第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki
開始行:
*Nudged elastic band method (NEB) [#b106b7ce]
-IMDALGを6にする
-設定ファイル
--nudged_1 -> ../former_structure/nudged_2
--nudged_2
--nudged_3 -> ../later_structure/nudged_2
-nudged_2
--バネ定数[通常0.02(ただし、ポテンシャル面が急勾配の場合...
--原子ラベル 原子位置[ X Y Z ]
-出力
--NEB:の行が重要
---DIST1 直前のimageとの距離
---DIST3 直後のimageとの距離 1と3は(隣のImageのバネ定数...
---AbsForce 全原子に働く力の自乗和の平方根
---ForceIn 原子に働く力のうち、反応経路に直交する(超平面...
---ForceOut 原子に働く力のうち、反応経路に沿った成分
---CosPhi 前後のImageに向かうベクトルのなす角度の余弦。Im...
---Switch
*Nudged elastic band method (NEB) with Climbing Image [#c...
-反応経路方向には高エネルギー方向に、反応経路と直交する方...
-IMDALGを7にする
-入力ファイル: nudged_2
--バネ定数のあとに、TS計算を開始するMD回数を記入する。こ...
--確認事項 ForceInとForceOutの両方が0に収束することを確...
--収束が遅い時 ある程度(エネルギーが距離に対して2次関数...
Reviced 2010-10-01 K.Inagaki
*Multi replica (NEB) [#i227f7cc]
-一つのSTATEの実行で複数のNEBレプリカを同時に実行する。(...
-下のようなreplica.cmdファイルを作成し、NEBホームディレク...
-下のようなディレクトリ構造を作る。各レプリカの計算はディ...
-nudged_terminal_s,eは両端の原子構造である。端に隣接した...
-擬ポテンシャルのデータは、各ディレクトリにおかれる必要が...
-入力ファイルの名前はnfinp.dataでなければならない。
-出力ファイルの名前はnfout.data固定である。
-ばね定数は0.02で固定。必要があればオプションで変更可能。
&NEB
SPRING_CONSTANT 0.1
&END
-ディレクトリ構造
NEB+
+--rep_001+--nfinp.data
| +--nudged_terminal_s (initial configuration...
+--rep_002+--nfinp.data
+--rep_003+--nfinp.data
+--rep_004+--nfinp.data
+--rep_005+--nfinp.data
+--rep_006+--nfinp.data
+--rep_007+--nfinp.data
+--rep_008+--nfinp.data
| +--nudged_terminal_e (final configuration: ...
+--replica.cmd (replica assignment fi...
-replica.cmdの内容
async
#
rep_001
rep_002
rep_003
rep_004
rep_005
rep_006
rep_007
rep_008
終了行:
*Nudged elastic band method (NEB) [#b106b7ce]
-IMDALGを6にする
-設定ファイル
--nudged_1 -> ../former_structure/nudged_2
--nudged_2
--nudged_3 -> ../later_structure/nudged_2
-nudged_2
--バネ定数[通常0.02(ただし、ポテンシャル面が急勾配の場合...
--原子ラベル 原子位置[ X Y Z ]
-出力
--NEB:の行が重要
---DIST1 直前のimageとの距離
---DIST3 直後のimageとの距離 1と3は(隣のImageのバネ定数...
---AbsForce 全原子に働く力の自乗和の平方根
---ForceIn 原子に働く力のうち、反応経路に直交する(超平面...
---ForceOut 原子に働く力のうち、反応経路に沿った成分
---CosPhi 前後のImageに向かうベクトルのなす角度の余弦。Im...
---Switch
*Nudged elastic band method (NEB) with Climbing Image [#c...
-反応経路方向には高エネルギー方向に、反応経路と直交する方...
-IMDALGを7にする
-入力ファイル: nudged_2
--バネ定数のあとに、TS計算を開始するMD回数を記入する。こ...
--確認事項 ForceInとForceOutの両方が0に収束することを確...
--収束が遅い時 ある程度(エネルギーが距離に対して2次関数...
Reviced 2010-10-01 K.Inagaki
*Multi replica (NEB) [#i227f7cc]
-一つのSTATEの実行で複数のNEBレプリカを同時に実行する。(...
-下のようなreplica.cmdファイルを作成し、NEBホームディレク...
-下のようなディレクトリ構造を作る。各レプリカの計算はディ...
-nudged_terminal_s,eは両端の原子構造である。端に隣接した...
-擬ポテンシャルのデータは、各ディレクトリにおかれる必要が...
-入力ファイルの名前はnfinp.dataでなければならない。
-出力ファイルの名前はnfout.data固定である。
-ばね定数は0.02で固定。必要があればオプションで変更可能。
&NEB
SPRING_CONSTANT 0.1
&END
-ディレクトリ構造
NEB+
+--rep_001+--nfinp.data
| +--nudged_terminal_s (initial configuration...
+--rep_002+--nfinp.data
+--rep_003+--nfinp.data
+--rep_004+--nfinp.data
+--rep_005+--nfinp.data
+--rep_006+--nfinp.data
+--rep_007+--nfinp.data
+--rep_008+--nfinp.data
| +--nudged_terminal_e (final configuration: ...
+--replica.cmd (replica assignment fi...
-replica.cmdの内容
async
#
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