第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki

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  • 1 (2017-03-24 (金) 03:01:06)
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*MetaDynamics (MeD) 利用指示 [#k7d3450b]

-オプション指定による。 
**CC(Collective coordinate)を記録しつつMDを行い、CCの履歴に応じてペナルティポテンシャルを置き、ポテンシャル障壁を探索する。 [#d7f4ea97]

例
-利用:　&フレーズを用いたオプション指定による。 MDはimdalg=-1（有限温度MD）を行う。

--例
 &METADYNAMICS
 DELEY 5
 CCSTR 2
 MTDYTAU 5
 CCMTRX_SIZE 3000000
 ADVNCSTP 0
 DIST 12 6    0.0001 0.1 0.00 0.0 13.5 0.2 1
 BNDC 12 6 13 0.0001 0.1 0.00 0.0 13.5 0.2
  DELEY 5
  CCSTR 2
  MTDYTAU 5
  CCMTRX_SIZE 3000000
  ADVNCSTP 0
  DIST 12 6    0.0001 0.1 0.00 0.0 13.5 0.2 1
  BNDC 12 6 13 0.0001 0.1 0.00 0.0 13.5 0.2
 &END

--CC(Collective coordinate)の数をCCSTRで設定。
--DIST（原子間距離）、ANGL（結合角）、BNDC（DDIST、原子間距離差）、DIHEDRAL（2面角）が利用できる。最初のいくつかで関係する原子を指定、続いて高さW、幅Del_s、metacc（min）、 metak（min）、metacc（max）、metak（max）、 Fold（周期性を考慮して原子の位置を考えるのをやめるかどうか。１＝Fold、０＝ｎｏＦｏｌｄ）を指定。
--DELAY 置いた後activateするまでのMDステップ数
--MTDYTAU
--DELAY CCレプリカを置いた後、ポテンシャルがactivateされるまでのMDステップ数。次項で説明するCCSTRの前にないといけない。
--CCSTRでCC(Collective coordinate)の数を設定
--CCのタイプ指定　DIST（原子間距離）、ANGL（結合角）、BNDC（DDIST、原子間距離差）、DIHEDRAL（2面角）が利用できる。最初のいくつかで関係する原子を指定、続いて高さW、幅Del_s、metacc（min）、 metak（min）、metacc（max）、metak（max）、 Fold（周期性を考慮して原子の位置を考えるのをやめるかどうか。１＝Fold、０＝ｎｏＦｏｌｄ）を指定
--MTDYTAUまたはINTERVAL　CCレプリカをサンプルするMDステップ間隔
--CCMTRX_SIZE　記憶するステップ数の最大値
--ADVNCSTP 0
--ADVNCSTP 　　MDのはじめレプリカサンプルを行わない動作をさせる、そのMDステップ数


-出力ファイル
 CLLCTVCRDNTTRAJECTORY  CCの全履歴
 MTDYNMCSTRAJECTORY     CCの履歴・ポテンシャル重畳計算に用いたもののみ。
 MeD_Tra_updated        CCの全履歴　他レプリカ含む
 TRAJECTORY_FOLDED      FOLDされた原子座標
 MTDYNMCSSETTINGS       計算条件の記録
 fort.500               MeD計算の進行状況