第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki
開始行:
*メタノール/Pt(111)界面 [#l59437db]
- 目次
#Contents
- はじめに~
このチュートリアルではPt(111)(3x3)表面に吸着したメタノー...
COOP解析では以下の手順で計算を行います。
-- 吸着系の構造最適化
-- 吸着系のSCF計算
-- サブシステム(分子、基板)のSCF計算
-- COOP計算の準備(オーバーラップの計算)
-- COOP解析
という手順で計算を行います。
また吸着系の構造は既に最適化しているとものとし、吸着系、...
CH3OH/ Pt111/ Total/
**吸着系のSCF計算 [#x2a46e84]
- 入力ファイル (Total/nfinp_scf)
#
# CH3OH on Pt(111)
#
RESTART
WF_OPT DAV
NTYP 4
NATM 51
GMAX 6.0
GMAXP 20.0
KPOINT_MESH 4 4 1
WAY_MIX 6
MIX_ALPHA 0.2
SMEARING MP
WIDTH 0.02
EDELTA 1.D-12
NEG 374
&CELL
15.935782493970 0.000000000000 0.00000000...
-7.967891246985 13.800792468961 0.00000000...
0.000000000000 0.000000000000 65.05755960...
&END
&ATOMIC_SPECIES
Pt 195.084 pot.Pt_pbe1
H 1.00784 pot.H_lda1
C 12.0107 pot.C_pbe1
O 15.9994 pot.O_pbe1
&END
&ATOMIC_COORDINATES CARTESIAN
-1.8137028864 9.7577897649 6.047526533...
0.3796625950 9.4143384000 4.441380675...
-2.8866486133 7.9909878630 5.966228860...
1.3575317442 10.9863245180 4.408422890...
-3.0023990778 11.3232130902 5.377126768...
-1.1679860539 10.1062442042 7.989868673...
-0.0099652505 -0.0118152838 -0.038926770...
5.2888683372 0.0108921856 -0.064530362...
10.6265696551 0.0008317009 -0.038774477...
-2.6897091584 4.5448841905 -0.052384748...
2.6635463467 4.5580537376 -0.070651533...
7.9589507735 4.5854784695 -0.072271951...
-5.3637785701 9.1883685551 -0.066260482...
-0.0392907170 9.1565874594 0.057996666...
5.3281043692 9.1911533151 -0.072200729...
-0.0021214349 3.0614887173 -4.430125849...
5.3127589060 3.0682635440 -4.467541294...
10.6216354438 3.0680025298 -4.459423653...
-2.6410480936 7.6736054392 -4.363725787...
2.6463501164 7.6713174600 -4.382120800...
7.9673552854 7.6640546571 -4.469556801...
-5.3175076764 12.2702284809 -4.432052819...
0.0018447605 12.2611966334 -4.374977359...
5.3128659353 12.2716266162 -4.426773934...
0.0011760521 -3.0598724283 -8.732483713...
5.3220998470 -3.0659574817 -8.696365858...
10.6177996176 -3.0665582052 -8.696515102...
-2.6520476401 1.5342773535 -8.726906900...
2.6533798972 1.5333891366 -8.731617919...
7.9713478584 1.5258548152 -8.727568616...
-5.2901369599 6.1501470806 -8.727560647...
0.0020257219 6.1445633683 -8.697667804...
5.3019326567 6.1448522618 -8.732613502...
0.0000000000 0.0000000000 -13.011511920...
5.3119274980 0.0000000000 -13.011511920...
10.6238549960 0.0000000000 -13.011511920...
-2.6559637490 4.6002641563 -13.011511920...
2.6559637490 4.6002641563 -13.011511920...
7.9678912470 4.6002641563 -13.011511920...
-5.3119274980 9.2005283126 -13.011511920...
-0.0000000000 9.2005283126 -13.011511920...
5.3119274980 9.2005283126 -13.011511920...
-0.0000000000 3.0668427709 -17.348682561...
5.3119274980 3.0668427709 -17.348682561...
10.6238549960 3.0668427709 -17.348682561...
-2.6559637490 7.6671069272 -17.348682561...
2.6559637490 7.6671069272 -17.348682561...
7.9678912470 7.6671069272 -17.348682561...
-5.3119274980 12.2673710835 -17.348682561...
-0.0000000000 12.2673710835 -17.348682561...
5.3119274980 12.2673710835 -17.348682561...
&END
&ESM
BOUNDARY_CONDITION BARE
&END
``qsub``を使用、あるいは``mpirun``を用いてSTATEの実行を行...
