第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki
開始行:
* SLURMの使い方 [#e8a462fa]
SLURMとはオープンソースソフトウェアの、ジョブスケジューラ...
以下にSLURMで主に使用するコマンドの簡単な使い方を記述しま...
** コマンド [#a67a8015]
*** sbatch [#s4ef31ee]
ジョブを投入するときに使用します。
run.shという名前のジョブスクリプトを実行するときには以下...
sbatch run.sh
*** squeue [#ub5da76a]
ジョブの実行状況を確認するときに使用します。
以下のコマンドを実行すると、実行中のジョブの情報が表示さ...
squeue
*** scancel [#w2f4168a]
ジョブをキャンセルするときに使用します。
scancelを実行してからjob_id（JobID以下に表示）を確認し、...
scancel <job_id>
*** scontrol [#o24028e7]
投入した、あるいは実行中のジョブの詳細を表示するときに使...
scontrol show job <job_id>
*** sacct [#ab0382f6]
投入した、あるいは実行中のジョブの詳細を表示するときに使...
実行中のジョブの経過時間と実行時間の上限は以下のようにし...
sacct -j <job_id> --format=JobID,Elapsed,Timelimit
詳細はmanコマンドを実行してマニュアルを読むのが良いでしょ...
*** pstat [#xfbaa73f]
これはSLURMのコマンドではありませんが、東京大学物性研究所...
** ジョブスクリプトの例 [#ac94f9a8]
デバッグ用キュー/パーティション（i8cpu）を使用してSTATEを...
#!/bin/sh
#SBATCH -J state_test
#SBATCH -p i8cpu
#SBATCH -N 2
#SBATCH -n 64
#SBATCH -c 4
#SBATCH -t 00:30:00
module purge
module load oneapi_compiler/2022.1.2 oneapi_mpi/2022.1.2...
export FI_PROVIDER=psm3
export MKL_NUM_THREADS=1
srun ./STATE < nfinp_1 > nfout_1
ここでプログラム`STATE`と擬ポテンシャル（あるいはそれらの...
*** 各行の簡単な説明 [#c3157c4a]
- 利用するシェルの指定
#!/bin/sh
- ジョブの名前の。`-J`以降の文字列が`squeue`などを実行す...
#SBATCH -J state_test
- パーティション（キュー）の指定
使用可能なパーティションに関してはマニュアルあるいは[[リ...
#SBATCH -p i8cpu
- 使用するノード数の指定
#SBATCH -N 2
- MPI並列数の指定
#SBATCH -n 64
- スレッド並列数の指定
MPI並列数とスレッド並列数は使用するノード数と矛盾しないよ...
#SBATCH -c 4
- ジョブの最大実行時間の指定
実行時間は指定したパーティションの上限値以下にする必要が...
#SBATCH -t 00:30:00
- ロードするモジュールの指定
``module purge``は必ずしも必要とは限りません。
一方、利用するコンパイラとライブラリはプログラムをビルド...
module purge
module load oneapi_compiler/2022.1.2 oneapi_mpi/2022.1.2...
- ohtaka上でoneAPIを使用する際、特にoneAPIのMPIを使用する...
export FI_PROVIDER=psm3
- ohtaka上でMKL、oneAPIのMPI、openMPを使用する際に必要な...
export MKL_NUM_THREADS=1
以前はこの環境変数の存在を知らず、突然MKL、openMPに関する...
- MPIで並列化されたプログラムの実行。mpirunではなくsrunを...
srun ./STATE < nfinp_1 > nfout_1
*** 使用するノード、MPI、およびスレッド並列数について [#e...
ohtakaのCPUノードは2 CPU（64 core）で構成されており1ノー...
従って、例えば2ノード使用する場合、合計256 coreの利用が可...
#SBATCH -N 2
#SBATCH -n 64
#SBATCH -c 4
以下のような並列数の指定も可能でしょう。
#SBATCH -N 2
#SBATCH -n 128
#SBATCH -c 2
MPI/スレッド並列数は実行時間を比較して最適なものを指定す...
計算規模が大きい場合にはメモリが不足してプログラムの実行...
そのような場合にはスレッド並列数を大きくすることでプログ...
