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*MetaDynamics (MeD) 利用指示 [#k7d3450b]
**CC(Collective coordinate)を記録しつつMDを行い、CCの履歴に応じてペナルティポテンシャルを置き、ポテンシャル障壁を探索する。 [#d7f4ea97]
-利用: &フレーズを用いたオプション指定による。
-利用: &フレーズを用いたオプション指定による。 MDはimdalg=-1(有限温度MD)を行う。
--例
&METADYNAMICS
DELEY 5
CCSTR 2
MTDYTAU 5
CCMTRX_SIZE 3000000
ADVNCSTP 0
DIST 12 6 0.0001 0.1 0.00 0.0 13.5 0.2 1
BNDC 12 6 13 0.0001 0.1 0.00 0.0 13.5 0.2
&END
--DELAY CCレプリカを置いた後、ポテンシャルがactivateされるまでのMDステップ数。次項で説明するCCSTRの前にないといけない。
--CCSTRでCC(Collective coordinate)の数を設定
--CCのタイプ指定 DIST(原子間距離)、ANGL(結合角)、BNDC(DDIST、原子間距離差)、DIHEDRAL(2面角)が利用できる。最初のいくつかで関係する原子を指定、続いて高さW、幅Del_s、metacc(min)、 metak(min)、metacc(max)、metak(max)、 Fold(周期性を考慮して原子の位置を考えるのをやめるかどうか。1=Fold、0=noFold)を指定
--MTDYTAUまたはINTERVAL CCレプリカをサンプルするMDステップ間隔
--CCMTRX_SIZE 記憶するステップ数の最大値
--ADVNCSTP MDのはじめレプリカサンプルを行わない動作をさせる、そのMDステップ数
-出力ファイル
CLLCTVCRDNTTRAJECTORY CCの全履歴
MTDYNMCSTRAJECTORY CCの履歴・ポテンシャル重畳計算に用いたもののみ。
MeD_Tra_updated CCの全履歴 他レプリカ含む
TRAJECTORY_FOLDED FOLDされた原子座標
MTDYNMCSSETTINGS 計算条件の記録
fort.500 MeD計算の進行状況