**吸着分子のSCF計算 [#sedce978]
- 入力ファイル (CH3OH/nfinp_scf)
#
# CH3OH
#
WF_OPT DAV
NTYP 4
NATM 6
GMAX 6.0
GMAXP 20.0
KPOINT_MESH 4 4 1
WAY_MIX 6
MIX_ALPHA 0.5
SMEARING MP
WIDTH 0.02
EDELTA 1.D-12
NEG 16
&CELL
15.935782493970 0.000000000000 0.00000000...
-7.967891246985 13.800792468961 0.00000000...
0.000000000000 0.000000000000 65.05755960...
&END
&ATOMIC_SPECIES
Pt 195.084 pot.Pt_pbe1
H 1.00784 pot.H_lda1
C 12.0107 pot.C_pbe1
O 15.9994 pot.O_pbe1
&END
&ATOMIC_COORDINATES CARTESIAN
-1.8137028864 9.7577897649 6.047526533...
0.3796625950 9.4143384000 4.441380675...
-2.8866486133 7.9909878630 5.966228860...
1.3575317442 10.9863245180 4.408422890...
-3.0023990778 11.3232130902 5.377126768...
-1.1679860539 10.1062442042 7.989868673...
&END
&ESM
BOUNDARY_CONDITION BARE
&END
吸着系と同様にSCF計算を実行します。
**基板のSCF計算 [#r8a39b44]
- Pt111/nfinp_scf
#
# Pt(111)
#
WF_OPT DAV
NTYP 4
NATM 45
GMAX 6.0
GMAXP 20.0
KPOINT_MESH 4 4 1
NSCF 400
WAY_MIX 6
MIX_ALPHA 0.2
SMEARING MP
WIDTH 0.02
EDELTA 1.D-12
NEG 358
&CELL
15.935782493970 0.000000000000 0.00000000...
-7.967891246985 13.800792468961 0.00000000...
0.000000000000 0.000000000000 65.05755960...
&END
&ATOMIC_SPECIES
Pt 195.084 pot.Pt_pbe1
H 1.00784 pot.H_lda1
C 12.0107 pot.C_pbe1
O 15.9994 pot.O_pbe1
&END
&ATOMIC_COORDINATES CARTESIAN
-0.0099652505 -0.0118152838 -0.038926770...
5.2888683372 0.0108921856 -0.064530362...
10.6265696551 0.0008317009 -0.038774477...
-2.6897091584 4.5448841905 -0.052384748...
2.6635463467 4.5580537376 -0.070651533...
7.9589507735 4.5854784695 -0.072271951...
-5.3637785701 9.1883685551 -0.066260482...
-0.0392907170 9.1565874594 0.057996666...
5.3281043692 9.1911533151 -0.072200729...
-0.0021214349 3.0614887173 -4.430125849...
5.3127589060 3.0682635440 -4.467541294...
10.6216354438 3.0680025298 -4.459423653...
-2.6410480936 7.6736054392 -4.363725787...
2.6463501164 7.6713174600 -4.382120800...
7.9673552854 7.6640546571 -4.469556801...
-5.3175076764 12.2702284809 -4.432052819...
0.0018447605 12.2611966334 -4.374977359...
5.3128659353 12.2716266162 -4.426773934...
0.0011760521 -3.0598724283 -8.732483713...
5.3220998470 -3.0659574817 -8.696365858...
10.6177996176 -3.0665582052 -8.696515102...
-2.6520476401 1.5342773535 -8.726906900...
2.6533798972 1.5333891366 -8.731617919...
7.9713478584 1.5258548152 -8.727568616...
-5.2901369599 6.1501470806 -8.727560647...
0.0020257219 6.1445633683 -8.697667804...
5.3019326567 6.1448522618 -8.732613502...
0.0000000000 0.0000000000 -13.011511920...
5.3119274980 0.0000000000 -13.011511920...
10.6238549960 0.0000000000 -13.011511920...
-2.6559637490 4.6002641563 -13.011511920...
2.6559637490 4.6002641563 -13.011511920...
7.9678912470 4.6002641563 -13.011511920...
-5.3119274980 9.2005283126 -13.011511920...
-0.0000000000 9.2005283126 -13.011511920...
5.3119274980 9.2005283126 -13.011511920...
-0.0000000000 3.0668427709 -17.348682561...
5.3119274980 3.0668427709 -17.348682561...
10.6238549960 3.0668427709 -17.348682561...
-2.6559637490 7.6671069272 -17.348682561...
2.6559637490 7.6671069272 -17.348682561...
7.9678912470 7.6671069272 -17.348682561...
-5.3119274980 12.2673710835 -17.348682561...
-0.0000000000 12.2673710835 -17.348682561...
5.3119274980 12.2673710835 -17.348682561...
