第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki

計算コードの使い方/STATE

分子動力学計算結果のアニメーション化 †

• 原子の動きを.xyz 形式に変換するためには濱田さん作成のstate2axyz_dup.plを改造したstate2axyz_dup_thin.plが便利。

  cat nfout* > temp; state2axyz_dup_thin.pl temp 10 >animation.xyz

  ですべてのMDの経過がanimation.xyzに出力される。この例では10MDに1回の割合で出力されるよう間引かれる。

  注意:　複数の出力ファイルがあるときに、nfout*でMDが順番通りに並ぶように nfout_01,nfout_02･･･,nfout_10,･･･ のような番号付けをすることが望ましい。