第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki
開始行:
* 最初のSTATE計算:CO [#q47b18e0]
ここではSTATEの動作を確認するためにCO分子を例にとって計算...
先ずCOディレクトリに移動しましょう(現在~/STATE/examples...
$ cd CO
ここでlsを実行すると以下のファイルが確認できます
nfinp_scf qsub_cmd.sh qsub_ohtaka.sh qsub_sb100.sh q...
以下を実行して入力ファイルnfinp_scfを見てみましょう。
$ cat nfinp_scf
#
# CO molecule in a box
#
WF_OPT DAV
NTYP 2
NATM 2
GMAX 5.50
GMAXP 20.00
NSCF 200
WAYMIX 3
KBXMIX 8
MIX_ALPHA 0.8
WIDTH 0.0010
EDELTA 0.1000D-09
NEG 8
CELL 6.00 4.00 4.00 90.00 90.00 90.00
&ATOMIC_SPECIES
C 12.011 pot.C_pbe1
O 15.999 pot.O_pbe1
&END
&ATOMIC_COORDINATES CARTESIAN
0.0000 0.0000 0.0000 1 1 1
2.2000 0.0000 0.0000 1 1 2
&END
入力ファイルには計算に必要なパラメーターと原子構造の情報...
記述された構造が正しいかどうか確認するためにchkinpfという...
先ず以下を実行します。
$ chkinpf nfinp_scf
出力されてメッセージを読むととCO.xsfというファイルが生成...
同様にsb100で使用するジョブスクリプトqsub_sb100.shも確認...
$ cat qsub_sb100.sh
#$ -S /bin/sh
#$ -cwd
#$ -q sb.q
#$ -pe x6 6
#$ -N CO
module load intel/2021.2.0
module load intelmpi/2021.2.0
# Disable the openMP parallelism
export OMP_NUM_THREADS=1
unset I_MPI_TCP_NETMASK
# Set the execuable of the STATE code
ln -fs ${HOME}/STATE/src/state-5.6.9/src/STATE .
# Set the pseudopotential data
ln -fs ../gncpp/pot.C_pbe1
ln -fs ../gncpp/pot.O_pbe1
# Set the input/output file
INPUT_FILE=nfinp_scf
OUTPUT_FILE=nfout_scf
# Run!
mpirun ./STATE < ${INPUT_FILE} > ${OUTPUT_FILE}
このジョブスクリプトを使ってジョブを投入しましょう。
$ qsub qsub_sb100.sh
計算の状態は
$ qstat -u [username]
を実行することで確認できます。~
この例では出力ファイルの名前をnfout_scfとしています。計算...
$ less nfout_scf
ファイルの先頭は以下で始まります。
*******************************************************...
* ...
* ...
* ...
* ****** ******** ** ******** *****...
* ******** ******** **** ******** *****...
* ** ** ** ** ** ** ...
* *** ** ******** ** *****...
* *** ** ********** ** *****...
* ** ** ** ** ** ** ...
* ******** ** ** ** ** *****...
* ****** ** VERSION 5.6.9 ** *****...
* RICS-AIST ...
* OSAKA UNIVERSITY ...
* ...
*******************************************************...
SCFが収束し問題無く計算が終了すると以下のようにエネルギー...
TOTAL ENERGY AND ITS COMPONENTS
TOTAL ENERGY = -22.2194242...
KINETIC ENERGY = 9.9211140...
HARTREE ENERGY = 5.1212180...
XC ENERGY = -5.8958564...
LOCAL ENERGY = -20.2316160...
NONLOCAL ENERGY = 6.7368614...
EWALD ENERGY = -17.8711452...
PC ENERGY = 0.0000000...
ENTROPIC ENERGY = 0.0000000...
FERMI ENERGY = ...
そして最後に猫(Victory cat)が表示されます。
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH...
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH...
_______________________
__________ _______/______v______v______v___]
D | | |
D A A | | Congratulations! | C(...
-- =(^.^)= | | The calculation has converged. | ...
| @@@@@ | | | ...
/--=O=-+-=O=---+--=O=--+--==O==--+--==O==--+--=O=-+--=O...
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH...
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終了行:
* 最初のSTATE計算:CO [#q47b18e0]
ここではSTATEの動作を確認するためにCO分子を例にとって計算...
先ずCOディレクトリに移動しましょう(現在~/STATE/examples...
$ cd CO
ここでlsを実行すると以下のファイルが確認できます
nfinp_scf qsub_cmd.sh qsub_ohtaka.sh qsub_sb100.sh q...
以下を実行して入力ファイルnfinp_scfを見てみましょう。
$ cat nfinp_scf
#
# CO molecule in a box
#
WF_OPT DAV
NTYP 2
NATM 2
GMAX 5.50
GMAXP 20.00
NSCF 200
WAYMIX 3
KBXMIX 8
MIX_ALPHA 0.8
WIDTH 0.0010
EDELTA 0.1000D-09
NEG 8
CELL 6.00 4.00 4.00 90.00 90.00 90.00
&ATOMIC_SPECIES
C 12.011 pot.C_pbe1
O 15.999 pot.O_pbe1
&END
&ATOMIC_COORDINATES CARTESIAN
0.0000 0.0000 0.0000 1 1 1
2.2000 0.0000 0.0000 1 1 2
&END
入力ファイルには計算に必要なパラメーターと原子構造の情報...
記述された構造が正しいかどうか確認するためにchkinpfという...
先ず以下を実行します。
$ chkinpf nfinp_scf
出力されてメッセージを読むととCO.xsfというファイルが生成...
同様にsb100で使用するジョブスクリプトqsub_sb100.shも確認...
$ cat qsub_sb100.sh
#$ -S /bin/sh
#$ -cwd
#$ -q sb.q
#$ -pe x6 6
#$ -N CO
module load intel/2021.2.0
module load intelmpi/2021.2.0
# Disable the openMP parallelism
export OMP_NUM_THREADS=1
unset I_MPI_TCP_NETMASK
# Set the execuable of the STATE code
ln -fs ${HOME}/STATE/src/state-5.6.9/src/STATE .
# Set the pseudopotential data
ln -fs ../gncpp/pot.C_pbe1
ln -fs ../gncpp/pot.O_pbe1
# Set the input/output file
INPUT_FILE=nfinp_scf
OUTPUT_FILE=nfout_scf
# Run!
mpirun ./STATE < ${INPUT_FILE} > ${OUTPUT_FILE}
このジョブスクリプトを使ってジョブを投入しましょう。
$ qsub qsub_sb100.sh
計算の状態は
$ qstat -u [username]
を実行することで確認できます。~
この例では出力ファイルの名前をnfout_scfとしています。計算...
$ less nfout_scf
ファイルの先頭は以下で始まります。
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* ...
* ...
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* ****** ** VERSION 5.6.9 ** *****...
* RICS-AIST ...
* OSAKA UNIVERSITY ...
* ...
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SCFが収束し問題無く計算が終了すると以下のようにエネルギー...
TOTAL ENERGY AND ITS COMPONENTS
TOTAL ENERGY = -22.2194242...
KINETIC ENERGY = 9.9211140...
HARTREE ENERGY = 5.1212180...
XC ENERGY = -5.8958564...
LOCAL ENERGY = -20.2316160...
NONLOCAL ENERGY = 6.7368614...
EWALD ENERGY = -17.8711452...
PC ENERGY = 0.0000000...
ENTROPIC ENERGY = 0.0000000...
FERMI ENERGY = ...
そして最後に猫(Victory cat)が表示されます。
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D A A | | Congratulations! | C(...
-- =(^.^)= | | The calculation has converged. | ...
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