第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki
開始行:
*CO分子 [#u76be93a]
以下の例ではrectangular boxに配置したCO分子の計算例を示す。
ソースおよび擬ポテンシャルは以下を使用すると仮定する。
- ソースディレクトリ: ${HOME}/STATE/src/state-5.6.3/src
- 擬ポテンシャルディレクトリ: ${HOME}/STATE/gncpp
- 擬ポテンシャル: pot_C_pbe1, pot_O_pbe1
-入力ファイル (nfinp_1)
0 0 0 0 0 0 : dummy line (6 i...
5.50 20.00 2 2 2 : GMAX, GMAXP, NT...
1 0 : space group num...
6.00 4.00 4.00 90.00 90.00 90.00 : a, b, c, alpha,...
1 1 1 1 1 1 : knx, kny, knz, ...
1 0 : NCORD, NINV
0.0000 0.0000 0.0000 1 1 1 : cps, iwei, imdt...
2.2000 0.0000 0.0000 1 1 2 : cps, iwei, imdt...
6 0.1500 51577.50 3 1 0.d0 : IATOMN, ALFA, A...
8 0.1500 51577.50 3 1 0.d0 : IATOMN, ALFA, A...
0 0 0 0 0 : ICOND, INIPOS, ...
0 1 : IPRE, IPRI
200 200 0 57200.00 0 : NMD1, NMD2, ite...
3 1 : way_mix, mix_what
0 8 0.8 : starting mixing...
0.60 0.50 0.60 0.70 1.00 : DTIM1, DTIM2, D...
30.00 2 1 0.10D-08 1.d-06 : DTIO, IMDALG, I...
0.0010 0.10D+02 0 : WIDTH, FORCCR, ...
ggapbe 1 : XCTYPE, nspin
1.00 3 : destm, n_stm
102 : NBZTYP
0 0 0 : NKX, NKY, NKZ...
0 0 0 : NKX2, NKY2, NKZ...
8 : NEG (# of bands)
1 : NEXTST (1: G-sp...
0 : 0; random numbe...
2 : imsd (2: Davids...
0 : eval. eko diff....
0 : npdosao
0 0.0 : SM_dopping
以下を実行しSTATEおよび擬ポテンシャルへのシンボリックリン...
ln -s ${HOME}/STATE/src/state-5.6.3/src/STATE STATE
ln -s ${HOME}/STATE/gncpp/pot_C_pbe1 fort.37
ln -s ${HOME}/STATE/gncpp/pot_O_pbe1 fort.38
あるいは
ln -s ${HOME}/STATE/gncpp/C_pbe1/#vnew.data fort.37
ln -s ${HOME}/STATE/gncpp/O_pbe1/#vnew.data fort.38
** Single point (SCF) 計算 [#p8468442]
出力ファイルをnfout_1とし以下を実行する (コマンドやジョブ...
mpirun -np 2 ./STATE < nfinp_1 > nfout_1
ジョブが開始すると以下のロゴがnfout_1に表示される
*******************************************************...
* ...
* ...
* ...
* ****** ******** ** ******** *****...
* ******** ******** **** ******** *****...
* ** ** ** ** ** ** ...
* *** ** ******** ** *****...
* *** ** ********** ** *****...
* ** ** ** ** ** ** ...
* ******** ** ** ** ** *****...
* ****** ** VERSION 5.6.5 ** *****...
* RICS-AIST ...
* OSAKA UNIVERSITY ...
* ...
*******************************************************...
SCF計算が始まるところでは以下が出力される。
*******************************************************...
* ...
* START SCF ...
* ...
