第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki

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  • 1 (2010-12-21 (火) 14:22:51)
  • 2 (2013-06-06 (木) 13:55:16)
  • 3 (2016-09-06 (火) 15:20:32)

*Nudged elastic band method (NEB) [#b106b7ce]

-IMDALGを6にする

-設定ファイル
--nudged_1 -> ../former_structure/nudged_2
--nudged_2 
--nudged_3 -> ../later_structure/nudged_2

-nudged_2
--バネ定数[通常0.02(ただし、ポテンシャル面が急勾配の場合、数値を大きくとる必要がある)]
--原子ラベル　原子位置[ X Y Z ]

-出力
--NEB:の行が重要
---DIST1 直前のimageとの距離
---DIST3 直後のimageとの距離　1と3は（隣のImageのバネ定数と同じなら）等距離に収束するはず。
---AbsForce 全原子に働く力の自乗和の平方根
---ForceIn 原子に働く力のうち、反応経路に直交する（超平面）面内の成分
---ForceOut 原子に働く力のうち、反応経路に沿った成分
---CosPhi 前後のImageに向かうベクトルのなす角度の余弦。Image点数が少なすぎたり計算が発散すると0に近くなったり負になったりする。
---Switch

*Nudged elastic band method (NEB) with Climbing Image [#c63d1327]

-反応経路方向には高エネルギー方向に、反応経路と直交する方向には低エネルギー方向にMDすることによりTranstionStateを計算する。
-IMDALGを7にする

-入力ファイル: nudged_2
--バネ定数のあとに、TS計算を開始するMD回数を記入する。この数までは通常のNEBを行う。9999等大きな数字を入れておけば通常のNEBしか計算しないことになる。
--確認事項　ForceInとForceOutの両方が0に収束することを確かめること。
--収束が遅い時　ある程度（エネルギーが距離に対して2次関数で近似できる程度）峠に近づけばGDIISでもTSを求めることができる。

Reviced 2010-10-01 K.Inagaki