*Molecular dynamics [#c3820ec9] 分子動力学計算の実行方法 **HOWTO [#refd1c79] - 分子動力学の実行を指定 --IMDALG=-1 or IMDALG=-2を選択。 ~通常はIMDALG=-1を指定する。 --IMDALG=-1を指定するとTRAJECTORY,ENERGIES等の有用なデータが出力される。 --IMDALG=2はquenching --IMDALG=3はVibration analysis --IMDALG=4はGDIIS --IMDALG=5はGDIISTS 制約条件の入れ方を要追記 --IMDALG=6はNEB --IMDALG=7はNEBwithClimbingImage 有限温度のMDの場合、通常の最後のパラメータ(SM_dopping)の後に、有限温度MDの条件を付け加える。 2 : mvelsc 300.0D0 30.0D0 10 1.0D0 : tempw,tolp,nroll,anneal 300.0D0 8 15 1 : wnosep,nhc,nosy,ndrt 5.0D-8 : frict mvelsc: 2: simple velosity scaling 10: Nose-Hoover その他のパラメータは入力ファイルの解説PDF参照 - [[計算結果のアニメーション化>計算コードの使い方/STATE/原子構造のアニメーション化]] - 制約条件付きMD &COSTRAINT NMCNSTR 3 (制約条件の数) DIST 6 7 4.102 BEND 1 2 3 104.23195 DIHED 1 2 3 4 60.0 &END DIST は原子間距離~ BENDは結合間の角度~ DIHEDは2面角(要確認)~ &CONTRAINT~&ENDと書けばあらゆるMDの方法(quenching等)でも機能する。 - 温度制御の方法の指定 --MVELSCの設定。頻繁に使われるのは以下のものである。~ 0: ミクロカノニカル アンサンブル(温度制御なし)~ 2: velocity rescaling~ 10: Nose-Hoover ~ - 有限温度のMDの場合、&CONTRAINT~&ENDがなくても機能する。 nfinpの最後に~ DIST 1 2 1.83401~ BEND 1 2 3 104.23195~ DIHED 1 2 3 4 60.0~ 等と記述する。~ DIST は原子間距離~ BENDは結合間の角度~ DIHEDは2面角(要確認)~