*******************************************************...
全エネルギーの収束をモニターする場合は
grep ETOT\: nfout_1
を実行する。その結果は以下のようになる
ETOT: 1 -16.71058056 0.1671E+02 0.8965E-01
ETOT: 2 -20.04069483 0.3330E+01 0.6387E-01
ETOT: 3 -21.96017776 0.1919E+01 0.4847E-01
ETOT: 4 -22.11633389 0.1562E+00 0.3198E-01
ETOT: 5 -22.20286500 0.8653E-01 0.1510E-01
ETOT: 6 -22.21912414 0.1626E-01 0.3085E-02
ETOT: 7 -22.21938566 0.2615E-03 0.7750E-03
ETOT: 8 -22.21941988 0.3422E-04 0.2094E-03
ETOT: 9 -22.21942413 0.4249E-05 0.4735E-04
ETOT: 10 -22.21942395 0.1857E-06 0.4811E-04
ETOT: 11 -22.21942422 0.2798E-06 0.1838E-04
ETOT: 12 -22.21942425 0.2761E-07 0.6088E-05
ETOT: 13 -22.21942426 0.3338E-08 0.3279E-06
ETOT: 14 -22.21942426 0.8036E-11 0.8071E-07
ETOT: 15 -22.21942426 0.1084E-11 0.1565E-07
ETOT: 16 -22.21942426 0.3197E-13 0.7047E-08
SCF計算が収束した場合、全エネルギーとその成分が以下のよう...
TOTAL ENERGY AND ITS COMPONENTS
TOTAL ENERGY = -22.2194242...
FREE ENERGY = -22.2194242...
KINETIC ENERGY = 9.9211144...
HARTREE ENERGY = 5.1212189...
XC ENERGY = -5.8958565...
LOCAL ENERGY = -20.2316176...
NONLOCAL ENERGY = 6.7368618...
EWALD ENERGY = -17.8711452...
PC ENERGY = 0.0000000...
ENTROPIC ENERGY = 0.0000000...
原子にかかる力は以下のように表示される。
ATOM COORDINATES ...
MD: 1
MD: 1 C 0.000000 0.000000 0.000000 0.018...
MD: 2 O 2.200000 0.000000 0.000000 -0.018...
また一般にSCFあるいは構造最適化が収束した場合には以下の"v...
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH...
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH...
_______________________
__________ _______/______v______v______v___]
D | | |
D A A | | Congratulations! | C(...
-- =(^.^)= | | The calculation has converged. | ...
| @@@@@ | | | ...
/--=O=-+-=O=---+--=O=--+--==O==--+--==O==--+--=O=-+--=O...
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH...
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH...
一方、収束しなかった場合には
Sorry! < < <
The calculation has not converged. < < <
< < <
____________...
@ @ | ...
* *** | ...
* * * * | Have a br...
*** *** ... | ...
| ...
| ...
@@ |____________...
***** ... [______________...
が表示される。
収束が難しい場合は一旦休憩し、ミキシングパラメーター等を...
** 構造最適化(マニュアル構造最適化) [#pdaa4b56]
ここではCO分子の構造をマニュアルで最適化する。以下の入力...
- nfinp_d2.12 nfinp_d2.14 nfinp_d2.16 nfinp_d2.18 nfinp_d...
これらの入力ファイルは上記のnfinp_1と基本的に同じであるが...
- nfinp_d2.12
0.0000 0.0000 0.0000 1 1 1 : cps, iwei, imdt...
2.1200 0.0000 0.0000 1 1 2 : cps, iwei, imdt...
- nfinp_d2.14
0.0000 0.0000 0.0000 1 1 1 : cps, iwei, imdt...
2.1400 0.0000 0.0000 1 1 2 : cps, iwei, imdt...
...~
- nfinp_d2.22
0.0000 0.0000 0.0000 1 1 1 : cps, iwei, imdt...
2.2200 0.0000 0.0000 1 1 2 : cps, iwei, imdt...
これらの入力ファイルを用いて順次計算を行う。
mpirun -np 2 ./STATE < nfinp_d2.12 > nfout_d2.12
mpirun -np 2 ./STATE < nfinp_d2.14 > nfout_d2.14
...
mpirun -np 2 ./STATE < nfinp_d2.22 > nfout_d2.22
すべての計算が終了したならば
grep 'TOTAL ENERGY' nfout_d2.* | grep A.U.| awk '{print ...
