第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki
開始行:
* 物性研究所スーパーコンピュータSystem B（鶺䴇）の使い方 ...
** 基本 [#i7401450]
*** 公開鍵認証 [#z71418a8]
「[[SSH公開鍵登録システムについて:https://scm-web.issp.u-...
*** ログイン [#ibe6f9da]
- sshでログインする。
$ ssh your_id@sekirei.issp.u-tokyo.ac.jp
- 別のコンピュータからもログインしたい場合は秘密鍵（~/.ss...
秘密鍵は他人から読まれないようにパーミッションを600に設定...
- パスフレーズを登録する場合は
$ ssh-add ~/.ssh/id_rsa
とする。
** STATE 5.6.0のインストール [#hcff0269]
*** 準備 [#v454e391]
$ mkdir ~/STATE/src
$ mv state_x.x.x.tar.gz ~/STATE/src
$ mv make.arch ~/STATE/src
$ cd ~/STATE/src
$ tar xzvf state_x.x.x.tar.gz
$ cd STATE_x.x.x
*** モジュールの設定 [#h67a0ed1]
デフォルトで読み込まれるモジュールは以下のコマンドで確認:
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) intel/16.0.3.210 2) mpt/2.14 3) gnu/4.8...
2016年6月10日以降コンパイラが16.0.3.210に更新されているこ...
これに合わせてMPIも5.1.3.210を読み込む:
$ module load intel-mpi/5.1.3.210
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) intel/16.0.3.210 3) gnu/4.8.5 5) i...
2) mpt/2.14 4) cuda/7.0
''追記'': 上の設定で計算を行うと、intel/16.0.3.210に含ま...
Fatal error in PMPI_Comm_create: Other MPI error, error ...
PMPI_Comm_create(669)................: （以下略）
のようなエラーを出して計算が止まることが判明した。
応急処置としてintel/16.0.3.210の代わりにintel/16.0.1.150...
$ module unload intel/16.0.3.210
$ module load intel/16.0.1.150
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) mpt/2.14 3) cuda/7.0 5) i...
2) gnu/4.8.5 4) intel/16.0.1.150
この状態でSTATEをコンパイルし、ジョブスクリプトでも同様の...
*** make.arch [#ie96dbb5]
############################## for LX(Xeon,smith) #####...
F90 = mpiifort
LINKER = mpiifort
OMP = -qopenmp
OPT3 = -O3 -fp-model strict -axCORE-AVX2
FLAGS = $(OMP) $(OPT3) -fixed -extend_source -xHOST
FLAGG = $(OMP) $(OPT3)
FLAGD = $(OMP)
FFTW_DIR=$(MKLROOT)/include/fftw
INCLUDE = -I$(FFTW_DIR)
#for intelmpi
LIBS = -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 ...
CPPDIR = /usr/bin
CPP = $(CPPDIR)/cpp -P -C -traditional
##for intelmpi
P_FLAGS = -D_INTEL_DAVIDSON_ -D_MKL_FFTW_ -D_FFTW3_ -D_...
-D_SCALAPACK_ -D_ALLGATHERV_NOOVERLAP_
########################################################...
OMPで-openmpを使ってmakeすると
ifort: command line remark #10411: option '-openmp' is d...
and will be removed in a future release.
Please use the replacement option '-qopenmp'
なる警告が出るので-qopenmpに変更した。
*** コンパイル [#ff060a91]
$ make
cpping m_para.f90
Compiling m_para.f90
...
** 計算の実行 [#abea16c0]
*** ジョブスクリプトの例 [#ucc227f1]
bashの場合:
#!/bin/sh
#QSUB -queue F36cpu
#QSUB -node 8
#PBS -N Pt111_3x3
#PBS -m be
#PBS -l walltime=24:00:00
# 作業ディレクトリでモジュールを読み込む
cd $PBS_O_WORKDIR
. /etc/profile.d/modules.sh
module load intel/16.0.1.150 intel-mpi/5.1.3.210
ln -fs ~/STATE/src/STATE5.6.0_20151026/STATE STATE
ln -fs ~/STATE/gncpp/Pt_pbe1s_TM/\#vnew.data fort.37
# 環境変数FORT5, FORT6にそれぞれ入力ファイル名、出力ファ...
# sh, bashではexport、csh, tcshではsetenvを用いることに...
export FORT5=nfinp_1
export FORT6=nfout_1
mpijob ./STATE
export FORT5=nfinp_2
export FORT6=nfout_2
mpijob ./STATE
export FORT5=nfinp_3
export FORT6=nfout_3
mpijob ./STATE
*** GDIISを使うときの注意 [#c5da429f]
現状ではMDが30ステップgdiis.dataに書き込まれると
*F* PROGRAM STATE TERMINATED IN SUBROUTINE GDIIS - GDIIS...
が出力されて計算が終了する仕様になっていますが、
System Bではそれまでの出力が上書きされる形で上の一行が書...
それまでの全エネルギーや力の計算結果が消えてしまいます。
これを防ぐにはMDが30ステップを超えそうになったら適宜gdiis...
