第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki
開始行:
* CO/Cu(110)界面 [#y2a34dc3]
#Contents
** はじめに [#d2de0cb1]
ここではCu(110)に吸着したCO分子の調和振動数のfinite diffe...
CO分子に加えてCOに結合したCu原子の変位も考慮します。
COと表面第1層、第2層のCu原子は事前に最適化されており、そ...
** 基本となる入力ファイル [#u18a4146]
- nfinp.data
WF_OPT DAV
NTYP 3
NATM 32
GMAX 6.00
GMAXP 20.00
KPOINT_MESH 4 4 1
KPOINT_SHIFT 1 1 0
NSTEP 200
MIX_ALPHA 0.30
SMEARING MP
WIDTH 0.010
EDELTA 1.D-10
NEG 196
XCTYPE vdW-DF2
ESM_BC BC1
CPUMAX 1600.0
&CELL
15.098909039006 0.000000000000 0.00000000...
0.000000000000 14.235387960000 0.00000000...
0.000000000000 0.000000000000 50.32969679...
&END
&ATOMIC_SPECIES
Cu 63.54000 pot.Cu_pbe1
C 12.01115 pot.C_pbe1
O 15.99940 pot.O_pbe1
&END
&ATOMIC_COORDINATES CARTESIAN
0.000003823996 -0.000001138123 3.70232361...
0.000010283052 -0.000006912305 5.89721692...
0.000000351042 -0.000002382316 0.05346705...
5.089242487895 -0.000001108633 -0.20824236...
10.009661676277 0.000001103467 -0.20824107...
0.000001196465 7.117696353327 -0.19102790...
5.012492707154 7.117697566474 -0.16715595...
10.086413584750 7.117696561458 -0.16715562...
2.507494428154 3.538363991660 -2.42198571...
7.549453707970 3.590875576905 -2.40596334...
12.591415007976 3.538365483794 -2.42198818...
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5.032969700311 0.000000000000 -5.03296970...
10.065939338757 0.000000000000 -5.03296970...
0.000000000000 7.117693980003 -5.03296970...
5.032969700311 7.117693980003 -5.03296970...
10.065939338757 7.117693980003 -5.03296970...
2.516484819239 3.558846990002 -7.54945451...
7.549454519543 3.558846990002 -7.54945451...
12.582424219851 3.558846990002 -7.54945451...
2.516484819239 10.676540969990 -7.54945451...
7.549454519543 10.676540969990 -7.54945451...
12.582424219851 10.676540969990 -7.54945451...
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5.032969700311 0.000000000000 -10.06593933...
10.065939338757 0.000000000000 -10.06593933...
0.000000000000 7.117693980003 -10.06593933...
5.032969700311 7.117693980003 -10.06593933...
10.065939338757 7.117693980003 -10.06593933...
&END
** 振動解析 [#t2721a81]
振動解析を実行するためには、dynamical matrixの計算に必要...
そのためには入力ファイルに以下のキーワードで振動計算の指...
TASK VIB
それに加えて''nfvibrate.data''というファイルを準備する必...
-- nfvibrate.dataの例（1）
1 0.10D+01 1
1 0.0200000000 0.0000000000 0.0000000000
1 -0.10D+01 1
1 0.0200000000 0.0000000000 0.0000000000
--- 1行目
1 0.10D+01 1
1列目：明示的に変位を与える原子の数~
2列目：変位ベクトルにかける因子（fac）~
3列目：ダミー変数~
--- 2行目
1 0.0200000000 0.0000000000 0.0000000000
1列目：変位を与える原子の指標（index）
2-3列目：変位ベクトル（x, y, z）実際の変位ベクトルは (x*f...
...~
与えたい変位を''nfvibrate.data''に繰り返し入力しておきま...
通常は生の変位と負の変位を与えます。
-- ''nfvibrate.data''の例（2）
3 0.10D+01 1
1 0.0018516229 -0.1016200502 -0.0086543879
2 0.0042681410 -0.2329208549 -0.0086375658
3 0.0003210803 0.0063360252 -0.0068488877
3 -0.10D+01 1
1 0.0018516229 -0.1016200502 -0.0086543879
2 0.0042681410 -0.2329208549 -0.0086375658
3 0.0003210803 0.0063360252 -0.0068488877
''nfvibrate.data''が存在しない場合、STATEはすべての原子を...
