第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki
開始行:
* 計算の準備 [#d75dd585]
ここではプログラムとポテンシャルの入手、プログラムのコン...
#Contents
** プログラムの入手 [#ue73b55b]
STATEはまだ一般公開されていません。CMDワークショップに参...
森川研メンバーは
ソースコード:
~ikutaro/STATE/archives/state-5.6.13.tgz
擬ポテンシャル:
~ikutaro/STATE/archives/gncpp.tgz
を自身のディレクトリ(~/STATE/src、~/STATE/gncpp)にコピ...
**ログイン [#qf49d496]
計算を始めるためにPCクラスター(smithあるいはsb100)にロ...
**モジュールの準備 [#p64567e2]
プログラムのコンパイルのために以下のモジュールを読み込み...
- smithの場合
module load intel/2020.2.254
module load intelmpi/2020.2.254
- sb100の場合
module load intel/2021.2.0
module load intelmpi/2021.2.0
ログインする度にモジュールをロードするのは面倒ですので、~...
$ source ~/.bashrc
** 作業ディレクトリの作成 [#j43438c6]
このチュートリアルではソースコード、擬ポテンシャル、デー...
${HOME}/STATE/src
${HOME}/STATE/gncpp
${HOME}/STATE/outs
ここで${HOME}はホームディレクトリ(ログインした最初のディ...
ホームディレクトリでSTATEのディレクトリを作成し、ディレク...
$ mkdir STATE
$ cd STATE
ここで``$``はコマンドプロンプトを示します。
次に擬ポテンシャル用のディレクトリを用意します。
ここでは講師(筆者)のものを利用します。以下のコマンドを...
$ ln -s ~ikutaro/STATE/gncpp
次にソース用ディレクトリを作成し、そこに移動します。
$ mkdir src
$ cd src
** コンパイル [#id5f7e8d]
以下では5.6.13 (state-5.6.13.tgz)を使用するものとします。~
先ず講師(筆者)のディレクトリにあるソースコードをソース...
$ cp ~ikutaro/STATE/src/state-5.6.13.tgz .
次にソースコードをtarコマンドを使って解凍します。
$ tar zxf state-5.6.13.tgz
これによりstate-5.6.13/というディレクトリが得られます。~
以下を実行しディレクトリを移動
$ cd state-5.6.13/src
そしてMakefileの準備を行います。具体的には../arch/ディレ...
smithの場合
$ ln -s ../arch/make.arch.intel_smith make.arch
sb100の場合
$ ln -s ../arch/make.arch.intel_sb100 make.arch
となるでしょう。make.archを必要に応じて編集した後にmakeを...
$ make
これによりsrc/ディレクトリにSTATEコマンドが生成されます。~
さらにユーティリティコマンドをコンパイルするためにutil/デ...
$ cd ../util
"make.inc"を環境に応じて編集しmakeを実行します。
$ make
コンパイルされたプログラムはutil/binにインストール(シン...
** 環境設定 [#w0f5d6e7]
解析の際のコマンド入力を簡単にするためにコマンドサーチパ...
export PATH=${PATH}:${HOME}/STATE/src/state-5.6.13/util/...
現在のXCrySDenのパスが正しくないので以下のaliasも.bashrc...
alias xcrysden='/usr/local/xcrysden-1.5.53/xcrysden'
変更を反映させるために以下を実行します。
$ source ~/.bashrc
(一度ログアウトし再ログインしても環境変数の変化を反映さ...
** 計算例のダウンロード [#qa9480fe]
STATEディレクトリ(~/STATE)で以下を実行します。
$ git clone https://github.com/ikuhamada/state-examples....
ただしsb100ではこのコマンドがうまく実行できません。
以下の手順でexamplesのダウンロードを行って下さい。
- smithへログインしNFSマウントされたsb100のファイルシステ...
$ cd /homesb/[username]/STATE
ここで[username]は自分のユーザー名を指します。
- 以下のgitコマンドを実行します。
$ git clone https://github.com/ikuhamada/state-examples....
