第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki
開始行:
* Visualization of molecular orbitals of a water monomer ...
このチュートリアルではpp.xを使って電子密度と分子軌道を可...
** 準備 [#m23594fd]
もしもまだビルドしておらずbin/にpp.xが存在しない場合はQE...
$ make pp
** SCF/構造最適化 [#rafa0126]
先ずSCFあるいは構造最適化を行い、波動関数を獲得します。
以下は孤立水分子の構造最適化のための入力ファイルの一例で...
H2O in a box
&control
calculation = 'relax'
restart_mode = 'from_scratch'
prefix = 'h2o'
pseudo_dir = '/home/ikutaro/QE/pseudo/'
outdir = './tmp/'
forc_conv_thr = 1.0D-4
/
&system
ibrav = 1
celldm(1) = 20.00
nat = 3
ntyp = 2
ecutwfc = 50.0
ecutrho = 400.0
nbnd = 8
/
&electrons
mixing_beta = 0.5
conv_thr = 1.0d-10
/
&ions
/
ATOMIC_SPECIES
H 0.0000 H.pbe-kjpaw_psl.1.0.0.UPF
O 0.0000 O.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF
ATOMIC_POSITIONS (bohr)
H 1.447909955222 0.000000000000 1.127167...
H -1.447909955222 0.000000000000 1.127167...
O 0.000000000000 0.000000000000 0.000000...
K_POINTS (GAMMA)
pw.xを以下のように実行します。
$ mpirun -np 4 ${HOME}/QE/src/qe-6.6/bin/pw.x < h2_relax...
あるいはジョブスクリプト(この例ではh2o.sh)を使ってジョ...
$ qsub h2o.sh
計算 (SCF) が収束したならば波動関数と電子密度の(実空間で...
** ポストプロセス [#ac3f780c]
*** 実空間における電子密度 [#s3866ccc]
実空間における電子密度をプロットするためのpp.xの入力ファ...
&inputpp
prefix = 'h2o'
outdir = './tmp/'
filplot = 'h2o'
plot_num = 0
/
&plot
iflag = 3
output_format = 5
fileout = 'h2o_rho.xsf'
/
ここでprefixとoutdirはpw.xのものと同じである必要がありま...
この例では
plot_num = 0
と&inputpp ... / セクションでしています。これは電子密度を...
さらに
iflag = 3
を指定することで、電子密度を3Dでプロットすることができま...
さらに以下を指定することでXSFフォーマットで電子密度が出力...
output_format = 5
以下のようにして出力ファイル名を指定しています。
fileout = 'h2o_rho.xsf'
入力ファイルが準備できたならば以下を実行します。
$ mpirun -np 4 ${HOME}/QE/src/qe-6.6/bin/pp.x < pp_rho.i...
(もしくは同様のコマンドをジョブスクリプトを使用して実行)
ここで使用するコア数はpp.xの前のpw.xで使用したものと同じ...
*** 波動関数 [#g0c3a1b3]
ここでは波動関数(波動関数の二乗)をプロットします。
この場合の入力ファイル (pp_psi2.in) は以下のようになりま...
&inputpp
prefix = 'h2o'
outdir = './tmp/'
filplot = 'h2o'
plot_num = 7
kpoint(1) = 1
kband(1) = 1
kband(2) = 5
lsign = .true.
/
&plot
iflag = 3
output_format = 5
fileout ='.xsf'
/
ここで波動関数として複数のものをプロットすることが可能で...
ガンマ点における波動関数の二乗をプロットする際には符号を...
また波動関数をプロットする場合, fileoutはファイル名ではな...
h2o_K001_B001.xsf h2o_K001_B002.xsf h2o_K001_B003.xsf ...
終了行:
* Visualization of molecular orbitals of a water monomer ...
このチュートリアルではpp.xを使って電子密度と分子軌道を可...
** 準備 [#m23594fd]
もしもまだビルドしておらずbin/にpp.xが存在しない場合はQE...
$ make pp
** SCF/構造最適化 [#rafa0126]
先ずSCFあるいは構造最適化を行い、波動関数を獲得します。
以下は孤立水分子の構造最適化のための入力ファイルの一例で...
H2O in a box
&control
calculation = 'relax'
restart_mode = 'from_scratch'
prefix = 'h2o'
pseudo_dir = '/home/ikutaro/QE/pseudo/'
outdir = './tmp/'
forc_conv_thr = 1.0D-4
/
&system
ibrav = 1
celldm(1) = 20.00
nat = 3
ntyp = 2
ecutwfc = 50.0
ecutrho = 400.0
nbnd = 8
/
&electrons
mixing_beta = 0.5
conv_thr = 1.0d-10
/
&ions
/
ATOMIC_SPECIES
H 0.0000 H.pbe-kjpaw_psl.1.0.0.UPF
O 0.0000 O.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF
ATOMIC_POSITIONS (bohr)
H 1.447909955222 0.000000000000 1.127167...
H -1.447909955222 0.000000000000 1.127167...
O 0.000000000000 0.000000000000 0.000000...
K_POINTS (GAMMA)
pw.xを以下のように実行します。
$ mpirun -np 4 ${HOME}/QE/src/qe-6.6/bin/pw.x < h2_relax...
あるいはジョブスクリプト(この例ではh2o.sh)を使ってジョ...
$ qsub h2o.sh
計算 (SCF) が収束したならば波動関数と電子密度の(実空間で...
** ポストプロセス [#ac3f780c]
*** 実空間における電子密度 [#s3866ccc]
実空間における電子密度をプロットするためのpp.xの入力ファ...
&inputpp
prefix = 'h2o'
outdir = './tmp/'
filplot = 'h2o'
plot_num = 0
/
&plot
iflag = 3
output_format = 5
fileout = 'h2o_rho.xsf'
/
ここでprefixとoutdirはpw.xのものと同じである必要がありま...
この例では
plot_num = 0
と&inputpp ... / セクションでしています。これは電子密度を...
さらに
iflag = 3
を指定することで、電子密度を3Dでプロットすることができま...
さらに以下を指定することでXSFフォーマットで電子密度が出力...
output_format = 5
以下のようにして出力ファイル名を指定しています。
fileout = 'h2o_rho.xsf'
入力ファイルが準備できたならば以下を実行します。
$ mpirun -np 4 ${HOME}/QE/src/qe-6.6/bin/pp.x < pp_rho.i...
(もしくは同様のコマンドをジョブスクリプトを使用して実行)
ここで使用するコア数はpp.xの前のpw.xで使用したものと同じ...
*** 波動関数 [#g0c3a1b3]
ここでは波動関数(波動関数の二乗)をプロットします。
この場合の入力ファイル (pp_psi2.in) は以下のようになりま...
&inputpp
prefix = 'h2o'
outdir = './tmp/'
filplot = 'h2o'
plot_num = 7
kpoint(1) = 1
kband(1) = 1
kband(2) = 5
lsign = .true.
/
&plot
iflag = 3
output_format = 5
fileout ='.xsf'
/
ここで波動関数として複数のものをプロットすることが可能で...
ガンマ点における波動関数の二乗をプロットする際には符号を...
また波動関数をプロットする場合, fileoutはファイル名ではな...
h2o_K001_B001.xsf h2o_K001_B002.xsf h2o_K001_B003.xsf ...
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