の数を設定
• CCのタイプ指定　DIST（原子間距離）、ANGL（結合角）、BNDC（DDIST、原子間距離差）、DIHEDRAL（2面角）が利用できる。最初のいくつかで関係する原子を指定、続いて高さW、幅Del_s、metacc（min）、 metak（min）、metacc（max）、metak（max）、 Fold（周期性を考慮して原子の位置を考えるのをやめるかどうか。１＝Fold、０＝ｎｏＦｏｌｄ）を指定
• MTDYTAUまたはINTERVAL　CCレプリカをサンプルするMDステップ間隔
• CCMTRX_SIZE　記憶するステップ数の最大値
• ADVNCSTP 　　MDのはじめレプリカサンプルを行わない動作をさせる、そのMDステップ数

• 出力ファイル

  CLLCTVCRDNTTRAJECTORY  CCの全履歴
  MTDYNMCSTRAJECTORY     CCの履歴・ポテンシャル重畳計算に用いたもののみ。
  MeD_Tra_updated        CCの全履歴　他レプリカ含む
  TRAJECTORY_FOLDED      FOLDされた原子座標
  MTDYNMCSSETTINGS       計算条件の記録
  fort.500               MeD計算の進行状況