Molecular dynamics

分子動力学計算の実行方法

HOWTO

分子動力学計算

  • 分子動力学の実行を指定
    • IMDALG=-1 or IMDALG=-2を選択。

      通常はIMDALG=-1を指定する。

    • IMDALG=-1を指定するとTRAJECTORY,ENERGIES等の有用なデータが出力される。
    • IMDALG=2はquenching
    • IMDALG=3はVibration analysis
    • IMDALG=4はGDIIS
    • IMDALG=5はGDIISTS 制約条件の入れ方を要追記
    • IMDALG=6はNEB
    • IMDALG=7はNEBwithClimbingImage
  • IMDALG=-1(有限温度のMD)の場合、通常の最後のパラメータ(SM_dopping)の後に、有限温度MDの条件を付け加える。
   2                                   : mvelsc
 300.0D0   30.0D0    10       1.0D0    : tempw,tolp,nroll,anneal
 300.0D0    8        15       1        : wnosep,nhc,nosy,ndrt
   5.0D-8                              : frict

   0                                   : mcnstr
  mvelsc: 0:micro-canonical 2: simple velosity scaling 10: Nose-Hoover
  mcnstr: number of constraint 制約条件の数 この一行がないとうまく動作しない
 その他のパラメータは入力ファイルの解説PDF参照

制約条件付きMD

&COSTRAINT
NMCNSTR 3  (制約条件の数)
DIST  6 7      4.102 
BEND  1 2 3  104.23195
DIHED 1 2 3 4  60.0
&END

DIST は原子間距離
BENDは結合間の角度
DIHEDは2面角(要確認)
&CONTRAINT~&ENDと書けばあらゆるMDの方法(quenching等)でも機能する。

  • 温度制御の方法の指定
    • MVELSCの設定。頻繁に使われるのは以下のものである。
      0: ミクロカノニカル アンサンブル(温度制御なし)
      2: velocity rescaling
      10: Nose-Hoover


  • 有限温度のMDの場合、&CONTRAINT~&ENDがなくても機能する。 nfinpの最後に
    DIST  1 2     1.83401~
    BEND  1 2 3   104.23195~
    DIHED 1 2 3 4 60.0~

等と記述する。
DIST は原子間距離
BENDは結合間の角度
DIHEDは2面角(要確認)

トップ   編集 凍結 差分 バックアップ 添付 複製 名前変更 リロード   新規 一覧 単語検索 最終更新   ヘルプ   最終更新のRSS
Last-modified: 2017-04-22 (土) 15:43:11 (93d)