第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki
開始行:
* QEの実行方法 [#y6d24ae0]
** 一般的なpw.xの実行方法 [#e46cbda8]
MPI等を用いてビルドした場合、pw.xは以下のように実行します。
mpirun -np 4 pw.x < scf.in > scf.out
あるいは
mpirun -np 4 pw.x -i scf.in > scf.out
ここで入力ファイルはscf.in、出力ファイルはscf.outとし、4...
** smith上での実行方法 [#h67495c9]
TBD
** ohtaka上での実行方法 [#p939e3cd]
ここではohtaka上でOneAPIを使ってpw.xをビルドしたと仮定し...
使用したモジュールは以下とします。
1) oneapi_compiler/2023.0.0 2) oneapi_mkl/2023.0.0 ...
簡単のため、''pw.x''へのコマンドサーチパスは既に設定され...
ohtaka上では''mpirun''ではなく''srun''を用いて''pw.x''を...
また''pw.x''はジョブスクリプトを用いて投入する必要があり...
以下にジョブスクリプトの例を示します。
- ''run.sh''
#!/bin/sh
#SBATCH -p i8cpu
#SBATCH -N 8
#SBATCH -n 256
#SBATCH -c 4
#SBATCH -t 00:30:00
#
###########
# Modules #
###########
#
module purge
module load oneapi_compiler/2023.0.0 oneapi_mkl/2023.0.0...
export FI_PROVIDER=psm3
ulimit -s unlimited
#
#########################
# Parallelization level #
#########################
#
# k-point (pool) parallelism
#
NPOOLS=1
#
# band parallelism
#
NBAND=4
#
# MPI command
#
MPI_COMMAND=srun
#
# PW directory and command
#
PW_DIR="${HOME}/QE/src/qe-7.3/bin"
#
PW="${PW_DIR}/pw.x -npools ${NPOOLS} -nband ${NBAND}"
#
# Execute
#
${MPI_COMMAND} ${PW} < ${INPUT_FILE} > ${OUTPUT_FILE}
以下に説明を加えます。
- 使用するパーティションの指定
#SBATCH -p i8cpu
- 使用するノードの数
#SBATCH -N 8
- 使用するプロセス数
#SBATCH -n 256
- 使用するスレッド数
#SBATCH -c 4
- 実行時間（の上限）
#SBATCH -t 00:30:00
- 使用するモジュールの指定。''pw.x''をビルドした際と同じ...
module purge
module load oneapi_compiler/2023.0.0 oneapi_mkl/2023.0.0...
- OneAPIを使用してプログラムをビルドした場合に指定する必...
export FI_PROVIDER=psm3
- 任意
ulimit -s unlimited
- k点並列数の指定（筆者独自の方法ですが（以下のプログラム...
NPOOLS=1
- バンド並列数の指定
NBAND=4
- MPIコマンドの指定
MPI_COMMAND=srun
- ''pw.x''のディレクトリの指定
PW_DIR="${HOME}/QE/src/qe-7.3/bin"
- ''pw.x''と並列数の指定
PW="${PW_DIR}/pw.x -npools ${NPOOLS} -nband ${NBAND}"
- ''pw.x''の実行
${MPI_COMMAND} ${PW} < ${INPUT_FILE} > ${OUTPUT_FILE}
ジョブを実行するには以下を実行します。
sbatch run.sh
終了行:
* QEの実行方法 [#y6d24ae0]
** 一般的なpw.xの実行方法 [#e46cbda8]
MPI等を用いてビルドした場合、pw.xは以下のように実行します。
mpirun -np 4 pw.x < scf.in > scf.out
あるいは
mpirun -np 4 pw.x -i scf.in > scf.out
ここで入力ファイルはscf.in、出力ファイルはscf.outとし、4...
** smith上での実行方法 [#h67495c9]
TBD
** ohtaka上での実行方法 [#p939e3cd]
ここではohtaka上でOneAPIを使ってpw.xをビルドしたと仮定し...
使用したモジュールは以下とします。
1) oneapi_compiler/2023.0.0 2) oneapi_mkl/2023.0.0 ...
簡単のため、''pw.x''へのコマンドサーチパスは既に設定され...
ohtaka上では''mpirun''ではなく''srun''を用いて''pw.x''を...
また''pw.x''はジョブスクリプトを用いて投入する必要があり...
以下にジョブスクリプトの例を示します。
- ''run.sh''
#!/bin/sh
#SBATCH -p i8cpu
#SBATCH -N 8
#SBATCH -n 256
#SBATCH -c 4
#SBATCH -t 00:30:00
#
###########
# Modules #
###########
#
module purge
module load oneapi_compiler/2023.0.0 oneapi_mkl/2023.0.0...
export FI_PROVIDER=psm3
ulimit -s unlimited
#
#########################
# Parallelization level #
#########################
#
# k-point (pool) parallelism
#
NPOOLS=1
#
# band parallelism
#
NBAND=4
#
# MPI command
#
MPI_COMMAND=srun
#
# PW directory and command
#
PW_DIR="${HOME}/QE/src/qe-7.3/bin"
#
PW="${PW_DIR}/pw.x -npools ${NPOOLS} -nband ${NBAND}"
#
# Execute
#
${MPI_COMMAND} ${PW} < ${INPUT_FILE} > ${OUTPUT_FILE}
以下に説明を加えます。
- 使用するパーティションの指定
#SBATCH -p i8cpu
- 使用するノードの数
#SBATCH -N 8
- 使用するプロセス数
#SBATCH -n 256
- 使用するスレッド数
#SBATCH -c 4
- 実行時間（の上限）
#SBATCH -t 00:30:00
- 使用するモジュールの指定。''pw.x''をビルドした際と同じ...
module purge
module load oneapi_compiler/2023.0.0 oneapi_mkl/2023.0.0...
- OneAPIを使用してプログラムをビルドした場合に指定する必...
export FI_PROVIDER=psm3
- 任意
ulimit -s unlimited
- k点並列数の指定（筆者独自の方法ですが（以下のプログラム...
NPOOLS=1
- バンド並列数の指定
NBAND=4
- MPIコマンドの指定
MPI_COMMAND=srun
- ''pw.x''のディレクトリの指定
PW_DIR="${HOME}/QE/src/qe-7.3/bin"
- ''pw.x''と並列数の指定
PW="${PW_DIR}/pw.x -npools ${NPOOLS} -nband ${NBAND}"
- ''pw.x''の実行
${MPI_COMMAND} ${PW} < ${INPUT_FILE} > ${OUTPUT_FILE}
ジョブを実行するには以下を実行します。
sbatch run.sh
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