第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki

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  • 1 (2017-03-24 (金) 03:01:06)
  • 2 (2017-03-24 (金) 03:11:45)
  • 3 (2017-03-25 (土) 15:59:32)
  • 4 (2017-11-30 (木) 20:22:41)

MetaDynamics (MeD) 利用指示 †

• オプション指定による。

例

&METADYNAMICS
DELEY 5
CCSTR 2
MTDYTAU 5
CCMTRX_SIZE 3000000
ADVNCSTP 0
DIST 12 6    0.0001 0.1 0.00 0.0 13.5 0.2 1
BNDC 12 6 13 0.0001 0.1 0.00 0.0 13.5 0.2
&END

• CC(Collective coordinate)の数をCCSTRで設定。
• DIST（原子間距離）、ANGL（結合角）、BNDC（DDIST、原子間距離差）、DIHEDRAL（2面角）が利用できる。最初のいくつかで関係する原子を指定、続いて高さW、幅Del_s、metacc（min）、 metak（min）、metacc（max）、metak（max）、 Fold（周期性を考慮して原子の位置を考えるのをやめるかどうか。１＝Fold、０＝ｎｏＦｏｌｄ）を指定。
• DELAY 置いた後activateするまでのMDステップ数
• MTDYTAU
• CCMTRX_SIZE　記憶するステップ数の最大値
• ADVNCSTP 0