第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki
開始行:
XCrySDenの起動方法:
PC上からCygwinなどを立ち上げる
% startX
でXtermを立ち上げ、そこから、rafikiにアクセスする。
% ssh -X naoki@rafiki.cmp.sanken.osaka-u.ac.jp
次にxsfのデータなどのあるディレクトリに移動して
% xcrysden
とすると立ち上がります。
立ち上がった直後に落ちてしまう場合は、
% ssh -Y naoki@rafiki.cmp.sanken.osaka-u.ac.jp
でrafikiにアクセスしなおしてください。
(!)XCrySDenが、起動しないときは、
「-X」の代わりに「-Y」を使うとうまくいくことがあるみたい...
グラフィックボードがある程度しっかりしたPCであれば、
rafikiにアクセスすることにより、原子構造や電荷密度の可視...
(XCrySDen自体の設定・手続きは非常に簡単です)
XCrySDenとは?
http://www.xcrysden.org/
読み込みのフォーマットについて:
XCrySDenはCubeのフォーマットから読み込むことが可能ですが、
その場合の長さの単位はÅでなくボーアのようです。
(xsfファイルのフォーマットはÅです)
舩島君より:
XCrySDenはsshのXのforwarding、
つまり「-X」のオプションだけではうまく起動できない事があ...
「-X」の代わりにenable trusted forwardingのオプション「-...
起動できる事がありますので、
もし出来ない様な方がおられたら試してみると良いと思います。
ちなみに、同様に「-Y」オプションをつけてemacsを立ち上げ...
範囲を選んでも落ちると言う、同様のsshのXのfowardingを使...
改善されます(余談)
2006/4/26 N.Mitsuda
XCrySDenのフォーマットについて:
ユニットセル外の原子は自動的に周期条件を使ってユニットセ...
意図的にユニットセル外の原子を描きたい場合は、中心をずら...
(例えば、緩和させて0.00の位置から-0.03になった場合など)。
このとき、同時に波動関数や電荷密度のデータもずらす必要が...
波動関数や電荷密度のデータについては、ユニットセル内に「...
ですので、その場合は、グリッドデータのソートが必要になり...
また、中心をずらさない場合でも、0.5メッシュ分ずれてしまう...
この場合は0.5メッシュ分をずらす必要があります。
ただし、1メッシュ以内の微調整では、グリッドデータのソー...
XCrySDenが自動的にナイソウしてくれます。
2006/4/27 N.Mitsuda
研究室外からのXCrySDenの起動:
吉田研@京都支部からでは、
通信回線やtapioka経由などの影響で激しく重くなってまともに...
2006/5/03 N.Mitsuda
終了行:
XCrySDenの起動方法:
PC上からCygwinなどを立ち上げる
% startX
でXtermを立ち上げ、そこから、rafikiにアクセスする。
% ssh -X naoki@rafiki.cmp.sanken.osaka-u.ac.jp
次にxsfのデータなどのあるディレクトリに移動して
% xcrysden
とすると立ち上がります。
立ち上がった直後に落ちてしまう場合は、
% ssh -Y naoki@rafiki.cmp.sanken.osaka-u.ac.jp
でrafikiにアクセスしなおしてください。
(!)XCrySDenが、起動しないときは、
「-X」の代わりに「-Y」を使うとうまくいくことがあるみたい...
グラフィックボードがある程度しっかりしたPCであれば、
rafikiにアクセスすることにより、原子構造や電荷密度の可視...
(XCrySDen自体の設定・手続きは非常に簡単です)
XCrySDenとは?
http://www.xcrysden.org/
読み込みのフォーマットについて:
XCrySDenはCubeのフォーマットから読み込むことが可能ですが、
その場合の長さの単位はÅでなくボーアのようです。
(xsfファイルのフォーマットはÅです)
舩島君より:
XCrySDenはsshのXのforwarding、
つまり「-X」のオプションだけではうまく起動できない事があ...
「-X」の代わりにenable trusted forwardingのオプション「-...
起動できる事がありますので、
もし出来ない様な方がおられたら試してみると良いと思います。
ちなみに、同様に「-Y」オプションをつけてemacsを立ち上げ...
範囲を選んでも落ちると言う、同様のsshのXのfowardingを使...
改善されます(余談)
2006/4/26 N.Mitsuda
XCrySDenのフォーマットについて:
ユニットセル外の原子は自動的に周期条件を使ってユニットセ...
意図的にユニットセル外の原子を描きたい場合は、中心をずら...
(例えば、緩和させて0.00の位置から-0.03になった場合など)。
このとき、同時に波動関数や電荷密度のデータもずらす必要が...
波動関数や電荷密度のデータについては、ユニットセル内に「...
ですので、その場合は、グリッドデータのソートが必要になり...
また、中心をずらさない場合でも、0.5メッシュ分ずれてしまう...
この場合は0.5メッシュ分をずらす必要があります。
ただし、1メッシュ以内の微調整では、グリッドデータのソー...
XCrySDenが自動的にナイソウしてくれます。
2006/4/27 N.Mitsuda
研究室外からのXCrySDenの起動:
吉田研@京都支部からでは、
通信回線やtapioka経由などの影響で激しく重くなってまともに...
2006/5/03 N.Mitsuda
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