終了行:
* 物性研究所スーパーコンピュータSystem B（鶺䴇）の使い方 ...
** 基本 [#i7401450]
*** 公開鍵認証 [#z71418a8]
「[[SSH公開鍵登録システムについて:https://scm-web.issp.u-...
*** ログイン [#ibe6f9da]
- sshでログインする。
$ ssh your_id@sekirei.issp.u-tokyo.ac.jp
- 別のコンピュータからもログインしたい場合は秘密鍵（~/.ss...
秘密鍵は他人から読まれないようにパーミッションを600に設定...
- パスフレーズを登録する場合は
$ ssh-add ~/.ssh/id_rsa
とする。
** STATE 5.6.0のインストール [#hcff0269]
*** 準備 [#v454e391]
$ mkdir ~/STATE/src
$ mv state_x.x.x.tar.gz ~/STATE/src
$ mv make.arch ~/STATE/src
$ cd ~/STATE/src
$ tar xzvf state_x.x.x.tar.gz
$ cd STATE_x.x.x
*** モジュールの設定 [#h67a0ed1]
デフォルトで読み込まれるモジュールは以下のコマンドで確認:
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) intel/16.0.3.210 2) mpt/2.14 3) gnu/4.8...
2016年6月10日以降コンパイラが16.0.3.210に更新されているこ...
これに合わせてMPIも5.1.3.210を読み込む:
$ module load intel-mpi/5.1.3.210
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) intel/16.0.3.210 3) gnu/4.8.5 5) i...
2) mpt/2.14 4) cuda/7.0
''追記'': 上の設定で計算を行うと、intel/16.0.3.210に含ま...
Fatal error in PMPI_Comm_create: Other MPI error, error ...
PMPI_Comm_create(669)................: （以下略）
のようなエラーを出して計算が止まることが判明した。
応急処置としてintel/16.0.3.210の代わりにintel/16.0.1.150...
$ module unload intel/16.0.3.210
$ module load intel/16.0.1.150
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) mpt/2.14 3) cuda/7.0 5) i...
2) gnu/4.8.5 4) intel/16.0.1.150
この状態でSTATEをコンパイルし、ジョブスクリプトでも同様の...
*** make.arch [#ie96dbb5]
############################## for LX(Xeon,smith) #####...
F90 = mpiifort
LINKER = mpiifort
OMP = -qopenmp
OPT3 = -O3 -fp-model strict -axCORE-AVX2
FLAGS = $(OMP) $(OPT3) -fixed -extend_source -xHOST
FLAGG = $(OMP) $(OPT3)
FLAGD = $(OMP)
FFTW_DIR=$(MKLROOT)/include/fftw
INCLUDE = -I$(FFTW_DIR)
#for intelmpi
LIBS = -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 ...
CPPDIR = /usr/bin
CPP = $(CPPDIR)/cpp -P -C -traditional
##for intelmpi
P_FLAGS = -D_INTEL_DAVIDSON_ -D_MKL_FFTW_ -D_FFTW3_ -D_...
-D_SCALAPACK_ -D_ALLGATHERV_NOOVERLAP_
########################################################...
OMPで-openmpを使ってmakeすると
ifort: command line remark #10411: option '-openmp' is d...
and will be removed in a future release.
Please use the replacement option '-qopenmp'
なる警告が出るので-qopenmpに変更した。
*** コンパイル [#ff060a91]
$ make
cpping m_para.f90
Compiling m_para.f90
...
** 計算の実行 [#abea16c0]
*** ジョブスクリプトの例 [#ucc227f1]
bashの場合:
#!/bin/sh
#QSUB -queue F36cpu
#QSUB -node 8
#PBS -N Pt111_3x3
#PBS -m be
#PBS -l walltime=24:00:00
# 作業ディレクトリでモジュールを読み込む
cd $PBS_O_WORKDIR
. /etc/profile.d/modules.sh
module load intel/16.0.1.150 intel-mpi/5.1.3.210
ln -fs ~/STATE/src/STATE5.6.0_20151026/STATE STATE
ln -fs ~/STATE/gncpp/Pt_pbe1s_TM/\#vnew.data fort.37
# 環境変数FORT5, FORT6にそれぞれ入力ファイル名、出力ファ...
# sh, bashではexport、csh, tcshではsetenvを用いることに...
export FORT5=nfinp_1
export FORT6=nfout_1
mpijob ./STATE
export FORT5=nfinp_2
export FORT6=nfout_2
mpijob ./STATE
export FORT5=nfinp_3
export FORT6=nfout_3
mpijob ./STATE
*** GDIISを使うときの注意 [#c5da429f]
現状ではMDが30ステップgdiis.dataに書き込まれると
*F* PROGRAM STATE TERMINATED IN SUBROUTINE GDIIS - GDIIS...
が出力されて計算が終了する仕様になっていますが、
System Bではそれまでの出力が上書きされる形で上の一行が書...
それまでの全エネルギーや力の計算結果が消えてしまいます。
これを防ぐにはMDが30ステップを超えそうになったら適宜gdiis...
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