&END
&ESM
BOUNDARY_CONDITION BARE
&END
** COOP計算の準備 [#jfff32a1]
- 入力ファイル (Total/nfinp_coop)
#
# CH3OH on Pt(111)
#
TASK COOP
WF_OPT DAV
NTYP 4
NATM 51
GMAX 6.0
GMAXP 20.0
KPOINT_MESH 4 4 1
WAY_MIX 6
MIX_ALPHA 0.5
SMEARING MP
WIDTH 0.02
EDELTA 1.D-12
NEG 374
&CELL
15.935782493970 0.000000000000 0.00000000...
-7.967891246985 13.800792468961 0.00000000...
0.000000000000 0.000000000000 65.05755960...
&END
&ATOMIC_SPECIES
Pt 195.084 pot.Pt_pbe1
H 1.00784 pot.H_lda1
C 12.0107 pot.C_pbe1
O 15.9994 pot.O_pbe1
&END
&ATOMIC_COORDINATES CARTESIAN
-1.8137028864 9.7577897649 6.047526533...
0.3796625950 9.4143384000 4.441380675...
-2.8866486133 7.9909878630 5.966228860...
1.3575317442 10.9863245180 4.408422890...
-3.0023990778 11.3232130902 5.377126768...
-1.1679860539 10.1062442042 7.989868673...
-0.0099652505 -0.0118152838 -0.038926770...
5.2888683372 0.0108921856 -0.064530362...
10.6265696551 0.0008317009 -0.038774477...
-2.6897091584 4.5448841905 -0.052384748...
2.6635463467 4.5580537376 -0.070651533...
7.9589507735 4.5854784695 -0.072271951...
-5.3637785701 9.1883685551 -0.066260482...
-0.0392907170 9.1565874594 0.057996666...
5.3281043692 9.1911533151 -0.072200729...
-0.0021214349 3.0614887173 -4.430125849...
5.3127589060 3.0682635440 -4.467541294...
10.6216354438 3.0680025298 -4.459423653...
-2.6410480936 7.6736054392 -4.363725787...
2.6463501164 7.6713174600 -4.382120800...
7.9673552854 7.6640546571 -4.469556801...
-5.3175076764 12.2702284809 -4.432052819...
0.0018447605 12.2611966334 -4.374977359...
5.3128659353 12.2716266162 -4.426773934...
0.0011760521 -3.0598724283 -8.732483713...
5.3220998470 -3.0659574817 -8.696365858...
10.6177996176 -3.0665582052 -8.696515102...
-2.6520476401 1.5342773535 -8.726906900...
2.6533798972 1.5333891366 -8.731617919...
7.9713478584 1.5258548152 -8.727568616...
-5.2901369599 6.1501470806 -8.727560647...
0.0020257219 6.1445633683 -8.697667804...
5.3019326567 6.1448522618 -8.732613502...
0.0000000000 0.0000000000 -13.011511920...
5.3119274980 0.0000000000 -13.011511920...
10.6238549960 0.0000000000 -13.011511920...
-2.6559637490 4.6002641563 -13.011511920...
2.6559637490 4.6002641563 -13.011511920...
7.9678912470 4.6002641563 -13.011511920...
-5.3119274980 9.2005283126 -13.011511920...
-0.0000000000 9.2005283126 -13.011511920...
5.3119274980 9.2005283126 -13.011511920...
-0.0000000000 3.0668427709 -17.348682561...
5.3119274980 3.0668427709 -17.348682561...
10.6238549960 3.0668427709 -17.348682561...
-2.6559637490 7.6671069272 -17.348682561...
2.6559637490 7.6671069272 -17.348682561...
7.9678912470 7.6671069272 -17.348682561...
-5.3119274980 12.2673710835 -17.348682561...
-0.0000000000 12.2673710835 -17.348682561...
5.3119274980 12.2673710835 -17.348682561...
&END
&ESM
BOUNDARY_CONDITION BARE
&END
&COOP
KPDOSMO_MOL_1 16
KATM_MOL_1 6
KLMTA_MOL_1 16
KPDOSMO_SUB 358
KATM_SUB 45
KLMTA_SUB 900
WFN_MOL_1 ../CH3OH/zaj.data
WFN_SUB ../Pt111/zaj.data
&END
以上の入力ファイルを用いてCOOP解析に必要な分子軌道および...
TASK COOP
また&COOP...&ENDブロックに
- KPDOSMO_MOL1(あるいはKPDOSMO1、吸着分子の軌道の数、非...
- KATM_MOL_1(あるいはKATM1、吸着分子に含まれる原子数KATM...
- KLMTA_MOL_1(あるいはKLMTA1、分子の計算に必要な軌道角運...
