#author("2024-02-20T22:43:18+09:00","default:StatE","StatE") #author("2024-02-20T22:45:15+09:00","default:StatE","StatE") * Quantum-ESPRESSO (pw.x) を実行する場合のジョブスクリプトの例 [#eaf6d325] 以下は気相水分子を計算した際に使用したジョブスクリプトファイルです。~ pw.xは以下のディレクトリにあると仮定しています。 ${HOME}/QE/src/qe-7.2/bin - run_h2o.sh #!/bin/bash #PBS -q DBG #PBS --group=G15577 #PBS -m b #PBS -T intmpi #PBS -l cpunum_job=64 #PBS -v OMP_NUM_THREADS=2 #PBS -l elapstim_req=00:10:00 #PBS -e ERR #PBS -o OUT module load BaseCPU/2023 module load BasePy/2023 cd ${PBS_O_WORKDIR} INPUT_FILE='relax.in' OUTPUT_FILE='relax.out' PW_DIR=${HOME}/QE/src/qe-7.2/bin WORK_DIR=/sqfs/work/G15577/v60795/QE/test/H2O mkdir -p ${WORK_DIR}/tmp; ln -s ${WORK_DIR}/tmp MPI_COMMAND="mpirun ${NQSV_MPIOPTS}" PW_COMMAND=pw.x PW=$PW_DIR/$PW_COMMAND ${MPI_COMMAND} ${PW} < ${INPUT_FILE} > ${OUTPUT_FILE} pw.xは以下のディレクトリにあると仮定しています。 ${HOME}/QE/src/qe-7.2/bin SQUIDのホーム領域はデフォルトで10GBととても小さいので、以下のようにpw.xのoutdirはホームではなくワーク領域にoutdirを作成し(tmpとする)ワーキングディレクトリにシンボリックリンクを作成することにします。ワーク領域のディレクトリを入力ファイルに直接指定しても問題はありません。 WORK_DIR=/sqfs/work/G15577/v60795/QE/test/H2O mkdir -p ${WORK_DIR}/tmp; ln -s ${WORK_DIR}/tmp -入力ファイル(relax.in) h2o h2o in a box &control calculation = 'relax' restart_mode = 'from_scratch' prefix = 'h2o' forc_conv_thr = 1.0D-4 pseudo_dir = '/sqfs/home/v60795/QE/pseudo' outdir = './tmp/' / &system ibrav = 1 A = 20.0 nat= 3 ntyp= 2 ecutwfc = 80.0 ecutrho = 800.0 / &electrons diagonalization = 'cg' mixing_beta = 0.3 conv_thr = 1.0D-12 / &ions pot_extrapolation = "second_order" wfc_extrapolation = "second_order" / ATOMIC_SPECIES H 0.0 H.pbe-kjpaw_psl.1.0.0.UPF O 0.0 O.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF ATOMIC_POSITIONS (angstrom) H 0.7662009484 0.0000000000 0.5964711644 H -0.7662009484 0.0000000000 0.5964711644 O 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 K_POINTS (Gamma)