第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki

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Molecular dynamics †

分子動力学計算の実行方法

HOWTO †

• 分子動力学の実行を指定
  • IMDALG=-1 or IMDALG=-2を選択。

    通常はIMDALG=-1を指定する。

  • IMDALG=-1を指定するとTRAJECTORY,ENERGIES等の有用なデータが出力される。

• 計算結果のアニメーション化

• 温度制御の方法の指定
  • MVELSCの設定。頻繁に使われるのは以下のものである。
    0: ミクロカノニカル　アンサンブル（温度制御なし）
    2: velocity rescaling
    10: Nose-Hoover

• Blue Moonの制約条件　IMD=？？ nfinpの最後に
  DIST 1 2 1.83401
  BEND 1 2 3 104.23195
  DIHED 1 2 3 4 60.0
  

等と記述する。
DIST は原子間距離
BENDは結合間の角度
DIHEDは2面角（要確認）