- smithからログアウトしsb100にログインし直します。
終了行:
* 計算の準備 [#d75dd585]
ここではプログラムとポテンシャルの入手、プログラムのコン...
#Contents
** プログラムの入手 [#ue73b55b]
STATEはまだ一般公開されていません。CMDワークショップに参...
森川研メンバーは
ソースコード:
~ikutaro/STATE/archives/state-5.6.13.tgz
擬ポテンシャル:
~ikutaro/STATE/archives/gncpp.tgz
を自身のディレクトリ(~/STATE/src、~/STATE/gncpp)にコピ...
**ログイン [#qf49d496]
計算を始めるためにPCクラスター(smithあるいはsb100)にロ...
**モジュールの準備 [#p64567e2]
プログラムのコンパイルのために以下のモジュールを読み込み...
- smithの場合
module load intel/2020.2.254
module load intelmpi/2020.2.254
- sb100の場合
module load intel/2021.2.0
module load intelmpi/2021.2.0
ログインする度にモジュールをロードするのは面倒ですので、~...
$ source ~/.bashrc
** 作業ディレクトリの作成 [#j43438c6]
このチュートリアルではソースコード、擬ポテンシャル、デー...
${HOME}/STATE/src
${HOME}/STATE/gncpp
${HOME}/STATE/outs
ここで${HOME}はホームディレクトリ(ログインした最初のディ...
ホームディレクトリでSTATEのディレクトリを作成し、ディレク...
$ mkdir STATE
$ cd STATE
ここで``$``はコマンドプロンプトを示します。
次に擬ポテンシャル用のディレクトリを用意します。
ここでは講師(筆者)のものを利用します。以下のコマンドを...
$ ln -s ~ikutaro/STATE/gncpp
次にソース用ディレクトリを作成し、そこに移動します。
$ mkdir src
$ cd src
** コンパイル [#id5f7e8d]
以下では5.6.13 (state-5.6.13.tgz)を使用するものとします。~
先ず講師(筆者)のディレクトリにあるソースコードをソース...
$ cp ~ikutaro/STATE/src/state-5.6.13.tgz .
次にソースコードをtarコマンドを使って解凍します。
$ tar zxf state-5.6.13.tgz
これによりstate-5.6.13/というディレクトリが得られます。~
以下を実行しディレクトリを移動
$ cd state-5.6.13/src
そしてMakefileの準備を行います。具体的には../arch/ディレ...
smithの場合
$ ln -s ../arch/make.arch.intel_smith make.arch
sb100の場合
$ ln -s ../arch/make.arch.intel_sb100 make.arch
となるでしょう。make.archを必要に応じて編集した後にmakeを...
$ make
これによりsrc/ディレクトリにSTATEコマンドが生成されます。~
さらにユーティリティコマンドをコンパイルするためにutil/デ...
$ cd ../util
"make.inc"を環境に応じて編集しmakeを実行します。
$ make
コンパイルされたプログラムはutil/binにインストール(シン...
** 環境設定 [#w0f5d6e7]
解析の際のコマンド入力を簡単にするためにコマンドサーチパ...
export PATH=${PATH}:${HOME}/STATE/src/state-5.6.13/util/...
現在のXCrySDenのパスが正しくないので以下のaliasも.bashrc...
alias xcrysden='/usr/local/xcrysden-1.5.53/xcrysden'
変更を反映させるために以下を実行します。
$ source ~/.bashrc
(一度ログアウトし再ログインしても環境変数の変化を反映さ...
** 計算例のダウンロード [#qa9480fe]
STATEディレクトリ(~/STATE)で以下を実行します。
$ git clone https://github.com/ikuhamada/state-examples....
ただしsb100ではこのコマンドがうまく実行できません。
以下の手順でexamplesのダウンロードを行って下さい。
- smithへログインしNFSマウントされたsb100のファイルシステ...
$ cd /homesb/[username]/STATE
ここで[username]は自分のユーザー名を指します。
- 以下のgitコマンドを実行します。
$ git clone https://github.com/ikuhamada/state-examples....
- smithからログアウトしsb100にログインし直します。
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