第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki
開始行:
* smith 計算機システムの使い方(旧) [#b903d366]
SMITHクラスタ計算機システムはインテルまたは互換CPUを用い...
** ネットワーク構成 [#x85a42b8]
~-- | 等はネットワークの接続を、~[]でくくられた名前はコン...
+ 工学部内 ODINS network
|
| Backbone network( 工学部ネットワークから直接...
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+- [smith] -----+ 133.1.116.161...
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+- [rafiki] ----+ 133.1.116.162...
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| | (133.1.116.16...
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| +-- [ita*] Itanium CPUシ...
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| +-- [opt00], [opt01] コンパイルサ...
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| +-- [opt02]-[opt11] 計算サーバー ...
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| +-- [opt12]-[opt21] 計算サーバー ...
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| +-- [opt22]-[opt36] 計算サーバー ...
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| +-- [xe00], [xe01] 計算サーバー ...
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| +-- [xe02]-[xe06] 計算サーバー ...
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| +-- [xeon00] ----+ ログイン・計...
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| | +--- [xeon01-07] 計算サ...
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+- [sb100] -----+ 133.1.116.165...
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+-- [sb101]-[sb120] 計算サーバー ...
| [Sandy-bridg...
+-- [corei7-3930k-1] 計算サーバー ...
**ジョブの投入について [#q22a1518]
-システムで計算を実行するには、計算したい内容をジョブにし...
-ジョブ管理システムはSGE(Sun Grid Engine)5.3です。
-ジョブは自動的に空いている計算機に割り当てられて実行され...
-ジョブの作り方は下記各システムの説明に「ジョブスクリプト...
-用いるコアの数を増やすと自動的に並列度が上がりますが、通...
-opt parallel_environmentにジョブを投入するときは、smith...
-xe parallel_environmentにジョブを投入するときは、xe00でq...
-xeon parallel_environmentにジョブを投入するときは、xeon0...
**キューとparallel_environmentについて [#j6529b3c]
-各計算ノードはそれぞれ別々のキューとして管理されています。
-違う規模の計算機は別々の parallel_environmentとして管理...
-通常、キューを指定せず、-peオプションで parallel_environ...
- parallel_environmentを指定すると、ジョブはその parallel...
-投入したジョブのparallel_environmentに属するノードに空き...
**各システム [#o99a72fa]
***opt??システム [#l914a98c]
-opteron CPUで構成される計算機グループで、mpich-opt, mpic...
-ジョブスクリプトファイルの例
#!/bin/csh
#$ -cwd
#$ -pe mpich-opt2 4
#$ -N JOBNAME
mpirun -nolocal -np $NSLOTS -machinefile ../$USER.$PE.$...
-- -cwd はジョブを投入した時のディレクトリがジョブ開始時...
-- 上のmpich-opt2の後ろの4が計算に用いるCOREの数を示すオ...
-- -Nオプションでジョブの名前を指定できます。(先頭文字...
-- STATE_AにはSTATEの実行ファイルをジョブ投入前にリンクし...
-- また、fort.37等、擬ポテンシャルのファイルも同様にリン...
-コンパイル
-- コンパイルはopt00にログインしてifortコマンドにより行...
-- STATEユーザーはopt用のMakefileを使用してコンパイルで...
- opt??にログインするには?
-- rsh opt00 等でOKです。
-ライブラリ
-- ACML,mpich-2 が利用できます。
***x?システム [#jf4030e4]
-xeon CPUで構成される計算機グループで、x8, x12 の2 parall...
-ジョブスクリプトファイルの例
#!/bin/csh
#$ -cwd
#$ -pe x12 12
#$ -N JOBNAME
mpirun -np $NSLOTS ./STATE_A < nfinp > nfout
-- -cwd はジョブを投入した時のディレクトリがジョブ開始時...
-- 上のx12(またはx8)はx12(またはx8)にジョブ投入する...
-- -Nオプションでジョブの名前を指定できます。(先頭文字...
-- STATE_AにはSTATEの実行ファイルをジョブ投入前にリンクし...
-- また、fort.37等、擬ポテンシャルのファイルも同様にリン...
