Vibrational analysis

  • 振動解析に先立ち十分に構造緩和を行い、緩和した原子位置を用いて新たに入力ファイルを作成する。
  • 入力ファイルでIMDALG=3とする。
  • nfvibrate.dataを以下の形式で作成する。
  • 変位を与える原子数、因子 (fac)、インデックス(プログラムでは未使用)
  • 変位を与える原子のインデックス、原子変位 (dx,dy,dz)
    X方向に分子軸を持つ2原子分子の場合
        2   0.10d+1   1
            1    0.010000000000     0.000000000000     0.000000000000 
            2    0.000000000000     0.000000000000     0.000000000000 
        2  -0.10d+1   2
            1    0.010000000000     0.000000000000     0.000000000000 
            2    0.000000000000     0.000000000000     0.000000000000 
        2   0.10d+1   3
            1    0.000000000000     0.000000000000     0.000000000000 
            2    0.010000000000     0.000000000000     0.000000000000 
        2  -0.10d+1   4
            1    0.000000000000     0.000000000000     0.000000000000 
            2    0.010000000000     0.000000000000     0.000000000000 
    この場合、nfvibrate.dataは以下のように単純化できる。
         1   0.10d+1   1
             1    0.010000000000     0.000000000000     0.000000000000 
         1  -0.10d+1   2
             1    0.010000000000     0.000000000000     0.000000000000 
         1   0.10d+1   3
             2    0.010000000000     0.000000000000     0.000000000000 
         2  -0.10d+1   4
             2    0.010000000000     0.000000000000     0.000000000000 
    fac * ( dx, dy, dz )が実際に各原子に与えられる変位ベクトルである。この例では原子1, 2をそれぞれ+0.01 (0.10d+1 * 0.01)、-0.01 (-0.10d+1*0.01)変位させている。
  • 出力ファイルから原子位置と原子にかかる力のデータを取り出す。次のようなファイルを作成する(例えばMD_1等と名付ける)
2  2
12 16
  2
    1     0.010000    0.000000    0.000000  -0.01444  0.00000  0.00000
    2     2.200000    0.000000    0.000000   0.01444  0.00000  0.00000
  3   
    1    -0.010000    0.000000    0.000000   0.00333  0.00000  0.00000
    2     2.200000    0.000000    0.000000  -0.00330  0.00000  0.00000
  4   
    1     0.000000    0.000000    0.000000   0.00331  0.00000  0.00000
    2     2.210000    0.000000    0.000000  -0.00332  0.00000  0.00000
  5   
    1     0.000000    0.000000    0.000000  -0.01443  0.00000  0.00000
    2     2.190000    0.000000    0.000000   0.01444  0.00000  0.00000
  • 各数値の意味
    原子数 振動モード数(与えた変位ベクトルの数の半分であることに注意)
    各原子の質量
     計算した構造の番号(実は任意)
     変位(変位させた原子の数だけの行)
      上記2つを、計算するモードの数の2倍だけ与える
  • GiF.fを使用して振動数の計算を行う。
      gfortran GiF.f -o GiF.out -llapack -lblas
      ./GiF.out < MD_1 > GiF_1
  • 各振動モードの周波数と振幅ベクトルの出力をもとにして、新たにこの振幅ベクトルを変位として再度振動モード解析を行うとより正確な値が出力される。この再計算を行うことが推奨される。
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Last-modified: 2018-10-18 (木) 12:19:26 (26d)