第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki

計算コードの使い方/STATE

RDFbulk.f90というプログラムを用いる。(バルクのみに対応、スラブは作成中) inputfileををnfinp_parametersとコピーする。

これからセルサイズや何番目の原子がどの種類に対応しているかなどを読み込む。

そして、nfinp_parametersの一番上にTRAJECTORYファイルの全てのステップを用いてRDFを計算する場合は1と書く。2と書いて次の行にinitial stepその次の行にfinal stepを書けば、入力したinitial stepからfinal stepまでのデータを用いてRDFを計算する。

現在のRDFbulk.f90はH,O,F原子の3種類がある場合を想定している。他の原子があればプログラムを書き変える必要がある。半径はÅ単位で出力し、0.05Å刻みで7.0Åまで計算する。刻みを細かく取る必要があればプログラムを書き変える必要がある。

コンパイルして、例えばRDFbulk.exeという実行ファイルにしたとすれば、出力ファイルをRDF.txtとすれば

./RDFbulk.exe <TRAJECTORY> RDF.txt

とすれば良い。

注.TRAJECTORYのなかにNEWDATAという文字があればそこで読み込みがストップする。 grep -v NEW TRAJECTORY > TRAJECTORY_RDF とすれば、NEWが入っている行を削除できる。