- KPDOSMO_SUB(あるいはKPDOSMO3、基板のバンド数、非占有軌...
- KATM_SUB(あるいはKATM3、基板に含まれる原子の数)
- KLMTA_SUB(あるいはKLMTA3、基板の計算に必要な軌道角運動...
を以下のように指定します。また
- WFN_MOL_1
- WFN_SUB
でそれぞれ分子および基板の波動関数のファイル名を指定しま...
(デフォルトはそれぞれ./zak1.dataと./zak3.data)
&COOP
KPDOSMO_MOL_1 16
KATM_MOL_1 6
KLMTA_MOL_1 16
KPDOSMO_SUB 358
KATM_SUB 45
KLMTA_SUB 900
WFN_MOL_1 ../CH3OH/zaj.data
WFN_SUB ../Pt111/zaj.data
&END
ここでKPDOSMO_MOL_1とKPDOSMO_SUBの和は全系のバンド数と一...
この入力ファイルを実行すると
- coop.data
- coop_bij.data
- coop_sij.data
が出力されます。またCOOPの計算の際にKohn-Sham固有値のファ...
``nfcoop.data``は以下のような固定フォーマットになっていま...
1 : KSPIN
10 : KNV3
8 16 6 16 : NPDOSMO1 KPDOSMO1 KATM1 K...
0 0 0 0 : NPDOSMO2 KPDOSMO2 KATM2 K...
358 358 45 900 : NPDOSMO3 KPDOSMO3 KATM3 K...
-15.00 5.00 0.10 2001 : EMIN EMAX EWIDTH NPDOSE
** COOP解析 [#q712974c]
最後の``coop_analysis``を使ってCOOP解析を行います。
今の例で分子軌道として占有軌道 (7) および非占有軌道 (9) ...
(to be continued)
- KPDOSMO_MOL_1 (KPDOSMO1) = 8
この場合分子の軌道としてLUMOまでを考慮します。
- 入力ファイル (Total/nfcoop.data)
1 : KSPIN
10 : KNV3
8 16 6 16 : NPDOSMO1 KPDOSMO1 KATM1 K...
0 0 0 0 : NPDOSMO2 KPDOSMO2 KATM2 K...
358 358 45 900 : NPDOSMO3 KPDOSMO3 KATM3 K...
-15.00 5.00 0.10 2001 : EMIN EMAX EWIDTH NPDOSE
``coop_analysis``へのコマンドサーチパスが設定されているこ...
$ coop_analysis > coop_LUMO.out
次に出力ファイルからCOOP (COOP2)のデータをgrepを使って取...
$ grep 'COOP2' coop_LUMO.out | awk -F\: '{print $2}' > c...
同様にして分子軌道に射影した状態密度 (MOPDOS) を取り出し...
$ grep 'PDOS' coop_LUMO.out | awk -F\: '{print $2}' > pd...
これらをgnuplotを使ってプロットします。HOMOとLUMOについて...
#ref(http://www-cp.prec.eng.osaka-u.ac.jp/puki_state/grap...
#ref(http://www-cp.prec.eng.osaka-u.ac.jp/puki_state/grap...
COOP(正しくはCOOPの重みを付けた状態密度)は正の値が基板...
- KPDOSMO_MOL_1 (KPDOSMO1) = 7
そのような考察のもと分子軌道としてはHOMOまでを考慮しても...
- 入力ファイル (Total/nfcoop.data)
1 : KSPIN
10 : KNV3
7 16 6 16 : NPDOSMO1 KPDOSMO1 KATM1 K...
0 0 0 0 : NPDOSMO2 KPDOSMO2 KATM2 K...
358 358 45 900 : NPDOSMO3 KPDOSMO3 KATM3 K...
-15.00 5.00 0.10 2001 : EMIN EMAX EWIDTH NPDOSE
出力ファイル名前を以下のように変更して``coop_analysis``を...
$ coop_analysis > coop_HOMO.out
次に出力ファイルからCOOP (COOP2)のデータをgrepを使って取...
$ grep 'COOP2' coop_HOMO.out | awk -F\: '{print $2}' > c...
同様にしてMOPDOSを取り出します。
$ grep 'PDOS' coop_HOMO.out | awk -F\: '{print $2}' > pd...
この場合のHOMOとLUMOについてのCOOPとPDOSは以下のようにな...
#ref(http://www-cp.prec.eng.osaka-u.ac.jp/puki_state/grap...
#ref(http://www-cp.prec.eng.osaka-u.ac.jp/puki_state/grap...
LUMOを含めた場合とCOOP、PDOS共に形状はほぼ変わらないこと...
またここでHOMOのCOOPの反結合性成分が部分的に占有されてお...
