Nudged elastic band method (NEB)

  • IMDALGを6にする
  • 設定ファイル
    • nudged_1 -> ../former_structure/nudged_2
    • nudged_2
    • nudged_3 -> ../later_structure/nudged_2
  • nudged_2
    • バネ定数[通常0.02(ただし、ポテンシャル面が急勾配の場合、数値を大きくとる必要がある)]
    • 原子ラベル 原子位置[ X Y Z ]
  • 出力
    • NEB:の行が重要
      • DIST1 直前のimageとの距離
      • DIST3 直後のimageとの距離 1と3は(隣のImageのバネ定数と同じなら)等距離に収束するはず。
      • AbsForce 全原子に働く力の自乗和の平方根
      • ForceIn 原子に働く力のうち、反応経路に直交する(超平面)面内の成分
      • ForceOut 原子に働く力のうち、反応経路に沿った成分
      • CosPhi 前後のImageに向かうベクトルのなす角度の余弦。Image点数が少なすぎたり計算が発散すると0に近くなったり負になったりする。
      • Switch

Nudged elastic band method (NEB) with Climbing Image

  • 反応経路方向には高エネルギー方向に、反応経路と直交する方向には低エネルギー方向にMDすることによりTranstionStateを計算する。
  • IMDALGを7にする
  • 入力ファイル: nudged_2
    • バネ定数のあとに、TS計算を開始するMD回数を記入する。この数までは通常のNEBを行う。9999等大きな数字を入れておけば通常のNEBしか計算しないことになる。
    • 確認事項 ForceInとForceOutの両方が0に収束することを確かめること。
    • 収束が遅い時 ある程度(エネルギーが距離に対して2次関数で近似できる程度)峠に近づけばGDIISでもTSを求めることができる。

Reviced 2010-10-01 K.Inagaki

Multi replica (NEB)

  • 一つのSTATEの実行で複数のNEBレプリカを同時に実行する。(注意:収束したレプリカがあっても計算機リソースの解放はできない)
  • 下のようなreplica.cmdファイルを作成し、NEBホームディレクトリにおく。
  • 下のようなディレクトリ構造を作る。各レプリカの計算はディレクトリ内で行われる。ディレクトリ名はreplica.cmdファイル中に記したものと同一でなければならない。
  • nudged_terminal_s,eは両端の原子構造である。端に隣接したレプリカのディレクトリにファイル(nudged_2の形式)としておくか、別ディレクトリにおいた実体ファイルへのリンクにする。
  • 擬ポテンシャルのデータは、各ディレクトリにおかれる必要がある(リンクでも可)。
  • 入力ファイルの名前はnfinp.dataでなければならない。
  • 出力ファイルの名前はnfout.data固定である。
  • ばね定数は0.02で固定。必要があればオプションで変更可能。
    &NEB
     SPRING_CONSTANT 0.1
    &END
  • ディレクトリ構造
    NEB+
       +--rep_001+--nfinp.data
       |         +--nudged_terminal_s (initial configuration: same format with conventional nudged_2)
       +--rep_002+--nfinp.data
       +--rep_003+--nfinp.data
       +--rep_004+--nfinp.data
       +--rep_005+--nfinp.data
       +--rep_006+--nfinp.data
       +--rep_007+--nfinp.data
       +--rep_008+--nfinp.data
       |         +--nudged_terminal_e (final configuration: same format with conventional nudged_2)
       +--replica.cmd                 (replica assignment file)
  • replica.cmdの内容
    async
    #
    rep_001
    rep_002
    rep_003
    rep_004
    rep_005
    rep_006
    rep_007
    rep_008
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Last-modified: 2016-11-22 (火) 08:50:37 (305d)