終了行:
* SLURMの使い方 [#e8a462fa]
SLURMとはオープンソースソフトウェアの、ジョブスケジューラ...
以下にSLURMで主に使用するコマンドの簡単な使い方を記述しま...
** コマンド [#a67a8015]
*** sbatch [#s4ef31ee]
ジョブを投入するときに使用します。
run.shという名前のジョブスクリプトを実行するときには以下...
sbatch run.sh
*** squeue [#ub5da76a]
ジョブの実行状況を確認するときに使用します。
以下のコマンドを実行すると、実行中のジョブの情報が表示さ...
squeue
*** scancel [#w2f4168a]
ジョブをキャンセルするときに使用します。
scancelを実行してからjob_id（JobID以下に表示）を確認し、...
scancel <job_id>
*** scontrol [#o24028e7]
投入した、あるいは実行中のジョブの詳細を表示するときに使...
scontrol show job <job_id>
*** sacct [#ab0382f6]
投入した、あるいは実行中のジョブの詳細を表示するときに使...
実行中のジョブの経過時間と実行時間の上限は以下のようにし...
sacct -j <job_id> --format=JobID,Elapsed,Timelimit
詳細はmanコマンドを実行してマニュアルを読むのが良いでしょ...
*** pstat [#xfbaa73f]
これはSLURMのコマンドではありませんが、東京大学物性研究所...
** ジョブスクリプトの例 [#ac94f9a8]
デバッグ用キュー/パーティション（i8cpu）を使用してSTATEを...
#!/bin/sh
#SBATCH -J state_test
#SBATCH -p i8cpu
#SBATCH -N 2
#SBATCH -n 64
#SBATCH -c 4
#SBATCH -t 00:30:00
module purge
module load oneapi_compiler/2022.1.2 oneapi_mpi/2022.1.2...
export FI_PROVIDER=psm3
export MKL_NUM_THREADS=1
srun ./STATE < nfinp_1 > nfout_1
ここでプログラム`STATE`と擬ポテンシャル（あるいはそれらの...
*** 各行の簡単な説明 [#c3157c4a]
- 利用するシェルの指定
#!/bin/sh
- ジョブの名前の。`-J`以降の文字列が`squeue`などを実行す...
#SBATCH -J state_test
- パーティション（キュー）の指定
使用可能なパーティションに関してはマニュアルあるいは[[リ...
#SBATCH -p i8cpu
- 使用するノード数の指定
#SBATCH -N 2
- MPI並列数の指定
#SBATCH -n 64
- スレッド並列数の指定
MPI並列数とスレッド並列数は使用するノード数と矛盾しないよ...
#SBATCH -c 4
- ジョブの最大実行時間の指定
実行時間は指定したパーティションの上限値以下にする必要が...
#SBATCH -t 00:30:00
- ロードするモジュールの指定
``module purge``は必ずしも必要とは限りません。
一方、利用するコンパイラとライブラリはプログラムをビルド...
module purge
module load oneapi_compiler/2022.1.2 oneapi_mpi/2022.1.2...
- ohtaka上でoneAPIを使用する際、特にoneAPIのMPIを使用する...
export FI_PROVIDER=psm3
- ohtaka上でMKL、oneAPIのMPI、openMPを使用する際に必要な...
export MKL_NUM_THREADS=1
以前はこの環境変数の存在を知らず、突然MKL、openMPに関する...
- MPIで並列化されたプログラムの実行。mpirunではなくsrunを...
srun ./STATE < nfinp_1 > nfout_1
*** 使用するノード、MPI、およびスレッド並列数について [#e...
ohtakaのCPUノードは2 CPU（64 core）で構成されており1ノー...
従って、例えば2ノード使用する場合、合計256 coreの利用が可...
#SBATCH -N 2
#SBATCH -n 64
#SBATCH -c 4
以下のような並列数の指定も可能でしょう。
#SBATCH -N 2
#SBATCH -n 128
#SBATCH -c 2
MPI/スレッド並列数は実行時間を比較して最適なものを指定す...
計算規模が大きい場合にはメモリが不足してプログラムの実行...
そのような場合にはスレッド並列数を大きくすることでプログ...
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