終了行:
*メタノール/Pt(111)界面 [#l59437db]
- 目次
#Contents
- はじめに~
このチュートリアルではPt(111)(3x3)表面に吸着したメタノー...
COOP解析では以下の手順で計算を行います。
-- 吸着系の構造最適化
-- 吸着系のSCF計算
-- サブシステム(分子、基板)のSCF計算
-- COOP計算の準備(オーバーラップの計算)
-- COOP解析
という手順で計算を行います。
また吸着系の構造は既に最適化しているとものとし、吸着系、...
CH3OH/ Pt111/ Total/
**吸着系のSCF計算 [#x2a46e84]
- 入力ファイル (Total/nfinp_scf)
#
# CH3OH on Pt(111)
#
RESTART
WF_OPT DAV
NTYP 4
NATM 51
GMAX 6.0
GMAXP 20.0
KPOINT_MESH 4 4 1
WAY_MIX 6
MIX_ALPHA 0.2
SMEARING MP
WIDTH 0.02
EDELTA 1.D-12
NEG 374
&CELL
15.935782493970 0.000000000000 0.00000000...
-7.967891246985 13.800792468961 0.00000000...
0.000000000000 0.000000000000 65.05755960...
&END
&ATOMIC_SPECIES
Pt 195.084 pot.Pt_pbe1
H 1.00784 pot.H_lda1
C 12.0107 pot.C_pbe1
O 15.9994 pot.O_pbe1
&END
&ATOMIC_COORDINATES CARTESIAN
-1.8137028864 9.7577897649 6.047526533...
0.3796625950 9.4143384000 4.441380675...
-2.8866486133 7.9909878630 5.966228860...
1.3575317442 10.9863245180 4.408422890...
-3.0023990778 11.3232130902 5.377126768...
-1.1679860539 10.1062442042 7.989868673...
-0.0099652505 -0.0118152838 -0.038926770...
5.2888683372 0.0108921856 -0.064530362...
10.6265696551 0.0008317009 -0.038774477...
-2.6897091584 4.5448841905 -0.052384748...
2.6635463467 4.5580537376 -0.070651533...
7.9589507735 4.5854784695 -0.072271951...
-5.3637785701 9.1883685551 -0.066260482...
-0.0392907170 9.1565874594 0.057996666...
5.3281043692 9.1911533151 -0.072200729...
-0.0021214349 3.0614887173 -4.430125849...
5.3127589060 3.0682635440 -4.467541294...
10.6216354438 3.0680025298 -4.459423653...
-2.6410480936 7.6736054392 -4.363725787...
2.6463501164 7.6713174600 -4.382120800...
7.9673552854 7.6640546571 -4.469556801...
-5.3175076764 12.2702284809 -4.432052819...
0.0018447605 12.2611966334 -4.374977359...
5.3128659353 12.2716266162 -4.426773934...
0.0011760521 -3.0598724283 -8.732483713...
5.3220998470 -3.0659574817 -8.696365858...
10.6177996176 -3.0665582052 -8.696515102...
-2.6520476401 1.5342773535 -8.726906900...
2.6533798972 1.5333891366 -8.731617919...
7.9713478584 1.5258548152 -8.727568616...
-5.2901369599 6.1501470806 -8.727560647...
0.0020257219 6.1445633683 -8.697667804...
5.3019326567 6.1448522618 -8.732613502...
0.0000000000 0.0000000000 -13.011511920...
5.3119274980 0.0000000000 -13.011511920...
10.6238549960 0.0000000000 -13.011511920...
-2.6559637490 4.6002641563 -13.011511920...
2.6559637490 4.6002641563 -13.011511920...
7.9678912470 4.6002641563 -13.011511920...
-5.3119274980 9.2005283126 -13.011511920...
-0.0000000000 9.2005283126 -13.011511920...
5.3119274980 9.2005283126 -13.011511920...
-0.0000000000 3.0668427709 -17.348682561...
5.3119274980 3.0668427709 -17.348682561...
10.6238549960 3.0668427709 -17.348682561...
-2.6559637490 7.6671069272 -17.348682561...
2.6559637490 7.6671069272 -17.348682561...
7.9678912470 7.6671069272 -17.348682561...
-5.3119274980 12.2673710835 -17.348682561...
-0.0000000000 12.2673710835 -17.348682561...
5.3119274980 12.2673710835 -17.348682561...
&END
&ESM
BOUNDARY_CONDITION BARE
&END
``qsub``を使用、あるいは``mpirun``を用いてSTATEの実行を行...
