MetaDynamics (MeD) 利用指示

  • オプション指定による。

&METADYNAMICS
DELEY 5
CCSTR 2
MTDYTAU 5
CCMTRX_SIZE 3000000
ADVNCSTP 0
DIST 12 6    0.0001 0.1 0.00 0.0 13.5 0.2 1
BNDC 12 6 13 0.0001 0.1 0.00 0.0 13.5 0.2
&END
  • CC(Collective coordinate)の数をCCSTRで設定。
  • DIST(原子間距離)、ANGL(結合角)、BNDC(DDIST、原子間距離差)、DIHEDRAL(2面角)が利用できる。最初のいくつかで関係する原子を指定、続いて高さW、幅Del_s、metacc(min)、 metak(min)、metacc(max)、metak(max)、 Fold(周期性を考慮して原子の位置を考えるのをやめるかどうか。1=Fold、0=noFold)を指定。
  • DELAY 置いた後activateするまでのMDステップ数
  • MTDYTAU
  • CCMTRX_SIZE 記憶するステップ数の最大値
  • ADVNCSTP 0
トップ   新規 一覧 単語検索 最終更新   ヘルプ   最終更新のRSS