第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki

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*Molecular dynamics [#c3820ec9]

分子動力学計算の実行方法

**HOWTO [#refd1c79]

*** 分子動力学計算 [#f5253999]

- 分子動力学の実行を指定
--IMDALG=-1 or IMDALG=-2を選択。
~通常はIMDALG=-1を指定する。
--IMDALG=-1を指定するとTRAJECTORY,ENERGIES等の有用なデータが出力される。
--IMDALG=2はquenching
--IMDALG=3はVibration analysis
--IMDALG=4はGDIIS
--IMDALG=5はGDIISTS 制約条件の入れ方を要追記
--IMDALG=6はNEB
--IMDALG=7はNEBwithClimbingImage


-IMDALG=-1(有限温度のMD)の場合、通常の最後のパラメータ（SM_dopping）の後に、有限温度MDの条件を付け加える。

    2                                   : mvelsc
  300.0D0   30.0D0    10       1.0D0    : tempw,tolp,nroll,anneal
  300.0D0    8        15       1        : wnosep,nhc,nosy,ndrt
    5.0D-8                              : frict
 
    0                                   : mcnstr


   mvelsc: 0:micro-canonical 2: simple velosity scaling 10: Nose-Hoover
   mcnstr: number of constraint 制約条件の数 この一行がないとうまく動作しない
  その他のパラメータは入力ファイルの解説PDF参照

- [[計算結果のアニメーション化>計算コードの使い方/STATE/原子構造のアニメーション化]]


*** 制約条件付きMD [#vdad45f2]

 &COSTRAINT
 NMCNSTR 3　　（制約条件の数）
 DIST  6 7      4.102 
 BEND  1 2 3  104.23195
 DIHED 1 2 3 4  60.0
 &END
DIST は原子間距離~
BENDは結合間の角度~
DIHEDは2面角（要確認）~
&CONTRAINT～&ENDと書けばあらゆるMDの方法（quenching等）でも機能する。


- 温度制御の方法の指定 
--MVELSCの設定。頻繁に使われるのは以下のものである。~
0: ミクロカノニカル　アンサンブル（温度制御なし）~
2: velocity rescaling~
10: Nose-Hoover


~
- 有限温度のMDの場合、&CONTRAINT～&ENDがなくても機能する。
nfinpの最後に~
 DIST  1 2     1.83401~
 BEND  1 2 3   104.23195~
 DIHED 1 2 3 4 60.0~

等と記述する。~
DIST は原子間距離~
BENDは結合間の角度~
DIHEDは2面角（要確認）~
◆注意　&CONTRAINT～&ENDで指定するとCONSTRAINTファイル（BlueMoonの拘束力と補正項）が出力されない。