第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki
開始行:
* エチレン分子(振動解析) [#d7600abd]
この例ではエチレン分子を例として振動解析を行います。まずC...
$ cd C2H4
** 構造最適化 [#k3323b05]
振動解析を行うため、先ず分子構造を最適化します。この例で...
- 入力ファイル (nfinp_gdiis)
#
# Ethylene molecule in a box: geometry optimization with...
#
WF_OPT DAV
GEO_OPT GDIIS
NTYP 2
NATM 6
TYPE 0
GMAX 5.00
GMAXP 15.00
MIX_ALPHA 0.8
WIDTH 0.0010
EDELTA 0.1000D-08
NEG 10
FMAX 0.5000D-03
CELL 12.00 12.00 12.00 90.00 90.00 90.00
&ATOMIC_SPECIES
C 12.0107 pot.C_pbe3
H 1.0079 pot.H_lda3
&END
&ATOMIC_COORDINATES CARTESIAN
1.262722983300 0.000000000000 0.00000000...
2.348328846800 1.753458668500 0.00000000...
2.348328846800 -1.753458668500 0.00000000...
-1.262722983300 0.000000000000 0.00000000...
-2.348328846800 1.753458668500 0.00000000...
-2.348328846800 -1.753458668500 0.00000000...
&END
** 振動解析 [#vd36b833]
構造最適化が終了したら得られた構造を元に新しい入力ファイ...
ここではgeom2nfinpを使って作成します。
$ geom2nfinp -i nfinp_gdiis -g GEOMETRY -o nfinp_vib
これにより生成されたnfinp_vibを振動解析用に修正します。
- 入力ファイル (nfinp_vib)
#
# Ethylene molecule in a box: geometry optimization with...
#
TASK VIB
WF_OPT DAV
NTYP 2
NATM 6
TYPE 0
GMAX 5.00
GMAXP 15.00
MIX_ALPHA 0.8
WIDTH 0.0010
EDELTA 0.1000D-08
NEG 10
FMAX 0.5000D-03
CELL 12.00 12.00 12.00 90.00 90.00 90.00
&ATOMIC_SPECIES
C 12.0107 pot.C_pbe3
H 1.0079 pot.H_lda3
&END
&ATOMIC_COORDINATES CARTESIAN
1.260767348060 -0.000000889176 0.00000006...
2.337934105040 1.755199776368 0.00000003...
2.337933682371 -1.755198581491 0.00000003...
-1.260766004354 -0.000000071340 0.00000005...
-2.337933757669 1.755199342527 0.00000006...
-2.337933482763 -1.755199042963 0.00000006...
&END
ここで振動計算を行うためには
TASK VIB
TASKにVIBというキーワードを指定します。
古いバージョンのSTATEでは振動計算を行う際にnfvibrate.data...
この入力ファイルを用いて計算を実行すると
nfforce.data
というファイルが生成されます。このファイルには原子変位を...
このデータを元に、以下のようにgifというプログラムを使って...
$ gif -f nfforce.data
振動数は以下のように出力されます。
=========
SUMMARY
=========
MODE WR : NU(meV) NU(cm-1)
1 -0.42D-03 : 12.97 104.63
2 -0.19D-03 : 8.75 70.59
3 -0.62D-04 : 4.98 40.19
4 -0.18D-04 : 2.67 21.54
5 0.30D-04 : 3.46 27.93
6 0.28D-03 : 10.70 86.33
7 0.25D-01 : 100.48 810.43
8 0.32D-01 : 114.17 920.87
9 0.34D-01 : 116.25 937.60
10 0.41D-01 : 128.26 1034.48
11 0.55D-01 : 148.39 1196.82
12 0.68D-01 : 165.42 1334.18
13 0.76D-01 : 175.51 1415.54
14 0.10D+00 : 201.49 1625.12
15 0.36D+00 : 379.55 3061.29
16 0.36D+00 : 381.80 3079.41
17 0.37D+00 : 388.22 3131.17
18 0.38D+00 : 393.55 3174.18
振動モードはvib.dataというファイル (gifファイル) に出力さ...
では次に振動モードを可視化してみましょう。可視化を行うた...
特に分子の場合は非周期のXSFフォーマットの方が扱いやすいの...
$ chkinpf --atom nfinp_vib
これでC2H4.xsfというファイルが生成されます。
次に以下を実行します。
$ gif2xsf -s --xsf C2H4.xsf --gif vib.data --prefix vib
ここで'-s'というオプションは各振動モード毎にファイルを作...
'-s'を指定しない場合はaxsf形式ですべての振動モードが一つ...
コマンドを実行するとオプションに応じて出力ファイル名ある...
