第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki

Quantum-ESPRESSO (pw.x) を実行する場合のジョブスクリプトの例 †

以下は気相水分子を計算した際に使用したジョブスクリプトファイルです。

• run_h2o.sh

  #!/bin/bash
  #PBS -q DBG
  #PBS --group=G15577
  #PBS -m b
  #PBS -T intmpi
  #PBS -l cpunum_job=64
  #PBS -v OMP_NUM_THREADS=2
  #PBS -l elapstim_req=00:10:00
  #PBS -e ERR
  #PBS -o OUT
  
  module load BaseCPU/2023
  module load BasePy/2023
  
  cd ${PBS_O_WORKDIR}
  
  INPUT_FILE='relax.in'
  OUTPUT_FILE='relax.out'
  
  PW_DIR=${HOME}/QE/src/qe-7.2/bin
  
  WORK_DIR=/sqfs/work/G15577/v60795/QE/test/H2O
  mkdir -p ${WORK_DIR}/tmp; ln -s ${WORK_DIR}/tmp
  
  MPI_COMMAND="mpirun ${NQSV_MPIOPTS}"
  PW_COMMAND=pw.x
  PW=$PW_DIR/$PW_COMMAND
  
  ${MPI_COMMAND} ${PW} < ${INPUT_FILE} > ${OUTPUT_FILE}

  pw.xは以下のディレクトリにあると仮定しています。

  ${HOME}/QE/src/qe-7.2/bin

  SQUIDのホーム領域はデフォルトで10GBととても小さいので、以下のようにpw.xのoutdirはホームではなくワーク領域にoutdirを作成し（tmpとする）ワーキングディレクトリにシンボリックリンクを作成することにします。ワーク領域のディレクトリを入力ファイルに直接指定しても問題はありません。

  WORK_DIR=/sqfs/work/G15577/v60795/QE/test/H2O
  mkdir -p ${WORK_DIR}/tmp; ln -s ${WORK_DIR}/tmp

• 入力ファイル（relax.in）

  h2o
  h2o in a box
   &control
      calculation = 'relax'
      restart_mode = 'from_scratch'
      prefix = 'h2o'
      forc_conv_thr = 1.0D-4
      pseudo_dir = '/sqfs/home/v60795/QE/pseudo'
      outdir = './tmp/'
   /
   &system
      ibrav = 1
      A = 20.0 
      nat=  3
      ntyp= 2
      ecutwfc = 80.0
      ecutrho = 800.0
   /
   &electrons
      diagonalization = 'cg'
      mixing_beta = 0.3
      conv_thr = 1.0D-12
   /
   &ions
      pot_extrapolation = "second_order"
      wfc_extrapolation = "second_order"
   /
  ATOMIC_SPECIES
   H   0.0  H.pbe-kjpaw_psl.1.0.0.UPF
   O   0.0  O.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF
  ATOMIC_POSITIONS (angstrom)
  H       0.7662009484   0.0000000000   0.5964711644
  H      -0.7662009484   0.0000000000   0.5964711644
  O       0.0000000000   0.0000000000   0.0000000000
  K_POINTS (Gamma)