**吸着分子のSCF計算 [#sedce978]
- 入力ファイル (CH3OH/nfinp_scf)
#
# CH3OH
#
WF_OPT DAV
NTYP 4
NATM 6
GMAX 6.0
GMAXP 20.0
KPOINT_MESH 4 4 1
WAY_MIX 6
MIX_ALPHA 0.5
SMEARING MP
WIDTH 0.02
EDELTA 1.D-12
NEG 16
&CELL
15.935782493970 0.000000000000 0.00000000...
-7.967891246985 13.800792468961 0.00000000...
0.000000000000 0.000000000000 65.05755960...
&END
&ATOMIC_SPECIES
Pt 195.084 pot.Pt_pbe1
H 1.00784 pot.H_lda1
C 12.0107 pot.C_pbe1
O 15.9994 pot.O_pbe1
&END
&ATOMIC_COORDINATES CARTESIAN
-1.8137028864 9.7577897649 6.047526533...
0.3796625950 9.4143384000 4.441380675...
-2.8866486133 7.9909878630 5.966228860...
1.3575317442 10.9863245180 4.408422890...
-3.0023990778 11.3232130902 5.377126768...
-1.1679860539 10.1062442042 7.989868673...
&END
&ESM
BOUNDARY_CONDITION BARE
&END
吸着系と同様にSCF計算を実行します。
**基板のSCF計算 [#r8a39b44]
- Pt111/nfinp_scf
#
# Pt(111)
#
WF_OPT DAV
NTYP 4
NATM 45
GMAX 6.0
GMAXP 20.0
KPOINT_MESH 4 4 1
NSCF 400
WAY_MIX 6
MIX_ALPHA 0.2
SMEARING MP
WIDTH 0.02
EDELTA 1.D-12
NEG 358
&CELL
15.935782493970 0.000000000000 0.00000000...
-7.967891246985 13.800792468961 0.00000000...
0.000000000000 0.000000000000 65.05755960...
&END
&ATOMIC_SPECIES
Pt 195.084 pot.Pt_pbe1
H 1.00784 pot.H_lda1
C 12.0107 pot.C_pbe1
O 15.9994 pot.O_pbe1
&END
&ATOMIC_COORDINATES CARTESIAN
-0.0099652505 -0.0118152838 -0.038926770...
5.2888683372 0.0108921856 -0.064530362...
10.6265696551 0.0008317009 -0.038774477...
-2.6897091584 4.5448841905 -0.052384748...
2.6635463467 4.5580537376 -0.070651533...
7.9589507735 4.5854784695 -0.072271951...
-5.3637785701 9.1883685551 -0.066260482...
-0.0392907170 9.1565874594 0.057996666...
5.3281043692 9.1911533151 -0.072200729...
-0.0021214349 3.0614887173 -4.430125849...
5.3127589060 3.0682635440 -4.467541294...
10.6216354438 3.0680025298 -4.459423653...
-2.6410480936 7.6736054392 -4.363725787...
2.6463501164 7.6713174600 -4.382120800...
7.9673552854 7.6640546571 -4.469556801...
-5.3175076764 12.2702284809 -4.432052819...
0.0018447605 12.2611966334 -4.374977359...
5.3128659353 12.2716266162 -4.426773934...
0.0011760521 -3.0598724283 -8.732483713...
5.3220998470 -3.0659574817 -8.696365858...
10.6177996176 -3.0665582052 -8.696515102...
-2.6520476401 1.5342773535 -8.726906900...
2.6533798972 1.5333891366 -8.731617919...
7.9713478584 1.5258548152 -8.727568616...
-5.2901369599 6.1501470806 -8.727560647...
0.0020257219 6.1445633683 -8.697667804...
5.3019326567 6.1448522618 -8.732613502...
0.0000000000 0.0000000000 -13.011511920...
5.3119274980 0.0000000000 -13.011511920...
10.6238549960 0.0000000000 -13.011511920...
-2.6559637490 4.6002641563 -13.011511920...
2.6559637490 4.6002641563 -13.011511920...
7.9678912470 4.6002641563 -13.011511920...
-5.3119274980 9.2005283126 -13.011511920...
-0.0000000000 9.2005283126 -13.011511920...
5.3119274980 9.2005283126 -13.011511920...
-0.0000000000 3.0668427709 -17.348682561...
5.3119274980 3.0668427709 -17.348682561...
10.6238549960 3.0668427709 -17.348682561...
-2.6559637490 7.6671069272 -17.348682561...
2.6559637490 7.6671069272 -17.348682561...
7.9678912470 7.6671069272 -17.348682561...
-5.3119274980 12.2673710835 -17.348682561...
-0.0000000000 12.2673710835 -17.348682561...
5.3119274980 12.2673710835 -17.348682561...
