第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki
開始行:
[[計算機システムの使い方/Smith]]
**smith/sbシステムにおいてジョブキューイングシステムを利...
*xsシステム用 [#v346e986]
-コンパイル用make.sys xs(AVX)専用
################### FOR PC clusterC (Xeon) with mpiifor...
F90 = mpiifort
LINKER = mpiifort
OMP = #-openmp -lm
OPT1 = -O1
OPT3 = -O3
# Xeon with SSE4
FLAG = $(OMP) $(OPT1) -save -zero -fixed -extend_sourc...
FLAGS = $(OMP) $(OPT3) -save -zero -fixed -extend_sourc...
FLAGD = $(OMP) $(OPT3) -save -zero -fixed -extend_sourc...
FLAGNP = $(OPT3) -save -zero -fixed -extend_sourc...
DEBUG =
#LIBS = -L/usr/local/lib -lfftw3_mpi -lfftw3 -lfftw3_o...
LIBS = -mkl=sequential
LAPACK =
INCLUDE = -I$(MKLROOT)/include/fftw -I/opt/intel/impi/3....
CPPDIR = /usr/bin
CPP = $(CPPDIR)/cpp -P -C -traditional
P_FLAGS = -D_FFTW3_ -D_MKL_ -D_PC_CLUSTER_ -D_TIMER_...
########################################################...
# preprocessor switches
# _FFTW3_ usage of FFTW3 interface
# _FFTW3_MPI usage of FFTW3/MPI
# _PAITIENT_ FFTW3 planning parameter. strong optimiz...
# _MKL_ disable usage of FFTW wisdom
# _INTEL_/_KEI_ select appropriate module for use of 'ch...
# _PC_CLUSTER_ use of algorithms for non-vector machine
# _TIMER_ elaps time measurement for important pro...
# _TIMERx_ elaps times of program regions in main/s...
# _TEST_ affect # of revision of eigen-vector & o...
# _OPENMP_FUNC__OPENMP_FUNC_ activate openMP control f...
# _SCALAPACK_ use of saclapack routines
########################################################...
*ジョブスクリプト [#qc28d5b3]
STATE_5.4.1_avxはSTATE_5.4.1をavxコードを用いてコンパイル...
-ジョブスクリプト (xs用、フラットMPI)
#!/bin/csh
#$ -cwd
#$ -q xs1.q
#$ -pe x16 16
#$ -N CO
ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.C_pbe1
ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.O_pbe1
ln -fs $HOME/STATE/src/STATE_5.4.1_avx/STATE STATE_A
setenv OMP_NUM_THREADS 1 # OPENMP並列数
setenv I_MPI_ADJUST_ALLGATHERV 2 # MPI集団通信ALLGATHE...
setenv I_MPI_PIN 1 #
mpirun -np $NSLOTS ./STATE_A < nfinp.dat > nfout.dat
-ジョブスクリプト (xe用、フラットMPI)
#!/bin/csh
#$ -cwd
#$ -q xe1.q
#$ -pe x8 8
#$ -N CO
ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.C_pbe1
ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.O_pbe1
ln -fs $HOME/STATE/src/STATE_5.4.1_avx/STATE STATE_A
setenv OMP_NUM_THREADS 1
setenv I_MPI_ADJUST_ALLGATHERV 2
setenv I_MPI_PIN 1
mpirun -np $NSLOTS ./STATE_A < nfinp.dat > nfout.dat
-ジョブスクリプト (sb用、フラットMPI)
#!/bin/csh
#$ -cwd
#$ -q all.q
#$ -pe x6 6
#$ -N CO
ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.C_pbe1
ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.O_pbe1
ln -fs $HOME/STATE/src/STATE_5.4.1_avx/STATE STATE_A
setenv OMP_NUM_THREADS 1
mpirun -np $NSLOTS ./STATE_A < nfinp.dat > nfout.dat
終了行:
[[計算機システムの使い方/Smith]]
**smith/sbシステムにおいてジョブキューイングシステムを利...
*xsシステム用 [#v346e986]
-コンパイル用make.sys xs(AVX)専用
################### FOR PC clusterC (Xeon) with mpiifor...
F90 = mpiifort
LINKER = mpiifort
OMP = #-openmp -lm
OPT1 = -O1
OPT3 = -O3
# Xeon with SSE4
FLAG = $(OMP) $(OPT1) -save -zero -fixed -extend_sourc...
FLAGS = $(OMP) $(OPT3) -save -zero -fixed -extend_sourc...
FLAGD = $(OMP) $(OPT3) -save -zero -fixed -extend_sourc...
FLAGNP = $(OPT3) -save -zero -fixed -extend_sourc...
DEBUG =
#LIBS = -L/usr/local/lib -lfftw3_mpi -lfftw3 -lfftw3_o...
LIBS = -mkl=sequential
LAPACK =
INCLUDE = -I$(MKLROOT)/include/fftw -I/opt/intel/impi/3....
CPPDIR = /usr/bin
CPP = $(CPPDIR)/cpp -P -C -traditional
P_FLAGS = -D_FFTW3_ -D_MKL_ -D_PC_CLUSTER_ -D_TIMER_...
########################################################...
# preprocessor switches
# _FFTW3_ usage of FFTW3 interface
# _FFTW3_MPI usage of FFTW3/MPI
# _PAITIENT_ FFTW3 planning parameter. strong optimiz...
# _MKL_ disable usage of FFTW wisdom
# _INTEL_/_KEI_ select appropriate module for use of 'ch...
# _PC_CLUSTER_ use of algorithms for non-vector machine
# _TIMER_ elaps time measurement for important pro...
# _TIMERx_ elaps times of program regions in main/s...
# _TEST_ affect # of revision of eigen-vector & o...
# _OPENMP_FUNC__OPENMP_FUNC_ activate openMP control f...
# _SCALAPACK_ use of saclapack routines
########################################################...
*ジョブスクリプト [#qc28d5b3]
STATE_5.4.1_avxはSTATE_5.4.1をavxコードを用いてコンパイル...
-ジョブスクリプト (xs用、フラットMPI)
#!/bin/csh
#$ -cwd
#$ -q xs1.q
#$ -pe x16 16
#$ -N CO
ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.C_pbe1
ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.O_pbe1
ln -fs $HOME/STATE/src/STATE_5.4.1_avx/STATE STATE_A
setenv OMP_NUM_THREADS 1 # OPENMP並列数
setenv I_MPI_ADJUST_ALLGATHERV 2 # MPI集団通信ALLGATHE...
setenv I_MPI_PIN 1 #
mpirun -np $NSLOTS ./STATE_A < nfinp.dat > nfout.dat
-ジョブスクリプト (xe用、フラットMPI)
#!/bin/csh
#$ -cwd
#$ -q xe1.q
#$ -pe x8 8
#$ -N CO
ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.C_pbe1
ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.O_pbe1
ln -fs $HOME/STATE/src/STATE_5.4.1_avx/STATE STATE_A
setenv OMP_NUM_THREADS 1
setenv I_MPI_ADJUST_ALLGATHERV 2
setenv I_MPI_PIN 1
mpirun -np $NSLOTS ./STATE_A < nfinp.dat > nfout.dat
-ジョブスクリプト (sb用、フラットMPI)
#!/bin/csh
#$ -cwd
#$ -q all.q
#$ -pe x6 6
#$ -N CO
ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.C_pbe1
ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.O_pbe1
ln -fs $HOME/STATE/src/STATE_5.4.1_avx/STATE STATE_A
setenv OMP_NUM_THREADS 1
mpirun -np $NSLOTS ./STATE_A < nfinp.dat > nfout.dat
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