変位を与える原子を制限したい場合は以下のオプションを使用...
&VIBRATION
ATOM 1-3
&END
この例では原子1から3のみを変位することを指示しています。
現在、変位する原子を制限する方法はこれだけですので、この...
*** 入力ファイル [#h0c33dd2]
COとCuの三つの原子の変位を考慮して振動計算を行う場合の入...
- nfinp_vib
TASK VIB
WF_OPT DAV
NTYP 3
NATM 32
GMAX 6.00
GMAXP 20.00
KPOINT_MESH 4 4 1
KPOINT_SHIFT 1 1 0
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MIX_ALPHA 0.30
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WIDTH 0.010
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&VIBRATION
ATOM 1-3
&END
&CELL
15.098909039006 0.000000000000 0.00000000...
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0.000000000000 0.000000000000 50.32969679...
&END
&ATOMIC_SPECIES
Cu 63.54000 pot.Cu_pbe1
C 12.01115 pot.C_pbe1
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&END
&ATOMIC_COORDINATES CARTESIAN
0.000003823996 -0.000001138123 3.70232361...
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12.591415007976 3.538365483794 -2.42198818...
2.507492583039 10.697023879015 -2.42199085...
7.549453621923 10.644515276442 -2.40596440...
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0.000000000000 0.000000000000 -5.03296970...
5.032969700311 0.000000000000 -5.03296970...
10.065939338757 0.000000000000 -5.03296970...
0.000000000000 7.117693980003 -5.03296970...
5.032969700311 7.117693980003 -5.03296970...
10.065939338757 7.117693980003 -5.03296970...
2.516484819239 3.558846990002 -7.54945451...
7.549454519543 3.558846990002 -7.54945451...
12.582424219851 3.558846990002 -7.54945451...
2.516484819239 10.676540969990 -7.54945451...
7.549454519543 10.676540969990 -7.54945451...
12.582424219851 10.676540969990 -7.54945451...
0.000000000000 0.000000000000 -10.06593933...
5.032969700311 0.000000000000 -10.06593933...
10.065939338757 0.000000000000 -10.06593933...
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10.065939338757 7.117693980003 -10.06593933...
&END
COLOR(red){構造最適化の場合とは異なり、原子質量は現実のも...
質量が異なる場合は''nfforce.data''に記述される質量（atomi...
*** リスタート [#pc525998]
スーパーコンピュータ等、実行時間に制限がある場合、振動計...
その場合には以下のキーワードを指定すると良いでしょう。
RESTART
あるいは
TASK RESTART_VIB
を使用しても良いでしょう。
再計算を行う際、''nfforce.data''が存在すると計算された原...
*** GiFによる振動数の計算 [#fed150f7]
考慮したい原子変位を与えた計算が全て終了したら振動数の計...
振動解析には''gif''というプログラムと''nfforce.data``を以...
gif -f nfforce.data
終了行:
* CO/Cu(110)界面 [#y2a34dc3]
#Contents
** はじめに [#d2de0cb1]
ここではCu(110)に吸着したCO分子の調和振動数のfinite diffe...
CO分子に加えてCOに結合したCu原子の変位も考慮します。
COと表面第1層、第2層のCu原子は事前に最適化されており、そ...
** 基本となる入力ファイル [#u18a4146]
- nfinp.data
WF_OPT DAV
NTYP 3
NATM 32
GMAX 6.00
GMAXP 20.00
KPOINT_MESH 4 4 1
KPOINT_SHIFT 1 1 0
NSTEP 200
MIX_ALPHA 0.30
SMEARING MP
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0.000003823996 -0.000001138123 3.70232361...
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2.507494428154 3.538363991660 -2.42198571...
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12.591415007976 3.538365483794 -2.42198818...
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7.549453621923 10.644515276442 -2.40596440...
12.591413959874 10.697024958358 -2.42198224...
0.000000000000 0.000000000000 -5.03296970...
5.032969700311 0.000000000000 -5.03296970...
10.065939338757 0.000000000000 -5.03296970...
0.000000000000 7.117693980003 -5.03296970...
5.032969700311 7.117693980003 -5.03296970...
10.065939338757 7.117693980003 -5.03296970...
