*MetaDynamics (MeD) 利用指示 [#k7d3450b] **CC(Collective coordinate)を記録しつつMDを行い、CCの履歴に応じてペナルティポテンシャルを置き、ポテンシャル障壁を探索する。 [#d7f4ea97] -利用: &フレーズを用いたオプション指定による。 --例 &METADYNAMICS DELEY 5 CCSTR 2 MTDYTAU 5 CCMTRX_SIZE 3000000 ADVNCSTP 0 DIST 12 6 0.0001 0.1 0.00 0.0 13.5 0.2 1 BNDC 12 6 13 0.0001 0.1 0.00 0.0 13.5 0.2 &END --DELAY CCレプリカを置いた後、ポテンシャルがactivateされるまでのMDステップ数。次項で説明するCCSTRの前にないといけない。 --CCSTRでCC(Collective coordinate)の数を設定 --CCのタイプ指定 DIST(原子間距離)、ANGL(結合角)、BNDC(DDIST、原子間距離差)、DIHEDRAL(2面角)が利用できる。最初のいくつかで関係する原子を指定、続いて高さW、幅Del_s、metacc(min)、 metak(min)、metacc(max)、metak(max)、 Fold(周期性を考慮して原子の位置を考えるのをやめるかどうか。1=Fold、0=noFold)を指定 --MTDYTAUまたはINTERVAL CCレプリカをサンプルするMDステップ間隔 --CCMTRX_SIZE 記憶するステップ数の最大値 --ADVNCSTP MDのはじめレプリカサンプルを行わない動作をさせる、そのMDステップ数 -出力ファイル CLLCTVCRDNTTRAJECTORY CCの全履歴 MTDYNMCSTRAJECTORY CCの履歴・ポテンシャル重畳計算に用いたもののみ。 MeD_Tra_updated CCの全履歴 他レプリカ含む TRAJECTORY_FOLDED FOLDされた原子座標 MTDYNMCSSETTINGS 計算条件の記録 fort.500 MeD計算の進行状況