LinuxTips のバックアップの現在との差分(No.105) - 第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki

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***環境設定 [#xb2e487b]
ホームディレクトリに.bash_profileが無い場合、.bash_profileを作成し、以下を記述する（ミニマルセッティング）。

 if [ -f ~/.bashrc ]; then
         . ~/.bashrc
 fi

次に必要に応じて.bashrcを作成する。以下は.bashrcの例である。

 if [ "$PS1" ]; then
 
     # enable color support of ls and also add handly aliases
 
     #eval `dircolors`
     #alias ls='ls -F --color=auto'
     alias ls='ls -FG'
     alias ll='ls -l'
     alias la='ls -A'
     alias cp='cp -i'
     alias mv='mv -i'
     alias rm='rm -i'
 
     # set a fancy prompt
 
     PS1='\u@\h:\w\$ '
 
 fi

パスを追加する場合

 export PATH=${PATH}:${HOME}/qe-6.2.1/bin:${HOME}/qe-6.2.1/PW/tools

などを.bashrcに追加する。更新内容をただちに反映させるには

 source ~/.bashrc

を実行する。

***実行時におけるノード内コアおよびメモリの制御（Numactl） [#ja13cb7d]
-http://www.cc.u-tokyo.ac.jp/publication/news/VOL10/No5/200809katagiri.pdf
-https://wickie.hlrs.de/platforms/index.php/Thread_And_Memory_Pinning
--CPU,コア,hyperthreading-coreのnumactlにおける番号付けの定義が記載されている

***CPU/メモリの情報 [#oc74d84a]
-vmstat
-cat /proc/cpuinfo 
-cat /proc/meminfo

***NFS [#k57c9d0a]

-CentOS5.5とFedora14間のNFS設定にトライした。
-参考WEB 
-- CentOS   http://www.server-world.info/query?os=CentOS_5&p=nfs 
-- Fedora14 http://www.server-world.info/query?os=Fedora_14&p=nfs

-なかなかうまくいかなかったが、最終的にポート固定。これで何とか接続できた。http://mase.itc.nagoya-u.ac.jp/~hirano/pukiwiki/index.php?CentOS%205.2%A4%C7NFS%A5%B5%A1%BC%A5%D0%A4%F2%B9%BD%C3%DB%A4%B9%A4%EB

***痛い目に遭った。 [#pcce2309]

-bashとcsh？
--cshでは環境変数とシェル変数が独立して定義される。しかも、シェル変数優先の規則がある。
--一生懸命環境変数を設定しても、既にシェル変数が設定されていると変更されない！
--いまのところ、その都度シェル変数を消去する方法しか思いつかない。
--csh立ち上がり時に変数消去するようなオプションとかないの？

***intelパラレルスタジオxe2011（非商用版）をインストールしてみた。 [#hec6b033]
-非商用版は個人利用に限られ、アカデミックは対象外となっているので使えません。　個人的に動くかどうか確かめてみた記録です。（smithにはAVX対応のCPUがないので無用かも？）
--smithの/opt/intel2(実体は/home/opt/intel2)にインストールした。
--source /opt/intel2/enable_intel_xe2011.sh で設定できてコンパイルできるようになります。
--ジョブの最初にも source /opt/intel2/enable_intel_xe2011.sh (sh,bashのジョブスクリプト) もしくは source /opt/intel2/enable_intel_xe2011.csh (csh,tcshのジョブスクリプト) を記入するのを忘れないように。
--障害がないか、しばらく様子を見る。
--mpirt/bin/intel64 に mpiifort 等をコピーした。