を実行すると
-22.21807672
-22.21900649
-22.21951476
-22.21964087
-22.21942426
-22.21890297
が得られる。これを編集して
#d (Bohr) Etot (Hartree)
2.12 -22.21807672
2.14 -22.21900649
2.16 -22.21951476
2.18 -22.21964087
2.20 -22.21942426
2.22 -22.21890297
を得る。
これを3次関数でフィットすると平衡距離として2.177 Bohrを得...
#ref(http://www-cp.prec.eng.osaka-u.ac.jp/puki_state/grap...
** 構造最適化 [#wd5642ab]
以下では入力ファイルをnfinp_2としforccr=1.0D-03 (1.0^-3 H...
- 入力ファイル (nfinp_2)
0 0 0 0 0 0 : I_CTRL(1:6)
5.50 20.00 2 2 2 : GMAX GMAXP NTYP NATM...
1 0 : number of space grou...
6.00 4.00 4.00 90.00 90.00 90.00 : A B C ALPHA BETA GAMMA
1 1 1 1 1 1 : N1 N2 N3 M1 M2 M3
1 0 : NCORD, NINV
0.00 0.00 0.00 1 1 1 : CPS(1,1:3) IWEI IMDT...
2.20 0.00 0.00 1 1 2 : CPS(1,1:3) IWEI IMDT...
6 0.15 12.01 3 1 0.d0 : IATOMN ALFA AMION IL...
8 0.15 16.00 3 1 0.d0 : IATOMN ALFA AMION IL...
0 0 0 0 0 : ICOND INIPOS INIVEL ...
0 1 : IPRE IPRI
200 200 0 57200.00 0 : NMD1 NMD2 ITER_LAST ...
3 1 : WAY_MIX MIX_WHAT
0 8 0.8 : STARTING_MIXING KBXM...
0.60 0.50 0.60 0.70 1.00 : DTIM1 DTIM2 DTIM3 DT...
50.00 2 1 0.10D-08 : DTIO IMDALG IEXPL ED...
0.0010 1.0D-03 0 : WIDTH FORCCR ISTRESS
ggapbe 1 : XCTYPE NSPIN
1.00 : DESTM
102 : NBZTYP
0 0 0 : NKX, NKY, NKZ
0 0 0 : NKX2,NKY2,NKZ2
8 : NEG
1 : NEXTST
0 : (DUMMY)
2 : IMSD
0 : EVALUATE_EKO_DIFF
0 : NPDOSAO
0 0.0 : SM_N DOPPING
以下を実行。
mpirun -np ./STATE < nfinp_2 > nfout_2
以下を実行すると構造最適化における各ステップでの全エネル...
grep 'TOTAL ENERGY' nfout_opt | grep A.U.
出力結果は以下のようになる。
TOTAL ENERGY = -22.2194242...
TOTAL ENERGY = -22.2194881...
TOTAL ENERGY = -22.2195776...
TOTAL ENERGY = -22.2196374...
TOTAL ENERGY = -22.2196270...
TOTAL ENERGY = -22.2196270...
TOTAL ENERGY = -22.2196321...
TOTAL ENERGY = -22.2196388...
TOTAL ENERGY = -22.2196425...
また以下を実行すると各ステップでの原子にかかる力を取り出...
grep MD\: nfout_opt
出力結果は以下の通り。
MD: 1
MD: 1 C 0.000000 0.000000 0.000000 0.018...
MD: 2 O 2.200000 0.000000 0.000000 -0.018...
MD: 2
MD: 1 C 0.002115 0.000000 -0.000000 0.015...
MD: 2 O 2.198408 -0.000000 0.000000 -0.015...
MD: 3
MD: 1 C 0.006018 -0.000000 -0.000000 0.010...
MD: 2 O 2.195467 -0.000000 0.000000 -0.010...
MD: 4
MD: 1 C 0.011092 -0.000000 -0.000000 0.002...
MD: 2 O 2.191645 -0.000000 0.000000 -0.002...
MD: 5
MD: 1 C 0.016496 -0.000000 -0.000000 -0.005...
MD: 2 O 2.187570 -0.000000 0.000000 0.005...
MD: 6
MD: 1 C 0.016496 -0.000000 -0.000000 -0.005...
MD: 2 O 2.187570 -0.000000 0.000000 0.005...