2.516484819239 3.558846990002 -7.54945451...
7.549454519543 3.558846990002 -7.54945451...
12.582424219851 3.558846990002 -7.54945451...
2.516484819239 10.676540969990 -7.54945451...
7.549454519543 10.676540969990 -7.54945451...
12.582424219851 10.676540969990 -7.54945451...
0.000000000000 0.000000000000 -10.06593933...
5.032969700311 0.000000000000 -10.06593933...
10.065939338757 0.000000000000 -10.06593933...
0.000000000000 7.117693980003 -10.06593933...
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10.065939338757 7.117693980003 -10.06593933...
&END
** 振動解析 [#t2721a81]
振動解析を実行するためには、dynamical matrixの計算に必要...
そのためには入力ファイルに以下のキーワードで振動計算の指...
TASK VIB
それに加えて''nfvibrate.data''というファイルを準備する必...
-- nfvibrate.dataの例（1）
1 0.10D+01 1
1 0.0200000000 0.0000000000 0.0000000000
1 -0.10D+01 1
1 0.0200000000 0.0000000000 0.0000000000
--- 1行目
1 0.10D+01 1
1列目：明示的に変位を与える原子の数~
2列目：変位ベクトルにかける因子（fac）~
3列目：ダミー変数~
--- 2行目
1 0.0200000000 0.0000000000 0.0000000000
1列目：変位を与える原子の指標（index）
2-3列目：変位ベクトル（x, y, z）実際の変位ベクトルは (x*f...
...~
与えたい変位を''nfvibrate.data''に繰り返し入力しておきま...
通常は生の変位と負の変位を与えます。
-- ''nfvibrate.data''の例（2）
3 0.10D+01 1
1 0.0018516229 -0.1016200502 -0.0086543879
2 0.0042681410 -0.2329208549 -0.0086375658
3 0.0003210803 0.0063360252 -0.0068488877
3 -0.10D+01 1
1 0.0018516229 -0.1016200502 -0.0086543879
2 0.0042681410 -0.2329208549 -0.0086375658
3 0.0003210803 0.0063360252 -0.0068488877
''nfvibrate.data''が存在しない場合、STATEはすべての原子を...
変位を与える原子を制限したい場合は以下のオプションを使用...
&VIBRATION
ATOM 1-3
&END
この例では原子1から3のみを変位することを指示しています。
現在、変位する原子を制限する方法はこれだけですので、この...
*** 入力ファイル [#h0c33dd2]
COとCuの三つの原子の変位を考慮して振動計算を行う場合の入...
- nfinp_vib
TASK VIB
WF_OPT DAV
NTYP 3
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GMAX 6.00
GMAXP 20.00
KPOINT_MESH 4 4 1
KPOINT_SHIFT 1 1 0
NSTEP 200
MIX_ALPHA 0.30
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WIDTH 0.010
EDELTA 1.D-10
NEG 196
XCTYPE vdW-DF2
ESM_BC BC1
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&VIBRATION
ATOM 1-3
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15.098909039006 0.000000000000 0.00000000...
0.000000000000 14.235387960000 0.00000000...
0.000000000000 0.000000000000 50.32969679...
&END
&ATOMIC_SPECIES
Cu 63.54000 pot.Cu_pbe1
C 12.01115 pot.C_pbe1
O 15.99940 pot.O_pbe1
&END
&ATOMIC_COORDINATES CARTESIAN
0.000003823996 -0.000001138123 3.70232361...
0.000010283052 -0.000006912305 5.89721692...
0.000000351042 -0.000002382316 0.05346705...
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&END
COLOR(red){構造最適化の場合とは異なり、原子質量は現実のも...
質量が異なる場合は''nfforce.data''に記述される質量（atomi...
*** リスタート [#pc525998]
スーパーコンピュータ等、実行時間に制限がある場合、振動計...
その場合には以下のキーワードを指定すると良いでしょう。
RESTART
あるいは
TASK RESTART_VIB
を使用しても良いでしょう。
再計算を行う際、''nfforce.data''が存在すると計算された原...
*** GiFによる振動数の計算 [#fed150f7]
考慮したい原子変位を与えた計算が全て終了したら振動数の計...
振動解析には''gif''というプログラムと''nfforce.data``を以...
gif -f nfforce.data
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