第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki
開始行:
* プログラムの実行方法 [#p7abb6b1]
** ジョブスクリプトの書き方 [#gd1b6333]
SQUIDでプログラムを実行するためにはキューイングシステムを...
一般的には以下のようなジョブスクリプトファイルを作成しqsu...
以下はSTATEを用いてCO分子の計算を実行するためのジョブスク...
- run_co.sh
#!/bin/bash
#PBS -q DBG
#PBS --group=G15577
#PBS -m b
#PBS -T intmpi
#PBS -l cpunum_job=8
#PBS -v OMP_NUM_THREADS=1
#PBS -l elapstim_req=00:10:00
#PBS -e ERR
#PBS -o OUT
module load BaseCPU/2023
module load BasePy/2023
cd $PBS_O_WORKDIR
# Set the executable of the STATE code
ROOT_DIR=${HOME}/STATE
ln -fs ${ROOT_DIR}/src/state-5.6.14/src/STATE .
# Set the pseudopotential data
ln -fs ${ROOT_DIR}/gncpp/pot.C_pbe1
ln -fs ${ROOT_DIR}/gncpp/pot.O_pbe1
ln -fs ${ROOT_DIR}/gncpp/vdwdphi.dat_d0.1 vdwdphi.dat
# Set the working directory in the work directory and sy...
WORK_DIR=/sqfs/work/G15577/v60795/STATE/test/CO
mkdir -p ${WORK_DIR}
touch ${WORK_DIR}/zaj.data; ln -s ${WORK_DIR}/zaj.data
touch ${WORK_DIR}/potential.data; ln -s ${WORK_DIR}/pote...
# Set the input/output file
INPUT_FILE=nfinp_scf
OUTPUT_FILE=nfout_scf
# Run!
mpirun ${NQSV_MPIOPTS} ./STATE < ${INPUT_FILE} > ${OUTPU...
以下は上記ジョブスクリプトファイルの簡単な説明です。
--使用するshの宣言
#!/bin/bash
--使用するジョブクラスの指定([[使用可能なジョブクラス>計...
#PBS -q DBG
--自分の所属するグループの指定(指導教員に確認)
#PBS --group=G15577
--使用する並列計算環境の指定(STATEの場合は主にintmpiを使...
#PBS -T intmpi
--使用する全コア数の指定
#PBS -l cpunum_job=8
--スレッド並列数の指定
#PBS -v OMP_NUM_THREADS=1
(cpunum_job / OMP_NUM_THREADSがMPI並列数。大きい系ではOM...
--実行時間の指定(入力ファイルでも実行時間を指定すること...
#PBS -l elapstim_req=00:10:00
--エラー出力ファイルの指定(上記の例ではERRというファイル...
#PBS -e ERR
--標準出力ファイルの指定(上記の例ではOUTというファイルメ...
#PBS -o OUT
--使用するモジュールの指定(プログラムをビルドした際のも...
module load BaseCPU/2023
module load BasePy/2023
--プログラムを実行するディレクトリへの移動(特別な場合を...
cd $PBS_O_WORKDIR
--使用するSTATEの実行形式の指定
# Set the executable of the STATE code
ROOT_DIR=${HOME}/STATE
ln -fs ${ROOT_DIR}/src/state-5.6.14/src/STATE .
--使用する擬ポテンシャルの指定
# Set the pseudopotential data
ln -fs ${ROOT_DIR}/gncpp/pot.C_pbe1
ln -fs ${ROOT_DIR}/gncpp/pot.O_pbe1
--使用するvan der Waalsカーネルの指定(van der Waals dens...
ln -fs ${ROOT_DIR}/gncpp/vdwdphi.dat_d0.1 vdwdphi.dat
--Work領域を一時利用するためのディレクトリの作成と波動関...
# Set the working directory in the work directory and sy...
WORK_DIR=/sqfs/work/G15577/v60795/STATE/test/CO
mkdir -p ${WORK_DIR}
touch ${WORK_DIR}/zaj.data; ln -s ${WORK_DIR}/zaj.data
touch ${WORK_DIR}/potential.data; ln -s ${WORK_DIR}/pote...
--入出力ファイルの指定
# Set the input/output file
INPUT_FILE=nfinp_scf
OUTPUT_FILE=nfout_scf
--STATEの実行
# Run!
mpirun ${NQSV_MPIOPTS} ./STATE < ${INPUT_FILE} > ${OUTPU...
[[Quantum-ESPRESSOの場合の例>計算機システムの使い方/squid...
** プログラムの実行方法 [#ha220d6a]
前項のようなジョブスクリプトが用意できたらqsubを使ってジ...
$ qsub run_co.sh
ジョブの実行状況を確認するにはqstatを使用します。
$ qstat
例えば計算開始前では以下のような結果が得られます。
RequestID ReqName UserName Queue Pri STT S ...
--------------- -------- -------- -------- ---- --- - --...
619040.sqd run_co.s v60795 DBG-C 0 PRR - ...
ジョブをキャンセルするためにはqstatで表示されたRequestID...