終了行:
* エチレン分子(振動解析) [#d7600abd]
この例ではエチレン分子を例として振動解析を行います。まずC...
$ cd C2H4
** 構造最適化 [#k3323b05]
振動解析を行うため、先ず分子構造を最適化します。この例で...
- 入力ファイル (nfinp_gdiis)
#
# Ethylene molecule in a box: geometry optimization with...
#
WF_OPT DAV
GEO_OPT GDIIS
NTYP 2
NATM 6
TYPE 0
GMAX 5.00
GMAXP 15.00
MIX_ALPHA 0.8
WIDTH 0.0010
EDELTA 0.1000D-08
NEG 10
FMAX 0.5000D-03
CELL 12.00 12.00 12.00 90.00 90.00 90.00
&ATOMIC_SPECIES
C 12.0107 pot.C_pbe3
H 1.0079 pot.H_lda3
&END
&ATOMIC_COORDINATES CARTESIAN
1.262722983300 0.000000000000 0.00000000...
2.348328846800 1.753458668500 0.00000000...
2.348328846800 -1.753458668500 0.00000000...
-1.262722983300 0.000000000000 0.00000000...
-2.348328846800 1.753458668500 0.00000000...
-2.348328846800 -1.753458668500 0.00000000...
&END
** 振動解析 [#vd36b833]
構造最適化が終了したら得られた構造を元に新しい入力ファイ...
ここではgeom2nfinpを使って作成します。
$ geom2nfinp -i nfinp_gdiis -g GEOMETRY -o nfinp_vib
これにより生成されたnfinp_vibを振動解析用に修正します。
- 入力ファイル (nfinp_vib)
#
# Ethylene molecule in a box: geometry optimization with...
#
TASK VIB
WF_OPT DAV
NTYP 2
NATM 6
TYPE 0
GMAX 5.00
GMAXP 15.00
MIX_ALPHA 0.8
WIDTH 0.0010
EDELTA 0.1000D-08
NEG 10
FMAX 0.5000D-03
CELL 12.00 12.00 12.00 90.00 90.00 90.00
&ATOMIC_SPECIES
C 12.0107 pot.C_pbe3
H 1.0079 pot.H_lda3
&END
&ATOMIC_COORDINATES CARTESIAN
1.260767348060 -0.000000889176 0.00000006...
2.337934105040 1.755199776368 0.00000003...
2.337933682371 -1.755198581491 0.00000003...
-1.260766004354 -0.000000071340 0.00000005...
-2.337933757669 1.755199342527 0.00000006...
-2.337933482763 -1.755199042963 0.00000006...
&END
ここで振動計算を行うためには
TASK VIB
TASKにVIBというキーワードを指定します。
古いバージョンのSTATEでは振動計算を行う際にnfvibrate.data...
この入力ファイルを用いて計算を実行すると
nfforce.data
というファイルが生成されます。このファイルには原子変位を...
このデータを元に、以下のようにgifというプログラムを使って...
$ gif -f nfforce.data
振動数は以下のように出力されます。
=========
SUMMARY
=========
MODE WR : NU(meV) NU(cm-1)
1 -0.42D-03 : 12.97 104.63
2 -0.19D-03 : 8.75 70.59
3 -0.62D-04 : 4.98 40.19
4 -0.18D-04 : 2.67 21.54
5 0.30D-04 : 3.46 27.93
6 0.28D-03 : 10.70 86.33
7 0.25D-01 : 100.48 810.43
8 0.32D-01 : 114.17 920.87
9 0.34D-01 : 116.25 937.60
10 0.41D-01 : 128.26 1034.48
11 0.55D-01 : 148.39 1196.82
12 0.68D-01 : 165.42 1334.18
13 0.76D-01 : 175.51 1415.54
14 0.10D+00 : 201.49 1625.12
15 0.36D+00 : 379.55 3061.29
16 0.36D+00 : 381.80 3079.41
17 0.37D+00 : 388.22 3131.17
18 0.38D+00 : 393.55 3174.18
振動モードはvib.dataというファイル (gifファイル) に出力さ...
では次に振動モードを可視化してみましょう。可視化を行うた...
特に分子の場合は非周期のXSFフォーマットの方が扱いやすいの...
$ chkinpf --atom nfinp_vib
これでC2H4.xsfというファイルが生成されます。
次に以下を実行します。
$ gif2xsf -s --xsf C2H4.xsf --gif vib.data --prefix vib
ここで'-s'というオプションは各振動モード毎にファイルを作...
'-s'を指定しない場合はaxsf形式ですべての振動モードが一つ...
コマンドを実行するとオプションに応じて出力ファイル名ある...
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