MD: 7
MD: 1 C 0.015885 -0.000000 -0.000000 -0.004...
MD: 2 O 2.188026 -0.000000 0.000000 0.004...
MD: 8
MD: 1 C 0.014771 -0.000000 -0.000000 -0.002...
MD: 2 O 2.188856 -0.000000 0.000000 0.002...
MD: 9
MD: 1 C 0.013351 -0.000000 0.000000 -0.000...
MD: 2 O 2.189913 -0.000000 0.000000 0.000...
Hellmann-Feynman力を用いて最適化したCO距離は2.177 Bohrで...
構造最適化の各ステップでの原子位置がrestart.dataとGEOMETR...
restart.dataはバイナリー、GEOMETRYはasciiファイルであり、...
- GEOMETRYファイル
&SYSTEM
1
2 2 2
6 8
1 1
6.00000 4.00000 4.00000 90.0000 90.0000 90....
&END
&COORDINATES
0.013350814786 -0.000000027561 0.00000000...
2.189913192072 -0.000000052830 0.00000001...
&END
&VELOCITIES
-0.000028411950 0.000000000055 0.00000000...
0.000021143930 -0.000000000198 0.00000000...
&END
&FORCES
-0.002688036207 -0.000000009984 0.00000005...
0.002651144409 0.000000007139 0.00000007...
&END
&SYSTEM ... &END
- 1行目: num_space_group (空間群番号)
- 2行目: ktyp, katm, katm2 (原子種の数、反転対称性につい...
- 3行目: iatomn(1:ktyp) (原子番号)
- 4行目: iatom(1:ktyp) (各原子種毎の原子数)
- 5行目: a, b, c, alpha, beta, gamma
&COORDINATES ... &END~
カーテシアン座標での原子位置~
&VELOCITIES ... &END~
カーテシアン座標での各原子の速度~
&FORCES ... &END~
カーテシアン座標での原子にかかる力~
- 構造最適化の際のヒント~
構造最適化を初めて行う際は原子の質量を炭素あるいは珪素の...
終了行:
*CO分子 [#u76be93a]
以下の例ではrectangular boxに配置したCO分子の計算例を示す。
ソースおよび擬ポテンシャルは以下を使用すると仮定する。
- ソースディレクトリ: ${HOME}/STATE/src/state-5.6.3/src
- 擬ポテンシャルディレクトリ: ${HOME}/STATE/gncpp
- 擬ポテンシャル: pot_C_pbe1, pot_O_pbe1
-入力ファイル (nfinp_1)
0 0 0 0 0 0 : dummy line (6 i...
5.50 20.00 2 2 2 : GMAX, GMAXP, NT...
1 0 : space group num...
6.00 4.00 4.00 90.00 90.00 90.00 : a, b, c, alpha,...
1 1 1 1 1 1 : knx, kny, knz, ...
1 0 : NCORD, NINV
0.0000 0.0000 0.0000 1 1 1 : cps, iwei, imdt...
2.2000 0.0000 0.0000 1 1 2 : cps, iwei, imdt...
6 0.1500 51577.50 3 1 0.d0 : IATOMN, ALFA, A...
8 0.1500 51577.50 3 1 0.d0 : IATOMN, ALFA, A...
0 0 0 0 0 : ICOND, INIPOS, ...
0 1 : IPRE, IPRI
200 200 0 57200.00 0 : NMD1, NMD2, ite...
3 1 : way_mix, mix_what
0 8 0.8 : starting mixing...
0.60 0.50 0.60 0.70 1.00 : DTIM1, DTIM2, D...
30.00 2 1 0.10D-08 1.d-06 : DTIO, IMDALG, I...
0.0010 0.10D+02 0 : WIDTH, FORCCR, ...
ggapbe 1 : XCTYPE, nspin
1.00 3 : destm, n_stm
102 : NBZTYP
0 0 0 : NKX, NKY, NKZ...
0 0 0 : NKX2, NKY2, NKZ...
8 : NEG (# of bands)
1 : NEXTST (1: G-sp...
0 : 0; random numbe...