-コンパイル
-- コンパイルはxe00にログインしてifortコマンドまたはmpi...
-- STATEユーザーはxe用のMakefileを使用してコンパイルでき...
- xe??にログインするには?
-- rsh xe00 等でOKです。
-ライブラリ
-- MKL が利用できます。
ifort xe2011(version12) のインストール記[[LinuxTips#hec...
***xeon00システム [#qf359bf3]
- xeon CPUで構成される計算機グループですが、特定のプロジ...
-ジョブスクリプトファイルの例
#!/bin/csh
#$ -cwd
#$ -pe x8 8
#$ -N JOBNAME
mpirun -np $NSLOTS ./STATE_A < nfinp > nfout
***sb100システム [#f7c64b2d]
- Sanday-bridge アーキテクチャーのCore i7 CPUで構成される...
- AVX機能があり高速に計算できますが、組み込んだ新しいコン...
- smithのデータを直接見れます。/home2にsmithの/homeをNFS...
- スクリプトの例(cshのみ)
-- ハイブリッド並列(12コア確保、各ノードにプロセス確保、...
#!/bin/csh -f
#$ -pe x6 12
#$ -cwd
#$ -N erace
setenv OMP_NUM_THREADS 6
ln -fs ~/STATE/src/STATE_5.4.1/wrksrc6i5_/STATE .
mpirun -perhost 1 -np $NHOSTS ./STATE < nfinp > nfout
-- フラット並列(12コア)
#!/bin/csh -f
#$ -pe x6 12
#$ -cwd
#$ -N erace
ln -fs ~/STATE/src/STATE_5.4.1/STATE .
mpirun -np $NSLOTS ./STATE < nfinp > nfout
---------------------------------------------------------...
* SXで実行させた結果(バイナリデータ)を読み込みたい。 [#...
- 可能です。
zaj.data, potention.data, restart.dataについて下記のよう...
setenv F_UFMTENDIAN 43,70,80 (cshの場合)
export F_UFMTENDIAN=43,70,80 (bashの場合)
F_UFMTENDIAN=43,70,80 ; export F_UFMTENDIAN (shの場合)
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終了行:
* smith 計算機システムの使い方(旧) [#b903d366]
SMITHクラスタ計算機システムはインテルまたは互換CPUを用い...
** ネットワーク構成 [#x85a42b8]
~-- | 等はネットワークの接続を、~[]でくくられた名前はコン...
+ 工学部内 ODINS network
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| Backbone network( 工学部ネットワークから直接...
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+- [smith] -----+ 133.1.116.161...
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+- [rafiki] ----+ 133.1.116.162...
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| | (133.1.116.16...
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| +-- [ita*] Itanium CPUシ...
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| +-- [opt00], [opt01] コンパイルサ...
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| +-- [opt02]-[opt11] 計算サーバー ...
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| +-- [opt12]-[opt21] 計算サーバー ...
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| +-- [opt22]-[opt36] 計算サーバー ...
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| +-- [xe00], [xe01] 計算サーバー ...
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| +-- [xe02]-[xe06] 計算サーバー ...
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| +-- [xeon00] ----+ ログイン・計...
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| | +--- [xeon01-07] 計算サ...
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+- [sb100] -----+ 133.1.116.165...
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+-- [sb101]-[sb120] 計算サーバー ...
| [Sandy-bridg...
+-- [corei7-3930k-1] 計算サーバー ...
**ジョブの投入について [#q22a1518]
-システムで計算を実行するには、計算したい内容をジョブにし...
-ジョブ管理システムはSGE(Sun Grid Engine)5.3です。
-ジョブは自動的に空いている計算機に割り当てられて実行され...
-ジョブの作り方は下記各システムの説明に「ジョブスクリプト...
-用いるコアの数を増やすと自動的に並列度が上がりますが、通...
-opt parallel_environmentにジョブを投入するときは、smith...
-xe parallel_environmentにジョブを投入するときは、xe00でq...
-xeon parallel_environmentにジョブを投入するときは、xeon0...
**キューとparallel_environmentについて [#j6529b3c]
-各計算ノードはそれぞれ別々のキューとして管理されています。
-違う規模の計算機は別々の parallel_environmentとして管理...
