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Molecular dynamics †

分子動力学計算の実行方法

HOWTO †

分子動力学計算 †

• 分子動力学の実行を指定
  • IMDALG=-1 or IMDALG=-2を選択。

    通常はIMDALG=-1を指定する。

  • IMDALG=-1を指定するとTRAJECTORY,ENERGIES等の有用なデータが出力される。
  • IMDALG=2はquenching
  • IMDALG=3はVibration analysis
  • IMDALG=4はGDIIS
  • IMDALG=5はGDIISTS 制約条件の入れ方を要追記
  • IMDALG=6はNEB
  • IMDALG=7はNEBwithClimbingImage

• IMDALG=-1(有限温度のMD)の場合、通常の最後のパラメータ（SM_dopping）の後に、有限温度MDの条件を付け加える。

   2                                   : mvelsc
 300.0D0   30.0D0    10       1.0D0    : tempw,tolp,nroll,anneal
 300.0D0    8        15       1        : wnosep,nhc,nosy,ndrt
   5.0D-8                              : frict

   0                                   : mcnstr

  mvelsc: 0:micro-canonical 2: simple velosity scaling 10: Nose-Hoover
  mcnstr: number of constraint 制約条件の数 この一行がないとうまく動作しない
 その他のパラメータは入力ファイルの解説PDF参照

• 計算結果のアニメーション化

制約条件付きMD †

&COSTRAINT
NMCNSTR 3　　（制約条件の数）
DIST  6 7      4.102 
BEND  1 2 3  104.23195
DIHED 1 2 3 4  60.0
&END

DIST は原子間距離
BENDは結合間の角度
DIHEDは2面角（要確認）
&CONTRAINT～&ENDと書けばあらゆるMDの方法（quenching等）でも機能する。

• 温度制御の方法の指定
  • MVELSCの設定。頻繁に使われるのは以下のものである。
    0: ミクロカノニカル　アンサンブル（温度制御なし）
    2: velocity rescaling
    10: Nose-Hoover

• 有限温度のMDの場合、&CONTRAINT～&ENDがなくても機能する。 nfinpの最後に
  

  DIST  1 2     1.83401~
  BEND  1 2 3   104.23195~
  DIHED 1 2 3 4 60.0~

等と記述する。
DIST は原子間距離
BENDは結合間の角度
DIHEDは2面角（要確認）