2 : imsd (2: Davids...
0 : eval. eko diff....
0 : npdosao
0 0.0 : SM_dopping
以下を実行しSTATEおよび擬ポテンシャルへのシンボリックリン...
ln -s ${HOME}/STATE/src/state-5.6.3/src/STATE STATE
ln -s ${HOME}/STATE/gncpp/pot_C_pbe1 fort.37
ln -s ${HOME}/STATE/gncpp/pot_O_pbe1 fort.38
あるいは
ln -s ${HOME}/STATE/gncpp/C_pbe1/#vnew.data fort.37
ln -s ${HOME}/STATE/gncpp/O_pbe1/#vnew.data fort.38
** Single point (SCF) 計算 [#p8468442]
出力ファイルをnfout_1とし以下を実行する (コマンドやジョブ...
mpirun -np 2 ./STATE < nfinp_1 > nfout_1
ジョブが開始すると以下のロゴがnfout_1に表示される
*******************************************************...
* ...
* ...
* ...
* ****** ******** ** ******** *****...
* ******** ******** **** ******** *****...
* ** ** ** ** ** ** ...
* *** ** ******** ** *****...
* *** ** ********** ** *****...
* ** ** ** ** ** ** ...
* ******** ** ** ** ** *****...
* ****** ** VERSION 5.6.5 ** *****...
* RICS-AIST ...
* OSAKA UNIVERSITY ...
* ...
*******************************************************...
SCF計算が始まるところでは以下が出力される。
*******************************************************...
* ...
* START SCF ...
* ...
*******************************************************...
全エネルギーの収束をモニターする場合は
grep ETOT\: nfout_1
を実行する。その結果は以下のようになる
ETOT: 1 -16.71058056 0.1671E+02 0.8965E-01
ETOT: 2 -20.04069483 0.3330E+01 0.6387E-01
ETOT: 3 -21.96017776 0.1919E+01 0.4847E-01
ETOT: 4 -22.11633389 0.1562E+00 0.3198E-01
ETOT: 5 -22.20286500 0.8653E-01 0.1510E-01
ETOT: 6 -22.21912414 0.1626E-01 0.3085E-02
ETOT: 7 -22.21938566 0.2615E-03 0.7750E-03
ETOT: 8 -22.21941988 0.3422E-04 0.2094E-03
ETOT: 9 -22.21942413 0.4249E-05 0.4735E-04
ETOT: 10 -22.21942395 0.1857E-06 0.4811E-04
ETOT: 11 -22.21942422 0.2798E-06 0.1838E-04
ETOT: 12 -22.21942425 0.2761E-07 0.6088E-05
ETOT: 13 -22.21942426 0.3338E-08 0.3279E-06
ETOT: 14 -22.21942426 0.8036E-11 0.8071E-07
ETOT: 15 -22.21942426 0.1084E-11 0.1565E-07
ETOT: 16 -22.21942426 0.3197E-13 0.7047E-08
SCF計算が収束した場合、全エネルギーとその成分が以下のよう...
TOTAL ENERGY AND ITS COMPONENTS
TOTAL ENERGY = -22.2194242...
FREE ENERGY = -22.2194242...
KINETIC ENERGY = 9.9211144...
HARTREE ENERGY = 5.1212189...
XC ENERGY = -5.8958565...
LOCAL ENERGY = -20.2316176...
NONLOCAL ENERGY = 6.7368618...
EWALD ENERGY = -17.8711452...
PC ENERGY = 0.0000000...
ENTROPIC ENERGY = 0.0000000...
原子にかかる力は以下のように表示される。
ATOM COORDINATES ...
MD: 1
MD: 1 C 0.000000 0.000000 0.000000 0.018...
MD: 2 O 2.200000 0.000000 0.000000 -0.018...
また一般にSCFあるいは構造最適化が収束した場合には以下の"v...
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH...
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH...
_______________________
__________ _______/______v______v______v___]
D | | |
D A A | | Congratulations! | C(...
-- =(^.^)= | | The calculation has converged. | ...
| @@@@@ | | | ...
