第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki

ASEのインストール †

ここではsb100あるいはsmithにおけるASEのインストール手順を記述します。

環境 †

• TBD

sb100 †

sb100のデフォルトのpythonは2.7.5ですので明示的にpython3を使用します。 以下のコマンドを実行します。

$ pip3 install --upgrade --user ase

これにより$(HOME)/.local以下にaseがインストールされます。

smith †

以下のモジュールがロードされていることを確認します。

intel/2020.2.254
intelmpi/2020.2.254
python/3.8

以下のコマンドを実行します。

$ pip install --upgrade --user ase

SQUID @ Cybermedia Center, Osaka University †

ここでは複数のバージョンを使用することを想定して仮想環境（virtual environment）を使います。 先ずASE用のディレクトリを作成します。

$ mkdir ASE

ASEディレクトリ以下で仮想環境を作成します。

$ cd ASE
$ python3.8 -m venv ase-3.22.1

仮想環境を有効化します。

$ source ./ase-3.22.1/bin/activate

pipを更新し必要なモジュールをインストールします。

$ pip install -U pip
$ pip install numpy scipy ase cymem cython decorator mpi4py pytest

必要ならばテストを実行します。

$ ase test

このようにしてASEを使用する場合、ジョブスクリプトでも仮想環境を有効化する必要があります。

参考 †

• ASE installation ページ