計算コードの使い方/STATE/Vibration のバックアップ(No.3) - 第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki

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- 1 (2013-06-06 (木) 13:55:17)
- 2 (2017-11-30 (木) 20:21:17)
- 3 (2018-10-17 (水) 23:33:44)

Vibrational analysis †

振動解析に先立ち十分に構造緩和を行い、緩和した原子位置を用いて新たに入力ファイルを作成する。
入力ファイルでIMDALG=3とする。
nfvibrate.dataを以下の形式で作成する。

変位を与える原子数、因子、（インデックス（プログラムでは未使用））

変位を与える原子のインデックス、原子変位(dx,dy,dz)
例1　X方向に軸を持つ2原子分子の場合

    2   0.10d+1   1
        1    0.010000000000     0.000000000000     0.000000000000 
        2    0.000000000000     0.000000000000     0.000000000000 
    2  -0.10d+1   2
        1    0.010000000000     0.000000000000     0.000000000000 
        2    0.000000000000     0.000000000000     0.000000000000 
    2   0.10d+1   3
        1    0.000000000000     0.000000000000     0.000000000000 
        2    0.010000000000     0.000000000000     0.000000000000 
    2  -0.10d+1   4
        1    0.000000000000     0.000000000000     0.000000000000 
        2    0.010000000000     0.000000000000     0.000000000000

出力ファイルから原子位置と原子にかかる力のデータを取り出す。次のようなファイルを作成する(例えばMD_1等と名付ける)

2  2
12 16
  2
    1     0.010000    0.000000    0.000000  -0.01444  0.00000  0.00000
    2     2.200000    0.000000    0.000000   0.01444  0.00000  0.00000
  3   
    1    -0.010000    0.000000    0.000000   0.00333  0.00000  0.00000
    2     2.200000    0.000000    0.000000  -0.00330  0.00000  0.00000
  4   
    1     0.000000    0.000000    0.000000   0.00331  0.00000  0.00000
    2     2.210000    0.000000    0.000000  -0.00332  0.00000  0.00000
  5   
    1     0.000000    0.000000    0.000000  -0.01443  0.00000  0.00000
    2     2.190000    0.000000    0.000000   0.01444  0.00000  0.00000

各数値の意味

原子数　振動モード数（与えた変位ベクトルの数の半分であることに注意）
各原子の質量
 計算した構造の番号（実は任意）
 変位（変位させた原子の数だけの行）
  上記2つを、計算するモードの数の2倍だけ与える

GiF.fを使用して振動数の計算を行う。

  gfortran GiF.f -o GiF.out -llapack -lblas
  ./GiF.out < MD_1 > GiF_1

各振動モードの周波数と振幅ベクトルの出力をもとにして、新たにこの振幅ベクトルを変位として再度振動モード解析を行うとより正確な値が出力される。この再計算を行うことが推奨される。