$ qdel 619040
終了行:
* プログラムの実行方法 [#p7abb6b1]
** ジョブスクリプトの書き方 [#gd1b6333]
SQUIDでプログラムを実行するためにはキューイングシステムを...
一般的には以下のようなジョブスクリプトファイルを作成しqsu...
以下はSTATEを用いてCO分子の計算を実行するためのジョブスク...
- run_co.sh
#!/bin/bash
#PBS -q DBG
#PBS --group=G15577
#PBS -m b
#PBS -T intmpi
#PBS -l cpunum_job=8
#PBS -v OMP_NUM_THREADS=1
#PBS -l elapstim_req=00:10:00
#PBS -e ERR
#PBS -o OUT
module load BaseCPU/2023
module load BasePy/2023
cd $PBS_O_WORKDIR
# Set the executable of the STATE code
ROOT_DIR=${HOME}/STATE
ln -fs ${ROOT_DIR}/src/state-5.6.14/src/STATE .
# Set the pseudopotential data
ln -fs ${ROOT_DIR}/gncpp/pot.C_pbe1
ln -fs ${ROOT_DIR}/gncpp/pot.O_pbe1
ln -fs ${ROOT_DIR}/gncpp/vdwdphi.dat_d0.1 vdwdphi.dat
# Set the working directory in the work directory and sy...
WORK_DIR=/sqfs/work/G15577/v60795/STATE/test/CO
mkdir -p ${WORK_DIR}
touch ${WORK_DIR}/zaj.data; ln -s ${WORK_DIR}/zaj.data
touch ${WORK_DIR}/potential.data; ln -s ${WORK_DIR}/pote...
# Set the input/output file
INPUT_FILE=nfinp_scf
OUTPUT_FILE=nfout_scf
# Run!
mpirun ${NQSV_MPIOPTS} ./STATE < ${INPUT_FILE} > ${OUTPU...
以下は上記ジョブスクリプトファイルの簡単な説明です。
--使用するshの宣言
#!/bin/bash
--使用するジョブクラスの指定([[使用可能なジョブクラス>計...
#PBS -q DBG
--自分の所属するグループの指定(指導教員に確認)
#PBS --group=G15577
--使用する並列計算環境の指定(STATEの場合は主にintmpiを使...
#PBS -T intmpi
--使用する全コア数の指定
#PBS -l cpunum_job=8
--スレッド並列数の指定
#PBS -v OMP_NUM_THREADS=1
(cpunum_job / OMP_NUM_THREADSがMPI並列数。大きい系ではOM...
--実行時間の指定(入力ファイルでも実行時間を指定すること...
#PBS -l elapstim_req=00:10:00
--エラー出力ファイルの指定(上記の例ではERRというファイル...
#PBS -e ERR
--標準出力ファイルの指定(上記の例ではOUTというファイルメ...
#PBS -o OUT
--使用するモジュールの指定(プログラムをビルドした際のも...
module load BaseCPU/2023
module load BasePy/2023
--プログラムを実行するディレクトリへの移動(特別な場合を...
cd $PBS_O_WORKDIR
--使用するSTATEの実行形式の指定
# Set the executable of the STATE code
ROOT_DIR=${HOME}/STATE
ln -fs ${ROOT_DIR}/src/state-5.6.14/src/STATE .
--使用する擬ポテンシャルの指定
# Set the pseudopotential data
ln -fs ${ROOT_DIR}/gncpp/pot.C_pbe1
ln -fs ${ROOT_DIR}/gncpp/pot.O_pbe1
--使用するvan der Waalsカーネルの指定(van der Waals dens...
ln -fs ${ROOT_DIR}/gncpp/vdwdphi.dat_d0.1 vdwdphi.dat
--Work領域を一時利用するためのディレクトリの作成と波動関...
# Set the working directory in the work directory and sy...
WORK_DIR=/sqfs/work/G15577/v60795/STATE/test/CO
mkdir -p ${WORK_DIR}
touch ${WORK_DIR}/zaj.data; ln -s ${WORK_DIR}/zaj.data
touch ${WORK_DIR}/potential.data; ln -s ${WORK_DIR}/pote...
--入出力ファイルの指定
# Set the input/output file
INPUT_FILE=nfinp_scf
OUTPUT_FILE=nfout_scf
--STATEの実行
# Run!
mpirun ${NQSV_MPIOPTS} ./STATE < ${INPUT_FILE} > ${OUTPU...
[[Quantum-ESPRESSOの場合の例>計算機システムの使い方/squid...
** プログラムの実行方法 [#ha220d6a]
前項のようなジョブスクリプトが用意できたらqsubを使ってジ...
$ qsub run_co.sh
ジョブの実行状況を確認するにはqstatを使用します。
$ qstat
例えば計算開始前では以下のような結果が得られます。
RequestID ReqName UserName Queue Pri STT S ...
--------------- -------- -------- -------- ---- --- - --...
619040.sqd run_co.s v60795 DBG-C 0 PRR - ...
ジョブをキャンセルするためにはqstatで表示されたRequestID...
$ qdel 619040
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