*Molecular dynamics [#c3820ec9]

分子動力学計算の実行方法

**HOWTO [#refd1c79]

- 分子動力学の実行を指定
--IMDALG=-1 or IMDALG=-2を選択。
~通常はIMDALG=-1を指定する。
--IMDALG=-1を指定するとTRAJECTORY,ENERGIES等の有用なデータが出力される。
--原子の動きを.xyz 形式に変換するためには濱田さん作成のstate2axyz_dup.plを改造したstate2axyz_dup_thin.plが便利（現在稲垣が保管）。
~cat nfout* > temp; state2axyz_dup_thin.pl temp 10 >animation.xyz
~ですべてのMDの経過が間引かれてanimation.xyzに出力される。この例では10MDに1回の割合で出力される。
~注意:　複数のnfoutがあるときに、nfout*でMDが順番通りになるように ~　nfout_01,nfout_02･･･,nfout_10,･･･ のような番号付けをすることが望ましい。




- 温度制御の方法の指定 
--MVELSCの設定。頻繁に使われるのは以下のものである。~
0: ミクロカノニカル　アンサンブル（温度制御なし）~
2: velocity rescaling~
10: Nose-Hoover


~
 
- Blue Moonの制約条件　IMD=？？
nfinpの最後に~
DIST  1 2     1.83401~
BEND  1 2 3   104.23195~
DIHED 1 2 3 4 60.0~

等と記述する。~
DIST は原子間距離~
BENDは結合間の角度~
DIHEDは2面角（要確認）~
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