計算機システムの使い方/squid/job_script のバックアップ(No.2) - 第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki

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- 1 (2024-01-25 (木) 16:26:23)
- 2 (2024-01-26 (金) 13:55:21)
- 3 (2024-01-26 (金) 16:58:37)

プログラムの実行方法 †

ジョブスクリプトの書き方 †

SQUIDでプログラムを実行するためにはキューイングシステムを利用する必要があります。一般的には以下のようなジョブスクリプトファイルを作成しqsubコマンドを利用してジョブを投入します。以下はSTATEを用いてCO分子の計算を実行するためのジョブスクリプトの例です

run_co.sh
```
#!/bin/bash
#PBS -q DBG
#PBS --group=G15577
#PBS -m b
#PBS -T intmpi
#PBS -l cpunum_job=8
#PBS -v OMP_NUM_THREADS=1
#PBS -l elapstim_req=00:10:00
#PBS -e ERR
#PBS -o OUT

module load BaseCPU/2023
module load BasePy/2023

cd $PBS_O_WORKDIR

# Set the executable of the STATE code

ROOT_DIR=${HOME}/STATE

ln -fs ${ROOT_DIR}/src/state-5.6.14/src/STATE .
 
# Set the pseudopotential data

ln -fs ${ROOT_DIR}/gncpp/pot.C_pbe1
ln -fs ${ROOT_DIR}/gncpp/pot.O_pbe1

ln -fs ${ROOT_DIR}/gncpp/vdwdphi.dat_d0.1 vdwdphi.dat
 
# Set the input/output file

INPUT_FILE=nfinp_scf
OUTPUT_FILE=nfout_scf

# Run!

mpirun ${NQSV_MPIOPTS} ./STATE < ${INPUT_FILE} > ${OUTPUT_FILE}
```
以下は上記ジョブスクリプトファイルの簡単な説明です。
- 使用するshの宣言
```
#!/bin/bash
```
- 使用するジョブクラスの指定(使用可能なジョブクラス)
```
#PBS -q DBG
```
- 自分の所属するグループの指定（指導教員に確認）
```
#PBS --group=G15577
```
- 使用する並列計算環境の指定（STATEの場合は主にintmpiを使用）
```
#PBS -T intmpi
```
- 使用する全コア数の指定
```
#PBS -l cpunum_job=8
```
- スレッド並列数の指定
```
#PBS -v OMP_NUM_THREADS=1
```
  （cpunum_job / OMP_NUM_THREADSがMPI並列数。大きい系ではOMP_NUM_THREADSは2~4を使用することが多い）
- 実行時間の指定（入力ファイルでも実行時間を指定することを忘れないよう注意）
```
#PBS -l elapstim_req=00:10:00
```
- エラー出力ファイルの指定（上記の例ではERRというファイルにエラーが出力される）
```
#PBS -e ERR
```
- 標準出力ファイルの指定（上記の例ではOUTというファイルメッセージが出力される）
```
#PBS -o OUT
```
- 使用するモジュールの指定（プログラムをビルドした際のものと同じものを指定）
```
module load BaseCPU/2023
module load BasePy/2023
```
- プログラムを実行するディレクトリへの移動（特別な場合を除いては変更せずにこのまま使用）
```
 cd $PBS_O_WORKDIR
```
- 使用するSTATEの実行形式の指定
```
# Set the executable of the STATE code

ROOT_DIR=${HOME}/STATE

ln -fs ${ROOT_DIR}/src/state-5.6.14/src/STATE .
```
- 使用する擬ポテンシャルの指定
```
# Set the pseudopotential data

ln -fs ${ROOT_DIR}/gncpp/pot.C_pbe1
ln -fs ${ROOT_DIR}/gncpp/pot.O_pbe1
```
- 使用するvan der Waalsカーネルの指定（van der Waals density functionalを使用しない場合は不要）
```
ln -fs ${ROOT_DIR}/gncpp/vdwdphi.dat_d0.1 vdwdphi.dat
```
- 入出力ファイルの指定
```
# Set the input/output file

INPUT_FILE=nfinp_scf
OUTPUT_FILE=nfout_scf
```
- STATEの実行
```
# Run!

mpirun ${NQSV_MPIOPTS} ./STATE < ${INPUT_FILE} > ${OUTPUT_FILE}
```

Quantum-ESPRESSOの場合の例

↑

プログラムの実行方法 †

前項のようなジョブスクリプトが用意できたらqsubを使ってジョブを投入します。

$ qsub run_co.sh

ジョブの実行状況を確認するにはqstatを使用します。

$ qstat

例えば計算開始前では以下のような結果が得られます。

RequestID       ReqName  UserName Queue     Pri STT S   Memory      CPU   Elapse R H M Jobs
--------------- -------- -------- -------- ---- --- - -------- -------- -------- - - - ----
619040.sqd      run_co.s v60795   DBG-C       0 PRR -    0.00B     0.00        0 Y Y Y    1

ジョブをキャンセルするためにはqstatで表示されたRequestIDをqdelを使用してキャンセルします。

$ qdel 619040