第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki

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#author("2024-09-06T16:55:44+09:00","default:StatE","StatE")
#author("2024-09-06T16:56:12+09:00","default:StatE","StatE")
* Wisterial (Odyssey) 用ジョブスクリプトの例 [#r39418dd]
以下にWisteria (Odyssey) 用のジョブスクリプト（CO）の例を示します。
Wisteriaでは/work以下のディレクトリに実行ファイル (STATE)、入出力ファイル、擬ポテンシャルデータを置いて実行する必要があります。

 #!/bin/sh

 
 #PJM -L rscgrp=debug-o
 #PJM -L node=1
 #PJM --mpi proc=4
 #PJM --omp thread=4
 #PJM -L elapse=0:30:00
 #PJM -g gf93
 #PJM --fs /work
 #PJM -j

 
 cd ${PJM_O_WORKDIR}

 
 module load mpi-fftw

 
 ROOT_DIR=/work/gf93/f93000/STATE

 
 ln -fs ${ROOT_DIR}/src/state-5.6.14/src/STATE ./STATE
 #ln -fs ../../../src/state-5.6.14/src/STATE ./STATE

 
 ln -fs ${ROOT_DIR}/gncpp/pot.C_pbe1
 ln -fs ${ROOT_DIR}/gncpp/pot.O_pbe1

 
 STATE_COMMAND=./STATE

 
 INPUT_FILE=./nfinp_scf
 OUTPUT_FILE=./nfout_scf

 
 STDERR=state.log

 
 MPI_COMMAND=mpiexec

 
 ${MPI_COMMAND} -stdin ${INPUT_FILE} -ofout ${OUTPUT_FILE} -oferr ${STDERR} ${STATE_COMMAND}