/--=O=-+-=O=---+--=O=--+--==O==--+--==O==--+--=O=-+--=O...
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH...
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH...
一方、収束しなかった場合には
Sorry! < < <
The calculation has not converged. < < <
< < <
____________...
@ @ | ...
* *** | ...
* * * * | Have a br...
*** *** ... | ...
| ...
| ...
@@ |____________...
***** ... [______________...
が表示される。
収束が難しい場合は一旦休憩し、ミキシングパラメーター等を...
** 構造最適化(マニュアル構造最適化) [#pdaa4b56]
ここではCO分子の構造をマニュアルで最適化する。以下の入力...
- nfinp_d2.12 nfinp_d2.14 nfinp_d2.16 nfinp_d2.18 nfinp_d...
これらの入力ファイルは上記のnfinp_1と基本的に同じであるが...
- nfinp_d2.12
0.0000 0.0000 0.0000 1 1 1 : cps, iwei, imdt...
2.1200 0.0000 0.0000 1 1 2 : cps, iwei, imdt...
- nfinp_d2.14
0.0000 0.0000 0.0000 1 1 1 : cps, iwei, imdt...
2.1400 0.0000 0.0000 1 1 2 : cps, iwei, imdt...
...~
- nfinp_d2.22
0.0000 0.0000 0.0000 1 1 1 : cps, iwei, imdt...
2.2200 0.0000 0.0000 1 1 2 : cps, iwei, imdt...
これらの入力ファイルを用いて順次計算を行う。
mpirun -np 2 ./STATE < nfinp_d2.12 > nfout_d2.12
mpirun -np 2 ./STATE < nfinp_d2.14 > nfout_d2.14
...
mpirun -np 2 ./STATE < nfinp_d2.22 > nfout_d2.22
すべての計算が終了したならば
grep 'TOTAL ENERGY' nfout_d2.* | grep A.U.| awk '{print ...
を実行すると
-22.21807672
-22.21900649
-22.21951476
-22.21964087
-22.21942426
-22.21890297
が得られる。これを編集して
#d (Bohr) Etot (Hartree)
2.12 -22.21807672
2.14 -22.21900649
2.16 -22.21951476
2.18 -22.21964087
2.20 -22.21942426
2.22 -22.21890297
を得る。
これを3次関数でフィットすると平衡距離として2.177 Bohrを得...
#ref(http://www-cp.prec.eng.osaka-u.ac.jp/puki_state/grap...
** 構造最適化 [#wd5642ab]
以下では入力ファイルをnfinp_2としforccr=1.0D-03 (1.0^-3 H...
- 入力ファイル (nfinp_2)
0 0 0 0 0 0 : I_CTRL(1:6)
5.50 20.00 2 2 2 : GMAX GMAXP NTYP NATM...
1 0 : number of space grou...
6.00 4.00 4.00 90.00 90.00 90.00 : A B C ALPHA BETA GAMMA
1 1 1 1 1 1 : N1 N2 N3 M1 M2 M3
1 0 : NCORD, NINV
0.00 0.00 0.00 1 1 1 : CPS(1,1:3) IWEI IMDT...
2.20 0.00 0.00 1 1 2 : CPS(1,1:3) IWEI IMDT...
6 0.15 12.01 3 1 0.d0 : IATOMN ALFA AMION IL...
8 0.15 16.00 3 1 0.d0 : IATOMN ALFA AMION IL...
0 0 0 0 0 : ICOND INIPOS INIVEL ...
0 1 : IPRE IPRI
200 200 0 57200.00 0 : NMD1 NMD2 ITER_LAST ...
3 1 : WAY_MIX MIX_WHAT
0 8 0.8 : STARTING_MIXING KBXM...
0.60 0.50 0.60 0.70 1.00 : DTIM1 DTIM2 DTIM3 DT...
50.00 2 1 0.10D-08 : DTIO IMDALG IEXPL ED...
