第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki
開始行:
*MetaDynamics (MeD) 利用指示 [#k7d3450b]
**CC(Collective coordinate)を記録しつつMDを行い、CCの履歴...
-利用: &フレーズを用いたオプション指定による。 MDはimdal...
--例
&METADYNAMICS
DELEY 5
CCSTR 2
MTDYTAU 5
CCMTRX_SIZE 3000000
ADVNCSTP 0
DIST 12 6 0.0001 0.1 0.00 0.0 13.5 0.2 1
BNDC 12 6 13 0.0001 0.1 0.00 0.0 13.5 0.2
&END
--DELAY CCレプリカを置いた後、ポテンシャルがactivateされ...
--CCSTRでCC(Collective coordinate)の数を設定
--CCのタイプ指定 DIST(原子間距離)、ANGL(結合角)、BND...
--MTDYTAUまたはINTERVAL CCレプリカをサンプルするMDステッ...
--CCMTRX_SIZE 記憶するステップ数の最大値
--ADVNCSTP MDのはじめレプリカサンプルを行わない動作を...
-出力ファイル
CLLCTVCRDNTTRAJECTORY CCの全履歴
MTDYNMCSTRAJECTORY CCの履歴・ポテンシャル重畳計算に...
MeD_Tra_updated CCの全履歴 他レプリカ含む
TRAJECTORY_FOLDED FOLDされた原子座標
MTDYNMCSSETTINGS 計算条件の記録
fort.500 MeD計算の進行状況
終了行:
*MetaDynamics (MeD) 利用指示 [#k7d3450b]
**CC(Collective coordinate)を記録しつつMDを行い、CCの履歴...
-利用: &フレーズを用いたオプション指定による。 MDはimdal...
--例
&METADYNAMICS
DELEY 5
CCSTR 2
MTDYTAU 5
CCMTRX_SIZE 3000000
ADVNCSTP 0
DIST 12 6 0.0001 0.1 0.00 0.0 13.5 0.2 1
BNDC 12 6 13 0.0001 0.1 0.00 0.0 13.5 0.2
&END
--DELAY CCレプリカを置いた後、ポテンシャルがactivateされ...
--CCSTRでCC(Collective coordinate)の数を設定
--CCのタイプ指定 DIST(原子間距離)、ANGL(結合角)、BND...
--MTDYTAUまたはINTERVAL CCレプリカをサンプルするMDステッ...
--CCMTRX_SIZE 記憶するステップ数の最大値
--ADVNCSTP MDのはじめレプリカサンプルを行わない動作を...
-出力ファイル
CLLCTVCRDNTTRAJECTORY CCの全履歴
MTDYNMCSTRAJECTORY CCの履歴・ポテンシャル重畳計算に...
MeD_Tra_updated CCの全履歴 他レプリカ含む
TRAJECTORY_FOLDED FOLDされた原子座標
MTDYNMCSSETTINGS 計算条件の記録
fort.500 MeD計算の進行状況
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