-通常、キューを指定せず、-peオプションで parallel_environ...
- parallel_environmentを指定すると、ジョブはその parallel...
-投入したジョブのparallel_environmentに属するノードに空き...
**各システム [#o99a72fa]
***opt??システム [#l914a98c]
-opteron CPUで構成される計算機グループで、mpich-opt, mpic...
-ジョブスクリプトファイルの例
#!/bin/csh
#$ -cwd
#$ -pe mpich-opt2 4
#$ -N JOBNAME
mpirun -nolocal -np $NSLOTS -machinefile ../$USER.$PE.$...
-- -cwd はジョブを投入した時のディレクトリがジョブ開始時...
-- 上のmpich-opt2の後ろの4が計算に用いるCOREの数を示すオ...
-- -Nオプションでジョブの名前を指定できます。(先頭文字...
-- STATE_AにはSTATEの実行ファイルをジョブ投入前にリンクし...
-- また、fort.37等、擬ポテンシャルのファイルも同様にリン...
-コンパイル
-- コンパイルはopt00にログインしてifortコマンドにより行...
-- STATEユーザーはopt用のMakefileを使用してコンパイルで...
- opt??にログインするには?
-- rsh opt00 等でOKです。
-ライブラリ
-- ACML,mpich-2 が利用できます。
***x?システム [#jf4030e4]
-xeon CPUで構成される計算機グループで、x8, x12 の2 parall...
-ジョブスクリプトファイルの例
#!/bin/csh
#$ -cwd
#$ -pe x12 12
#$ -N JOBNAME
mpirun -np $NSLOTS ./STATE_A < nfinp > nfout
-- -cwd はジョブを投入した時のディレクトリがジョブ開始時...
-- 上のx12(またはx8)はx12(またはx8)にジョブ投入する...
-- -Nオプションでジョブの名前を指定できます。(先頭文字...
-- STATE_AにはSTATEの実行ファイルをジョブ投入前にリンクし...
-- また、fort.37等、擬ポテンシャルのファイルも同様にリン...
-コンパイル
-- コンパイルはxe00にログインしてifortコマンドまたはmpi...
-- STATEユーザーはxe用のMakefileを使用してコンパイルでき...
- xe??にログインするには?
-- rsh xe00 等でOKです。
-ライブラリ
-- MKL が利用できます。
ifort xe2011(version12) のインストール記[[LinuxTips#hec...
***xeon00システム [#qf359bf3]
- xeon CPUで構成される計算機グループですが、特定のプロジ...
-ジョブスクリプトファイルの例
#!/bin/csh
#$ -cwd
#$ -pe x8 8
#$ -N JOBNAME
mpirun -np $NSLOTS ./STATE_A < nfinp > nfout
***sb100システム [#f7c64b2d]
- Sanday-bridge アーキテクチャーのCore i7 CPUで構成される...
- AVX機能があり高速に計算できますが、組み込んだ新しいコン...
- smithのデータを直接見れます。/home2にsmithの/homeをNFS...
- スクリプトの例(cshのみ)
-- ハイブリッド並列(12コア確保、各ノードにプロセス確保、...
#!/bin/csh -f
#$ -pe x6 12
#$ -cwd
#$ -N erace
setenv OMP_NUM_THREADS 6
ln -fs ~/STATE/src/STATE_5.4.1/wrksrc6i5_/STATE .
mpirun -perhost 1 -np $NHOSTS ./STATE < nfinp > nfout
-- フラット並列(12コア)
#!/bin/csh -f
#$ -pe x6 12
#$ -cwd
#$ -N erace
ln -fs ~/STATE/src/STATE_5.4.1/STATE .
mpirun -np $NSLOTS ./STATE < nfinp > nfout
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* SXで実行させた結果(バイナリデータ)を読み込みたい。 [#...
- 可能です。
zaj.data, potention.data, restart.dataについて下記のよう...
setenv F_UFMTENDIAN 43,70,80 (cshの場合)
export F_UFMTENDIAN=43,70,80 (bashの場合)
F_UFMTENDIAN=43,70,80 ; export F_UFMTENDIAN (shの場合)
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