&END
&ESM
BOUNDARY_CONDITION BARE
&END
** COOP計算の準備 [#jfff32a1]
- 入力ファイル (Total/nfinp_coop)
#
# CH3OH on Pt(111)
#
TASK COOP
WF_OPT DAV
NTYP 4
NATM 51
GMAX 6.0
GMAXP 20.0
KPOINT_MESH 4 4 1
WAY_MIX 6
MIX_ALPHA 0.5
SMEARING MP
WIDTH 0.02
EDELTA 1.D-12
NEG 374
&CELL
15.935782493970 0.000000000000 0.00000000...
-7.967891246985 13.800792468961 0.00000000...
0.000000000000 0.000000000000 65.05755960...
&END
&ATOMIC_SPECIES
Pt 195.084 pot.Pt_pbe1
H 1.00784 pot.H_lda1
C 12.0107 pot.C_pbe1
O 15.9994 pot.O_pbe1
&END
&ATOMIC_COORDINATES CARTESIAN
-1.8137028864 9.7577897649 6.047526533...
0.3796625950 9.4143384000 4.441380675...
-2.8866486133 7.9909878630 5.966228860...
1.3575317442 10.9863245180 4.408422890...
-3.0023990778 11.3232130902 5.377126768...
-1.1679860539 10.1062442042 7.989868673...
-0.0099652505 -0.0118152838 -0.038926770...
5.2888683372 0.0108921856 -0.064530362...
10.6265696551 0.0008317009 -0.038774477...
-2.6897091584 4.5448841905 -0.052384748...
2.6635463467 4.5580537376 -0.070651533...
7.9589507735 4.5854784695 -0.072271951...
-5.3637785701 9.1883685551 -0.066260482...
-0.0392907170 9.1565874594 0.057996666...
5.3281043692 9.1911533151 -0.072200729...
-0.0021214349 3.0614887173 -4.430125849...
5.3127589060 3.0682635440 -4.467541294...
10.6216354438 3.0680025298 -4.459423653...
-2.6410480936 7.6736054392 -4.363725787...
2.6463501164 7.6713174600 -4.382120800...
7.9673552854 7.6640546571 -4.469556801...
-5.3175076764 12.2702284809 -4.432052819...
0.0018447605 12.2611966334 -4.374977359...
5.3128659353 12.2716266162 -4.426773934...
0.0011760521 -3.0598724283 -8.732483713...
5.3220998470 -3.0659574817 -8.696365858...
10.6177996176 -3.0665582052 -8.696515102...
-2.6520476401 1.5342773535 -8.726906900...
2.6533798972 1.5333891366 -8.731617919...
7.9713478584 1.5258548152 -8.727568616...
-5.2901369599 6.1501470806 -8.727560647...
0.0020257219 6.1445633683 -8.697667804...
5.3019326567 6.1448522618 -8.732613502...
0.0000000000 0.0000000000 -13.011511920...
5.3119274980 0.0000000000 -13.011511920...
10.6238549960 0.0000000000 -13.011511920...
-2.6559637490 4.6002641563 -13.011511920...
2.6559637490 4.6002641563 -13.011511920...
7.9678912470 4.6002641563 -13.011511920...
-5.3119274980 9.2005283126 -13.011511920...
-0.0000000000 9.2005283126 -13.011511920...
5.3119274980 9.2005283126 -13.011511920...
-0.0000000000 3.0668427709 -17.348682561...
5.3119274980 3.0668427709 -17.348682561...
10.6238549960 3.0668427709 -17.348682561...
-2.6559637490 7.6671069272 -17.348682561...
2.6559637490 7.6671069272 -17.348682561...
7.9678912470 7.6671069272 -17.348682561...
-5.3119274980 12.2673710835 -17.348682561...
-0.0000000000 12.2673710835 -17.348682561...
5.3119274980 12.2673710835 -17.348682561...
&END
&ESM
BOUNDARY_CONDITION BARE
&END
&COOP
KPDOSMO_MOL_1 16
KATM_MOL_1 6
KLMTA_MOL_1 16
KPDOSMO_SUB 358
KATM_SUB 45
KLMTA_SUB 900
WFN_MOL_1 ../CH3OH/zaj.data
WFN_SUB ../Pt111/zaj.data
&END
以上の入力ファイルを用いてCOOP解析に必要な分子軌道および...
TASK COOP
また&COOP...&ENDブロックに
- KPDOSMO_MOL1(あるいはKPDOSMO1、吸着分子の軌道の数、非...
- KATM_MOL_1(あるいはKATM1、吸着分子に含まれる原子数KATM...
- KLMTA_MOL_1(あるいはKLMTA1、分子の計算に必要な軌道角運...
