MetaDynamics (MeD) 利用指示

CC(Collective coordinate)を記録しつつMDを行い、CCの履歴に応じてペナルティポテンシャルを置き、ポテンシャル障壁を探索する。

  • 利用: &フレーズを用いたオプション指定による。
  • &METADYNAMICS
     DELEY 5
     CCSTR 2
     MTDYTAU 5
     CCMTRX_SIZE 3000000
     ADVNCSTP 0
     DIST 12 6    0.0001 0.1 0.00 0.0 13.5 0.2 1
     BNDC 12 6 13 0.0001 0.1 0.00 0.0 13.5 0.2
    &END
  • DELAY CCレプリカを置いた後、ポテンシャルがactivateされるまでのMDステップ数。次項で説明するCCSTRの前にないといけない。
  • CCSTRでCC(Collective coordinate)の数を設定
  • CCのタイプ指定 DIST(原子間距離)、ANGL(結合角)、BNDC(DDIST、原子間距離差)、DIHEDRAL(2面角)が利用できる。最初のいくつかで関係する原子を指定、続いて高さW、幅Del_s、metacc(min)、 metak(min)、metacc(max)、metak(max)、 Fold(周期性を考慮して原子の位置を考えるのをやめるかどうか。1=Fold、0=noFold)を指定
  • MTDYTAUまたはINTERVAL CCレプリカをサンプルするMDステップ間隔
  • CCMTRX_SIZE 記憶するステップ数の最大値
  • ADVNCSTP   MDのはじめレプリカサンプルを行わない動作をさせる、そのMDステップ数
  • 出力ファイル
    CLLCTVCRDNTTRAJECTORY  CCの全履歴
    MTDYNMCSTRAJECTORY     CCの履歴・ポテンシャル重畳計算に用いたもののみ。
    MeD_Tra_updated        CCの全履歴 他レプリカ含む
    TRAJECTORY_FOLDED      FOLDされた原子座標
    MTDYNMCSSETTINGS       計算条件の記録
    fort.500               MeD計算の進行状況
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Last-modified: 2017-11-30 (木) 20:22:41 (15d)