0.0010 1.0D-03 0 : WIDTH FORCCR ISTRESS
ggapbe 1 : XCTYPE NSPIN
1.00 : DESTM
102 : NBZTYP
0 0 0 : NKX, NKY, NKZ
0 0 0 : NKX2,NKY2,NKZ2
8 : NEG
1 : NEXTST
0 : (DUMMY)
2 : IMSD
0 : EVALUATE_EKO_DIFF
0 : NPDOSAO
0 0.0 : SM_N DOPPING
以下を実行。
mpirun -np ./STATE < nfinp_2 > nfout_2
以下を実行すると構造最適化における各ステップでの全エネル...
grep 'TOTAL ENERGY' nfout_opt | grep A.U.
出力結果は以下のようになる。
TOTAL ENERGY = -22.2194242...
TOTAL ENERGY = -22.2194881...
TOTAL ENERGY = -22.2195776...
TOTAL ENERGY = -22.2196374...
TOTAL ENERGY = -22.2196270...
TOTAL ENERGY = -22.2196270...
TOTAL ENERGY = -22.2196321...
TOTAL ENERGY = -22.2196388...
TOTAL ENERGY = -22.2196425...
また以下を実行すると各ステップでの原子にかかる力を取り出...
grep MD\: nfout_opt
出力結果は以下の通り。
MD: 1
MD: 1 C 0.000000 0.000000 0.000000 0.018...
MD: 2 O 2.200000 0.000000 0.000000 -0.018...
MD: 2
MD: 1 C 0.002115 0.000000 -0.000000 0.015...
MD: 2 O 2.198408 -0.000000 0.000000 -0.015...
MD: 3
MD: 1 C 0.006018 -0.000000 -0.000000 0.010...
MD: 2 O 2.195467 -0.000000 0.000000 -0.010...
MD: 4
MD: 1 C 0.011092 -0.000000 -0.000000 0.002...
MD: 2 O 2.191645 -0.000000 0.000000 -0.002...
MD: 5
MD: 1 C 0.016496 -0.000000 -0.000000 -0.005...
MD: 2 O 2.187570 -0.000000 0.000000 0.005...
MD: 6
MD: 1 C 0.016496 -0.000000 -0.000000 -0.005...
MD: 2 O 2.187570 -0.000000 0.000000 0.005...
MD: 7
MD: 1 C 0.015885 -0.000000 -0.000000 -0.004...
MD: 2 O 2.188026 -0.000000 0.000000 0.004...
MD: 8
MD: 1 C 0.014771 -0.000000 -0.000000 -0.002...
MD: 2 O 2.188856 -0.000000 0.000000 0.002...
MD: 9
MD: 1 C 0.013351 -0.000000 0.000000 -0.000...
MD: 2 O 2.189913 -0.000000 0.000000 0.000...
Hellmann-Feynman力を用いて最適化したCO距離は2.177 Bohrで...
構造最適化の各ステップでの原子位置がrestart.dataとGEOMETR...
restart.dataはバイナリー、GEOMETRYはasciiファイルであり、...
- GEOMETRYファイル
&SYSTEM
1
2 2 2
6 8
1 1
6.00000 4.00000 4.00000 90.0000 90.0000 90....
&END
&COORDINATES
0.013350814786 -0.000000027561 0.00000000...
2.189913192072 -0.000000052830 0.00000001...
&END
&VELOCITIES
-0.000028411950 0.000000000055 0.00000000...
0.000021143930 -0.000000000198 0.00000000...
&END
&FORCES
-0.002688036207 -0.000000009984 0.00000005...
0.002651144409 0.000000007139 0.00000007...
&END
&SYSTEM ... &END
- 1行目: num_space_group (空間群番号)
- 2行目: ktyp, katm, katm2 (原子種の数、反転対称性につい...
- 3行目: iatomn(1:ktyp) (原子番号)
- 4行目: iatom(1:ktyp) (各原子種毎の原子数)
- 5行目: a, b, c, alpha, beta, gamma
&COORDINATES ... &END~
カーテシアン座標での原子位置~
&VELOCITIES ... &END~
カーテシアン座標での各原子の速度~
&FORCES ... &END~
カーテシアン座標での原子にかかる力~
- 構造最適化の際のヒント~
構造最適化を初めて行う際は原子の質量を炭素あるいは珪素の...
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