第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki
開始行:
*Vibrational analysis [#ic53c960]
-振動解析に先立ち十分に構造緩和を行い、緩和した原子位置を...
-入力ファイルでIMDALG=3とする。
-nfvibrate.dataを以下の形式で作成する。
--変位を与える原子数、因子 (fac)、インデックス(プログラ...
--変位を与える原子のインデックス、原子変位 (dx,dy,dz) ~
X方向に分子軸を持つ2原子分子の場合
2 0.10d+1 1
1 0.010000000000 0.000000000000 0.000...
2 0.000000000000 0.000000000000 0.000...
2 -0.10d+1 2
1 0.010000000000 0.000000000000 0.000...
2 0.000000000000 0.000000000000 0.000...
2 0.10d+1 3
1 0.000000000000 0.000000000000 0.000...
2 0.010000000000 0.000000000000 0.000...
2 -0.10d+1 4
1 0.000000000000 0.000000000000 0.000...
2 0.010000000000 0.000000000000 0.000...
この場合、nfvibrate.dataは以下のように単純化できる。
1 0.10d+1 1
1 0.010000000000 0.000000000000 0.00...
1 -0.10d+1 2
1 0.010000000000 0.000000000000 0.00...
1 0.10d+1 3
2 0.010000000000 0.000000000000 0.00...
2 -0.10d+1 4
2 0.010000000000 0.000000000000 0.00...
fac * ( dx, dy, dz )が実際に各原子に与えられる変位ベクト...
-出力ファイルから原子位置と原子にかかる力のデータを取り出...
2 2
12 16
2
1 0.010000 0.000000 0.000000 -0.01444 0....
2 2.200000 0.000000 0.000000 0.01444 0....
3
1 -0.010000 0.000000 0.000000 0.00333 0....
2 2.200000 0.000000 0.000000 -0.00330 0....
4
1 0.000000 0.000000 0.000000 0.00331 0....
2 2.210000 0.000000 0.000000 -0.00332 0....
5
1 0.000000 0.000000 0.000000 -0.01443 0....
2 2.190000 0.000000 0.000000 0.01444 0....
--各数値の意味
原子数 振動モード数(与えた変位ベクトルの数の半分である...
各原子の質量
計算した構造の番号(実は任意)
変位(変位させた原子の数だけの行)
上記2つを、計算するモードの数の2倍だけ与える
-GiF.fを使用して振動数の計算を行う。
gfortran GiF.f -o GiF.out -llapack -lblas
./GiF.out < MD_1 > GiF_1
-各振動モードの周波数と振幅ベクトルの出力をもとにして、新...
終了行:
*Vibrational analysis [#ic53c960]
-振動解析に先立ち十分に構造緩和を行い、緩和した原子位置を...
-入力ファイルでIMDALG=3とする。
-nfvibrate.dataを以下の形式で作成する。
--変位を与える原子数、因子 (fac)、インデックス(プログラ...
--変位を与える原子のインデックス、原子変位 (dx,dy,dz) ~
X方向に分子軸を持つ2原子分子の場合
2 0.10d+1 1
1 0.010000000000 0.000000000000 0.000...
2 0.000000000000 0.000000000000 0.000...
2 -0.10d+1 2
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2 0.10d+1 3
1 0.000000000000 0.000000000000 0.000...
2 0.010000000000 0.000000000000 0.000...
2 -0.10d+1 4
1 0.000000000000 0.000000000000 0.000...
2 0.010000000000 0.000000000000 0.000...
この場合、nfvibrate.dataは以下のように単純化できる。
1 0.10d+1 1
1 0.010000000000 0.000000000000 0.00...
1 -0.10d+1 2
1 0.010000000000 0.000000000000 0.00...
1 0.10d+1 3
2 0.010000000000 0.000000000000 0.00...
2 -0.10d+1 4
2 0.010000000000 0.000000000000 0.00...
fac * ( dx, dy, dz )が実際に各原子に与えられる変位ベクト...
-出力ファイルから原子位置と原子にかかる力のデータを取り出...
2 2
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1 0.010000 0.000000 0.000000 -0.01444 0....
2 2.200000 0.000000 0.000000 0.01444 0....
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1 -0.010000 0.000000 0.000000 0.00333 0....
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5
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2 2.190000 0.000000 0.000000 0.01444 0....
--各数値の意味
原子数 振動モード数(与えた変位ベクトルの数の半分である...
各原子の質量
計算した構造の番号(実は任意)
変位(変位させた原子の数だけの行)
上記2つを、計算するモードの数の2倍だけ与える
-GiF.fを使用して振動数の計算を行う。
gfortran GiF.f -o GiF.out -llapack -lblas
./GiF.out < MD_1 > GiF_1
-各振動モードの周波数と振幅ベクトルの出力をもとにして、新...
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