第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki

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#author("2024-01-30T17:26:57+09:00","default:StatE","StatE")
#author("2024-05-03T14:31:19+09:00","default:StatE","StatE")
*ASEのインストール [#y6a28cd8]
ここではsb100あるいはsmithにおけるASEのインストール手順を記述します。
**環境 [#s9ca33d6]
- TBD
**sb100 [#m2afa6ca]
sb100のデフォルトのpythonは2.7.5ですので明示的にpython3を使用します。
以下のコマンドを実行します。
 $ pip3 install --upgrade --user ase
これにより$(HOME)/.local以下にaseがインストールされます。
** smith [#ca971ae7]
以下のモジュールがロードされていることを確認します。
 intel/2020.2.254
 intelmpi/2020.2.254
 python/3.8
以下のコマンドを実行します。
 $ pip install --upgrade --user ase
** SQUID @ Cybermedia Center, Osaka University [#ydf5add1]
ここでは複数のバージョンを使用することを想定して仮想環境（virtual environment）を使います。
先ずASE用のディレクトリを作成します。
 $ mkdir ASE
ASEディレクトリ以下で仮想環境を作成します。
 $ cd ASE
 $ python3.8 -m venv ase-3.22.1
仮想環境を有効化します。
 $ source ./ase-3.22.1/bin/activate
pipを更新し必要なモジュールをインストールします。
 $ pip install -U pip
 $ pip install numpy scipy ase cymem cython decorator mpi4py pytest
必要ならばテストを実行します。
 $ ase test
このようにしてASEを使用する場合、ジョブスクリプトでも仮想環境を有効化する必要があります。
*参考 [#q8cffcb7]
- [[ASE installation ページ>https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/install.html]]