Molecular dynamics

分子動力学計算の実行方法

HOWTO

  • 分子動力学の実行を指定
    • IMDALG=-1 or IMDALG=-2を選択。

      通常はIMDALG=-1を指定する。

    • IMDALG=-1を指定するとTRAJECTORY,ENERGIES等の有用なデータが出力される。
  • 温度制御の方法の指定
    • MVELSCの設定。頻繁に使われるのは以下のものである。
      0: ミクロカノニカル アンサンブル(温度制御なし)
      2: velocity rescaling
      10: Nose-Hoover


  • Blue Moonの制約条件 IMD=?? nfinpの最後に
    DIST 1 2 1.83401
    BEND 1 2 3 104.23195
    DIHED 1 2 3 4 60.0

等と記述する。
DIST は原子間距離
BENDは結合間の角度
DIHEDは2面角(要確認)

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