***環境設定 [#xb2e487b] ホームディレクトリに.bash_profileが無い場合、.bash_profileを作成し、以下を記述する(ミニマルセッティング)。 if [ -f ~/.bashrc ]; then . ~/.bashrc fi 次に必要に応じて.bashrcを作成する。以下は.bashrcの例である。 if [ "$PS1" ]; then # enable color support of ls and also add handly aliases #eval `dircolors` #alias ls='ls -F --color=auto' alias ls='ls -FG' alias ll='ls -l' alias la='ls -A' alias cp='cp -i' alias mv='mv -i' alias rm='rm -i' # set a fancy prompt PS1='\u@\h:\w\$ ' fi パスを追加する場合 export PATH=${PATH}:${HOME}/qe-6.2.1/bin:${HOME}/qe-6.2.1/PW/tools などを.bashrcに追加する。更新内容をただちに反映させるには source ~/.bashrc を実行する。 ***実行時におけるノード内コアおよびメモリの制御(Numactl) [#ja13cb7d] -http://www.cc.u-tokyo.ac.jp/publication/news/VOL10/No5/200809katagiri.pdf -https://wickie.hlrs.de/platforms/index.php/Thread_And_Memory_Pinning --CPU,コア,hyperthreading-coreのnumactlにおける番号付けの定義が記載されている ***CPU/メモリの情報 [#oc74d84a] -vmstat -cat /proc/cpuinfo -cat /proc/meminfo ***NFS [#k57c9d0a] -CentOS5.5とFedora14間のNFS設定にトライした。 -参考WEB -- CentOS http://www.server-world.info/query?os=CentOS_5&p=nfs -- Fedora14 http://www.server-world.info/query?os=Fedora_14&p=nfs -なかなかうまくいかなかったが、最終的にポート固定。これで何とか接続できた。http://mase.itc.nagoya-u.ac.jp/~hirano/pukiwiki/index.php?CentOS%205.2%A4%C7NFS%A5%B5%A1%BC%A5%D0%A4%F2%B9%BD%C3%DB%A4%B9%A4%EB ***痛い目に遭った。 [#pcce2309] -bashとcsh? --cshでは環境変数とシェル変数が独立して定義される。しかも、シェル変数優先の規則がある。 --一生懸命環境変数を設定しても、既にシェル変数が設定されていると変更されない! --いまのところ、その都度シェル変数を消去する方法しか思いつかない。 --csh立ち上がり時に変数消去するようなオプションとかないの? ***intelパラレルスタジオxe2011(非商用版)をインストールしてみた。 [#hec6b033] -非商用版は個人利用に限られ、アカデミックは対象外となっているので使えません。 個人的に動くかどうか確かめてみた記録です。(smithにはAVX対応のCPUがないので無用かも?) --smithの/opt/intel2(実体は/home/opt/intel2)にインストールした。 --source /opt/intel2/enable_intel_xe2011.sh で設定できてコンパイルできるようになります。 --ジョブの最初にも source /opt/intel2/enable_intel_xe2011.sh (sh,bashのジョブスクリプト) もしくは source /opt/intel2/enable_intel_xe2011.csh (csh,tcshのジョブスクリプト) を記入するのを忘れないように。 --障害がないか、しばらく様子を見る。 --mpirt/bin/intel64 に mpiifort 等をコピーした。