Molecular dynamics †

分子動力学計算の実行方法

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HOWTO †

  • 分子動力学の実行を指定
    • IMDALG=-1 or IMDALG=-2を選択。

      通常はIMDALG=-1を指定する。

    • IMDALG=-1を指定するとTRAJECTORY,ENERGIES等の有用なデータが出力される。
    • 原子の動きを.xyz 形式に変換するためには濱田さん作成のstate2axyz_dup.plを改造したstate2axyz_dup_thin.plが便利（現在稲垣が保管）。

      cat nfout* > temp; state2axyz_dup_thin.pl temp 10 >animation.xyz

      ですべてのMDの経過が間引かれてanimation.xyzに出力される。この例では10MDに1回の割合で出力される。

      注意:　複数のnfoutがあるときに、nfout*でMDが順番通りになるように ~　nfout_01,nfout_02･･･,nfout_10,･･･ のような番号付けをすることが望ましい。

  • 温度制御の方法の指定
    • MVELSCの設定。頻繁に使われるのは以下のものである。
      0: ミクロカノニカル　アンサンブル（温度制御なし）
      2: velocity rescaling
      10: Nose-Hoover


  • Blue Moonの制約条件　IMD=？？ nfinpの最後に
    DIST 1 2 1.83401
    BEND 1 2 3 104.23195
    DIHED 1 2 3 4 60.0

等と記述する。
DIST は原子間距離
BENDは結合間の角度
DIHEDは2面角（要確認）

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