- KPDOSMO_SUB(あるいはKPDOSMO3、基板のバンド数、非占有軌...
- KATM_SUB(あるいはKATM3、基板に含まれる原子の数)
- KLMTA_SUB(あるいはKLMTA3、基板の計算に必要な軌道角運動...
を以下のように指定します。また
- WFN_MOL_1
- WFN_SUB
でそれぞれ分子および基板の波動関数のファイル名を指定しま...
(デフォルトはそれぞれ./zak1.dataと./zak3.data)
&COOP
KPDOSMO_MOL_1 16
KATM_MOL_1 6
KLMTA_MOL_1 16
KPDOSMO_SUB 358
KATM_SUB 45
KLMTA_SUB 900
WFN_MOL_1 ../CH3OH/zaj.data
WFN_SUB ../Pt111/zaj.data
&END
ここでKPDOSMO_MOL_1とKPDOSMO_SUBの和は全系のバンド数と一...
この入力ファイルを実行すると
- coop.data
- coop_bij.data
- coop_sij.data
が出力されます。またCOOPの計算の際にKohn-Sham固有値のファ...
``nfcoop.data``は以下のような固定フォーマットになっていま...
1 : KSPIN
10 : KNV3
8 16 6 16 : NPDOSMO1 KPDOSMO1 KATM1 K...
0 0 0 0 : NPDOSMO2 KPDOSMO2 KATM2 K...
358 358 45 900 : NPDOSMO3 KPDOSMO3 KATM3 K...
-15.00 5.00 0.10 2001 : EMIN EMAX EWIDTH NPDOSE
** COOP解析 [#q712974c]
最後の``coop_analysis``を使ってCOOP解析を行います。
今の例で分子軌道として占有軌道 (7) および非占有軌道 (9) ...
(to be continued)
- KPDOSMO_MOL_1 (KPDOSMO1) = 8
この場合分子の軌道としてLUMOまでを考慮します。
- 入力ファイル (Total/nfcoop.data)
1 : KSPIN
10 : KNV3
8 16 6 16 : NPDOSMO1 KPDOSMO1 KATM1 K...
0 0 0 0 : NPDOSMO2 KPDOSMO2 KATM2 K...
358 358 45 900 : NPDOSMO3 KPDOSMO3 KATM3 K...
-15.00 5.00 0.10 2001 : EMIN EMAX EWIDTH NPDOSE
``coop_analysis``へのコマンドサーチパスが設定されているこ...
$ coop_analysis > coop_LUMO.out
次に出力ファイルからCOOP (COOP2)のデータをgrepを使って取...
$ grep 'COOP2' coop_LUMO.out | awk -F\: '{print $2}' > c...
同様にして分子軌道に射影した状態密度 (MOPDOS) を取り出し...
$ grep 'PDOS' coop_LUMO.out | awk -F\: '{print $2}' > pd...
これらをgnuplotを使ってプロットします。HOMOとLUMOについて...
#ref(http://www-cp.prec.eng.osaka-u.ac.jp/puki_state/grap...
#ref(http://www-cp.prec.eng.osaka-u.ac.jp/puki_state/grap...
COOP(正しくはCOOPの重みを付けた状態密度)は正の値が基板...
- KPDOSMO_MOL_1 (KPDOSMO1) = 7
そのような考察のもと分子軌道としてはHOMOまでを考慮しても...
- 入力ファイル (Total/nfcoop.data)
1 : KSPIN
10 : KNV3
7 16 6 16 : NPDOSMO1 KPDOSMO1 KATM1 K...
0 0 0 0 : NPDOSMO2 KPDOSMO2 KATM2 K...
358 358 45 900 : NPDOSMO3 KPDOSMO3 KATM3 K...
-15.00 5.00 0.10 2001 : EMIN EMAX EWIDTH NPDOSE
出力ファイル名前を以下のように変更して``coop_analysis``を...
$ coop_analysis > coop_HOMO.out
次に出力ファイルからCOOP (COOP2)のデータをgrepを使って取...
$ grep 'COOP2' coop_HOMO.out | awk -F\: '{print $2}' > c...
同様にしてMOPDOSを取り出します。
$ grep 'PDOS' coop_HOMO.out | awk -F\: '{print $2}' > pd...
この場合のHOMOとLUMOについてのCOOPとPDOSは以下のようにな...
#ref(http://www-cp.prec.eng.osaka-u.ac.jp/puki_state/grap...
#ref(http://www-cp.prec.eng.osaka-u.ac.jp/puki_state/grap...
LUMOを含めた場合とCOOP、PDOS共に形状はほぼ変わらないこと...
またここでHOMOのCOOPの反結合性成分が部分的に占有されてお...
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